Malcolm y Reese deciden ir al festival del Hombre en Llamas pero son descubiertos por sus padres y en lugar de castigarlos se enfrascan en una aventura con muchas locuras. Malcolm tiene relaciones con una mujer de la misma edad que su madre, Reese intenta impedir que termine el evento, pero el grupo quema la casa rodante prestada.

Hal descubre que su familia no ha tenido seguro desde hace seis meses y se entera de que no lo tendrá hasta que comience la semana, así que debe impedir que su familia se lastime y él es el que termina lastimándose. Mientras en Lucky Aide todos los empleados descubren que hay un "soplón" y Lois tiene la sospecha de que Craig sea el soplón.

Reese está harto de que Malcolm siempre defienda a Stevie y que a él lo traten como un tonto y decide pelear con Stevie entumiéndose las piernas para que sea una batalla justa, pero Stevie le tiene una sorpresa. Dewey se envicia en los cigarrillos gracias al ex-fumador Hal y los muchos cigarrillos alrededor de la casa. Lois intenta hacer que Jamie hable poco diciéndole su vida moderna y sus años de escuela secundaria. Las primeras palabras de Jamie son "Callate mamá" en respuesta a su madre que no para de hablar.

En Noche de Brujas, Hall se entera de que vive en una "casa de muerte" por que hace años hubo una masacre, Malcolm se enferma y se queda en casa mientras que Reese, Dewey y Jamie van a pedir dulces. Lois se enoja por que no le dieron el día libre para acompañar a Jamie, mientras Reese y Dewey son perseguidos por un anciano por que ellos le aventaron huevos podridos a su puerta.

Jessica se queda en casa de Malcolm y lo convence de que la mejor forma de conseguir cosas de su mama es haciéndose el sufrido, por otra parte, Dewey hace creer a Reese que va camino a China.

Malcolm consigue andar con la chica más sexy de su escuela pero ella lo niega frente a público solamente a solas le declara su amor. Lois obliga a Reese a buscar trabajo quitándole todas las comodidades de la casa. Hal y Dewey entran al minigolf gratis cada media noche por venganza.

Hay un apagón en la casa (provocado por Jamie) y eso sucede cuando Hal y Lois planean cenar en la casa para celebrar su aniversario, mientras que Hal le pide a Reese que cocine Carne de Kobe, mientras que por otra parte Francis planea robarse el trofeo de un pez en la cochera y le miente a Lois sobre su matrimonio para mantenerla distraída y Malcolm trae a tres chicas europeas para hacer una fiesta y tiene que sacar a sus papás de la casa. Al final, Dewey se expropia la fiesta de Malcolm y Reese, y obtiene la cena que quiere. Al estilo de Corre, Lola, corre, el episodio está dividido en tres partes, ambientadas en tres lugares diferentes de la casa: la habitación de los padres, el patio trasero y la cocina.

Reese recibe la visita de su amiga del ejército, la cual se enamoró de Lois.

Reese está en la clase de Malcolm y el profesor se encarga de humillar a Reese para llamar la atención de Malcolm y que este no le quite la medalla del mejor promedio.

La tubería de la casa está en pésimas condiciones y Hal no tiene dinero para arreglarla. Él descubre con Lois que la universidad le ha enviado a Malcolm un cheque por 10,000 dólares, por lo que los dos quieren el dinero para sus propios fines y su plan es descubierto por Dewey, pero terminan teniendo que reponer todo el dinero. Por su mala actitud, Malcolm hace que el fotógrafo del anuario se equivoque dos veces al tomarle la foto. Reese trabaja como repartidor de carne para un asilo, donde causa disturbios entre los ancianos con tal de devolverles su felicidad. Al final, Malcolm se toma las fotos, como él quiere.

Hal y Lois se van a la presentación musical de Dewey. Mientras, Reese y Malcom se quedan a competir en una serie de retos de la abuela Ida y el que gane todos se casa con su esclava.

Malcolm recibe varias propuestas de reclutadores Universitarios pero el los ignora mientras Hal decide entrometerse en el asunto. Dewey visita a Francis y nota que él tiene un verdadero desorden en su vida aunque al final aprendera una curiosa lección y el matrimonio de Reese se ve finalizado.

Lois está enferma de mononucleosis y sin querer también contagia a Malcolm, por lo que para evitar contagiar alguien más, deberán estar en reposo y compartir 15 días juntos en la misma habitación. Dewey intenta enseñar en vano a Reese de cómo tratar bien a su hermano, para que haga las cosas que él pida. Mientras que Hal empieza a ir a todas las fiestas organizadas por sus vecinos, incluso sin estar enterado, tiene una relación romántica con una de sus vecinas, pero todo esto acaba cuando se entera que nadie aprecia a Lois.

El padre de Hal muere, y después del funeral Hal dice que todo esta bien que no pasa nada, además le preocupa que sus hijos no le lloren cuando el muera, así que, decide hacerles todo lo que se les antoje a sus hijos, cosa que Reese y Dewey aprovechan, hasta Malcom se ve tentado a aceptar los regalos de su Padre. Lois, por otro lado, intentará reanimarlo, con ayuda de Abraham Kenarban.

Lois y Hal visitan a Francis para su fiesta en A.A., pero Lois descubre que Francis siempre les habló a sus amigos de las cosas malas que Lois le hacía. También le piden un préstamo.

Reese es cruelmente humillado por cuatro chicas, esto pone muy enfadada a Lois por lo que buscará venganza en contra de ellas, demostrando que realmente quiere a su hijo a pesar de todo y Malcolm tratará de impedir que Lois cometa un grave error.

Hal se pelea con uno de sus amigos, Trey, se lastima una muela y no tiene dinero para ir al dentista, así que niega necesitar la ayuda del único amigo que lo puede curar gratis. Malcolm y Dewey se encuentran un colchón nuevo en medio de la calle. Al final, Dewey se deshace del colchón porque le afectaba en su vida, y le hizo creer a Malcolm que fue un sueño. Reese le enseña a su mamá Lois a ir en bicicleta.

Dewey y Reese rompen el trofeo de asistencias de su padre por accidente y deciden enterrarlo en su jardín. Cuando están cavando el hoyo, Reese descubre que hay una puerta que lleva a un refugio antibombas. Los dos se meten ahí y Hal los sorprende, descubre que rompieron su trofeo, por lo que Reese y Dewey lo dejan encerrado ahí. Hal se quita el zapato para golpear la puerta y poder salir, pero se tropieza y prende la luz, descubriendo una gran sorpresa. Malcolm toma lecciones de baile, pero pierde a la novia. Mientras que Lois se gana un vehículo automotor nuevo, en un concurso de no soltar camionetas.

Stevie acaba de salir de cirugía y Malcolm quiere ir a visitarlo, pero siempre pierde el tiempo con cualquier cosa, hasta que Hal platica con él y decide ir a verlo directamente. Hal va al lago con Jamie a jugar con su lancha a control remoto, pero sin querer se sienta en la banca de un niño, y éste tiene una mejor lancha que Hal, por lo que hunde el barquito de Hal varias veces, hasta que él se harta y busca una manera de derrotar al niño, Malcolm le ayuda y al final derrota al niño, pero este se deprime porque el barco se lo había dejado su abuelo antes de morir.

Reese conoce una linda vegetariana llamado Carrie, cuando vuelve a trabajar en la planta de carne. Al principio, va a todo bien, pero lo sorprende con una chuleta de cerdo. Así, para obtener de vuelta a Carrie, libera todas las vacas de la planta de carne. Malcolm, mientras tanto, trata de engañar a Lois, usando a Craig para así poder asistir a un concierto de rock y Tambien Hal Reta a Dewey en juego de Mesa.

Malcolm está harto de que nunca acepten a las personas dotadas como él en el baile escolar y decide rebelarse con una parodia del baile escolar. Dewey le quita las tarjetas de crédito a su padre y hace que Hal y Lois compren artículos de fiesta para celebrar el cumpleaños de Jamie, si quiere que Hal recupere sus tarjetas de crédito. Una chica le paga 200 dólares a Reese para que baile con ella.

En el capítulo final de esta serie, Malcolm, Reese y Dewey deciden quemar el único secreto que los tenía unidos porque ya no estarán más juntos, hacerle creer a Lois que tiene cáncer, se saben los deseos de Lois y Hal. Pasan tres meses y se ve que Dewey comprara un cohete y Jamie ya muestran signos de que serán muy problemáticos al igual que sus hermanos, Francis tiene un empleo igual al de su padre y vive feliz con Piama, Reese es conserje de su antigua escuela, Malcolm tiene que trabajar para poder seguir pagando sus estudios, y en la casa Hal se exalta cuando recibe la sorpresa de que Lois muestra una prueba de embarazo con resultado positivo.