Un grupo que se hace llamar Los once individuales toma rehenes en la Embajada China pidiendo un cambio de la política de refugiados asiáticos. Si la Sección 9 consigue resolver el caso sin problemas, será restaurada.

Un piloto oficial, ciborg veterano de guerra, del presidente de una compañía tiene sueños violentos de matarlo. ¿Realidad o fantasía?.

Un hombre de negocios informa a Aramaki de que un ladrón le ha informado que cometerá un robo en una fiesta organizada por él. La Sección 9 se infiltra para detenerlo en la extraña fiesta.

Después de la muerte de un piloto de helicóptero, su IA se vuelve hostil mientras otros comienza a comportarse de la misma manera. La Sección 9 de Seguridad Pública es requerida para resolver la situación.

Durante una visita a un campo de reufugiados, la Primer Ministro Kayabuki recibe una amenaza de muerte. El equipo de la Sección 9 debe por un lado protegerla y por otro descubrir el autor de la nota.

Aramaki empieza a sospechar cuando se descubre sin vida el cuerpo de un hombre que dice poseer información sobre una tapadera del Departamento de Energía. ¿Accidente o conspiración? Togusa se encarga de investigar la parte de Tokyo en ruinas después de la bomba.

La Sección 9 es encargada de transportar plutonio a un sector de refugiados. Días antes de la operación, un cargamento de armas desaparece en una operación reclamada por los Once Individuales y el equipo se prepara para una posible emboscada.

La Sección 9 sigue investigando a los 11 Individuales. La Mayor, Ishikawa, y Boma intentan conseguir información de un agente gubernamental, Ghoda, mientras que el resto intenta detener a uno de los 11 Individuales.

Aprovechándose de la situaión de los refugiados, unos terroristas cibernéticos lanzan unas bombas contra hombres de negocio, Batou y Togusa deben investigarlo. Mientras tanto, Motoko quiere infiltrarse en el sistema de Gohda para descubrir más sobre los 11 Individuales.

Togusa tiene un encuentro con un ciborg que persigue a una chica que finalmente es asesinada por él. Durante el juicio, la defensa del ciborg examina con lupa a Togusa mientras intenta probar que la muerte resultante fue un accidente.

Mientras se prueba a los nuevos candidatos a la Sección 9, Motoko se introducida en una tienda de recuerdos en un callejón surrealista y allí rememora los eventos traumáticos de su distante infancia.

Mientras se investiga el caso de los 11 Individuales, cámaras infrarrojo registran la imagen del intento de asesinato de la Primer Ministro Kayabuki. Mientras, Boma, Ishikawa y Togusa revisan los documentos de los 11 Individuales, el resto del quipo intenta capturar al cyborg.

El equipo de Daisuke Aramaki consigue seguir el rastro de un miembro de los 11 Individuales hasta un fabricante de caras de ciborgs asesinado antes de poder interrogarle. La grabación de la escena muestra como culpable a Pazu.