Cincuenta años han pasado desde que Jack llegó en el futuro; la espada no se encuentra, se ha perdido la esperanza de volver a su tiempo, y es atormentado por alucinaciones de sus padres, su reino, y una misteriosa figura a caballo. Jack rescata a una madre y su hija de varios robots, y vaga por la tierra en una motocicleta. Scaramouche -un robot parlanchín asesino de estilo musical- ha destruido un pueblo y mató a toda su gente para llamar la atención de Jack, quien lo destruye. Mientras tanto, siete chicas jóvenes son criadas y entrenadas desde su nacimiento para convertirse en las Hijas de Aku, un equipo de asesinos de élite con el único propósito de matar a Jack.

Aku se ha cansado de perseguir a Jack y está empezando a perder la esperanza de volver a derrotarlo, desde que Jack ha dejado de envejecer. Las Hijas de Aku se enfrentan a Jack, lo abruman y desarman; al tiempo que se oculta de ellas, Jack alucina una discusión con él mismo sobre el punto de mantenerse con vida y de luchar. Él huye a las ruinas de un templo cercano, perseguido por las hijas de Aku, en uno de los pasillos una de ellas le apuñala con una daga en el costado, siendo asesinada por Jack en el acto. Horrorizado, al descubrir que la víctima no era como las demás máquinas al servicio de Aku, sino humana, Jack destruye parte del templo y se escapa en un río. El clímax del episodio es un homenaje a "The Ecstasy of Gold".

Después de que las Hijas de Aku han seguido el rastro de Jack al río exigen que se muestre, Jack les da una última advertencia antes de comenzar una épica pelea.

Samurai Jack se asocia con un asesino mortal para escapar de una criatura gigantesca que los ha tragado enteros.

Samurai Jack lucha para salvar a un pueblo de un destino horrible.

Después de que Jack se fue con la figura misteriosa Ashi va en una búsqueda para encontrarlo.

Jack y Ashi van en un largo viaje para recuperar la larga espada mágica de Jack.

Samurai Jack y Ashi se encuentran cazados por una de las criaturas más mortíferas de la Galaxia.

El peor miedo de Samurai Jack se realiza cuando se enfrenta a Aku; El demonio hace un sorprendente descubrimiento sobre Ashi que la pone en grave peligro.

El destino de todo el universo entra en juego mientras Jack se enfrenta a Aku.