El joven Adso cansado de las formas hedonistas de su influyente padre decide seguir al fraile franciscano Guillermo de Baskerville. Ambos acuden a una aislada abadía benedictina donde Baskerville va a participar en un importante debate teológico, pero a su llegada se produce una extraña muerte.

Después de la muerte de Adelmo, el monje Venancio aparece colgado encima de un barril con sangre de cerdo. Fray Guillermo solicita a Severino, el encargado de la enfermería, que diseccione el cadáver. Mientras tanto, Guillermo y Adso buscan la manera de entrar en la misteriosa biblioteca.

Fray Guillermo y Adso han conseguido entrar en la biblioteca, pero en una sala secreta Adso ha sido intoxicado con hierbas alucinógenas. Una vez que consiguen salir, Guillermo busca un par de lentes nuevas para inspeccionar los libros. Mientras tanto, Anna busca venganza y quiere matar a Gui.

Fray Guillermo y Adso han encontrado el cadáver de Berengario ahogado en la bañera y como los anteriores monjes tiene la lengua y el dedo manchados. Ambos intentarán llegar a la estancia secreta "Finis Africae ", donde creen que se encuentra la respuesta a los asesinatos.

La campesina encuentra a Anna herida y consigue salvarla la vida. Mientras en la abadía, Bernardo Gui busca aliados e interroga al bibliotecario Malaquías sobre Remigio.

Anna se infiltra en la abadía para encontrar a su antiguo aliado Remigio. Es el turno de fray Guillermo en el debate cuando otro asesinato en la abadía lo interrumpe. El inquisidor Gui arresta a Remigio por el crimen a pesar de las dudas de Barkerville. Adso sale a buscar a la campesina.

El inquisidor Bernardo Gui arresta a Salvatore y encarcela a la campesina acusándola de bruja. Salvatore confiesa que Remigio ocultó unas cartas secretas en la biblioteca y Gui le lleva a juicio. Remigio es acusado de hereje y de los asesinatos de los monjes. Anna consigue infiltrarse en la abadía.

Bernardo Gui condena a Remigio a morir en la hoguera en Aviñón y se marchará de la abadía después de quemar a la campesina. Mientras tanto, fray Guillermo y Adso intentarán resolver el rompecabezas de la biblioteca y atrapar al verdadero asesino antes de que sea demasiado tarde.