Illya y sus amigas disfrutan de la paz, pensando que querrían que durase para siempre. Sin embargo algo extraño ocurre, puesto que el cráter y las secuelas del último incidente parecen haber desaparecido por completo. ¿Cómo es posible?

Beatrice reaparece para enfrentar a Illya y a Tanaka-san. Luego, un inesperado encuentro con Gil hace que busquen la forma de cumplir los objetivos que cada uno tiene.

Illya y Tanaka entran en la fortaleza enemiga buscando a Miyu, pero allí se encuentran ante varios enemigos. Su nuevo amigo les ayuda a escapar del primer obstáculo, pero les aguarda una sorpresa.

Las amigas de Illya se reúnen con ella. Parece ser que todas pasaron el portal creado, aunque en momentos diferentes. Sin embargo, Kuro parece tener algún problema con Illya.

Una misteriosa niña aparece en la escuela en la que las protagonistas han puesto su base. Parece perdida y aunque dice ser una señorita, necesita ayuda. Sin embargo parece que hay algo tras todo eso.

Illya se enfrenta a Darius, el líder de los Ainsworth, quien parece poseer Fantasmas Nobles que ni el propio Gilgamesh conoce. ¿Cómo es posible?

Illya continúa secuestrada y ahora con su cuerpo separado de su mente y puesta esta en un peluche. Ella busca desesperadamente la forma de retornar a su cuerpo.

Illya piensa que Angelica y Erica consideran a las personas como herramientas a la vez que continúa su lucha por unir su cuerpo con su mente, para lo cual debe librarse de los ataques de las "sirvientas".

Angelica piensa que Illya duda mientras la mantiene en la encrucijada de elegir si salvar al mundo o a su amiga. ¿Qué decidirá ella finalmente?

El enfrentamiento llega a su punto álgido y el líder de los Ainsworth ataca, aunque parece ser que las sombras ocultaban a alguien más...

Con la aparición de Julian y la intervención de Gilgamesh, el combate entre ambos bandos se intensitica. La aparición de Emiya dispuesto a salvar a su hermana será, sin embargo, el momento más intenso del combate.

La batalla contra Julian llega a su punto álgido, y con ello, la hora de liberar a Miyu.