En la final del torneo de la prefectura con su equipo perdiendo 1-0, el delantero Yoichi Isagi, prestando atención a las palabras de su entrenador acerca de que el fútbol es un juego de equipo, opta por pasar el balón a su compañero de equipo abierto en lugar de disparar él mismo a la portería, y su el compañero falla. El oponente toma el balón hacia el otro lado con su capitán, Ryosuke Kira, pateando el gol definitivo para avanzar al torneo nacional.

En una reunión en JFU, el nuevo recluta y creador de Blue Lock, Anri Teieri, critica a la junta por su forma de pensar. De vuelta en Blue Lock, Ego le explica a Kira que su falta de egoísmo lo hizo incapaz de ser el mejor delantero cuando deja Blue Lock. Ego luego explica que los 11 jugadores restantes formarán el Equipo Z y vivirán juntos con el mensaje de que a veces los jugadores trabajarán juntos y otras veces se traicionarán entre sí.

Antes del partido, Ego explica que además de los dos equipos ganadores, también avanzarán los máximos goleadores de los equipos eliminados. El partido comienza con una lucha entre compañeros de equipo para avanzar siendo el máximo goleador, pero el Equipo X comienza a jugar en equipo con Shohei Barou anotando el primer gol como disparador, mientras que la lucha interna continúa con el Equipo Z, lo que permite que el Equipo X tome una ventaja. ventaja de 5-0. El cero en el marcador lleva a Isagi a creer que lo que Ego entendía por jugar al fútbol desde cero significa marcar el primer gol.

Con Isagi luchando mentalmente, le pregunta a Kumigami por qué juega al fútbol y responde que idolatra a los delanteros como superhéroes de la vida real y que quiere convertirse en él. Kumigami también explica que los goleadores obtienen puntos de bonificación para gastar en cosas que mejoran la calidad de vida en Blue Lock, y Kumigami usa los suyos para un bistec que comparte con Isagi como agradecimiento por la asistencia. Kumigami también le dice a Isagi que tiene un talento especial para detectar a dónde ir con el balón para marcar goles. Al día siguiente, el Equipo Z y el Equipo Y juegan un partido que equivale a un juego de eliminación en el que ambos equipos pierden por mucho en su primer partido.

Habiendo descubierto que Niko posee la misma habilidad que él, Isagi ve a su antiguo yo dentro de Niko. Con el partido empatado 1-1, el Equipo Y sigue defendiendo hasta el último minuto. Habiendo llevado al Equipo Z a la zona ofensiva, el Equipo Y corre hacia la portería con Niko pasándole el balón a Ohkawa para un tiro abierto y marcar el gol de la victoria. Sin embargo, Isagi logra correr hacia atrás justo a tiempo para bloquear el disparo de Ohkawa y tomar posesión del balón.

La clasificación actual se revela con el Equipo V en la cima habiendo ganado sus dos partidos, mientras que los otros cuatro equipos tienen una victoria cada uno. El Equipo Z ingresa a su partido contra el Equipo W con un gran sentido de urgencia sabiendo que su último partido es contra el Equipo V, que ha dominado el bloque. El Equipo Z toma una ventaja de 3-0 en el medio tiempo sobre el Equipo W con un hat-trick anotado por Wataru Kuon. Sin embargo, esa ventaja se borra rápidamente al comienzo de la segunda mitad.

Abajo 4-3 con Kuon filtrando la estrategia del Equipo Z al Equipo W, Chigiri recuerda su carrera futbolística cuando lo llamaban el genio y jugaba en la misma escuela secundaria que los gemelos Wanima. Era un jugador estrella conocido por su velocidad, pero se desgarró el ligamento cruzado anterior que puso su carrera en suspenso y se ha estado conteniendo por temor a volver a lesionarse la rodilla y acabar con su carrera. Al necesitar una nueva estrategia que Kuon no pueda contrarrestar, el Equipo Z deposita sus esperanzas en Chigiri ya que Kuon no sabe sobre la lesión de Chigiri. Entrando el partido en el tiempo de descuento, Isagi pasa el balón al otro lado del campo.

Mikage explica que se interesó en el fútbol cuando vio la Copa del Mundo, pero que su padre quería que lo sucediera como director ejecutivo de la empresa de su familia por lo que no aprobaba su sueño futbolístico. Un día, Mikage se encontró con Nagi y desde entonces se han convertido en compañeros de equipo. Mientras el Equipo Z se prepara para su partido final contra el Equipo V, que debe ganar para avanzar, Ego le explica al Equipo Z que los goles que marcaron no son reproducibles y que la reproducibilidad es una habilidad fundamental para un delantero.

El Equipo V gana 3-0 después de que Nagi anota otro gol con el mismo pase, y Tsurugi usa su velocidad mientras aprovecha la atención del Equipo Z sobre Nagi para anotar desde larga distancia. Al darse cuenta de que sus tácticas no están funcionando, Bachira despierta su monstruoso yo en la emoción de la batalla para enviar un mensaje al Equipo Z para despertar su potencial oculto y volverse súper especial. Bachira regatea a Mikage, engaña a Tsurugi y lanza el balón sobre el portero del Equipo V para reducir la ventaja del Equipo V a 3-1, lo que lleva al Equipo Z a seguir el ejemplo de Bachira para evolucionar y despertar sus habilidades ocultas. Kunigami marca con un tiro de media distancia que engaña al portero por falta de efecto para poner el 3-2 en el marcador al descanso.

Ante la perspectiva de la derrota después de dominar todos los partidos anteriores, el Equipo V responde al despertar del Equipo Z evolucionando su juego. El Equipo V toma la delantera con un gol de Nagi pateado desde un ángulo increíblemente cerrado. Con ese objetivo, Nagi de repente encuentra divertido el fútbol después de ver el juego como aburrido. En respuesta, Chigiri se hace otro pase largo a sí mismo con la asistencia de Isagi, quien bloquea a Nagi para que no llegue al balón y dispara al arco que es salvado. Gagamaru atrapa el rebote y hace un tiro que es bloqueado por Mikage, y en el rebote Kunigami dispara y anota para empatar el marcador 4-4.

Isagi conduce al Equipo Z por el campo y, usando su previsión, encuentra un lugar a la izquierda de Chigiri y Kunigami frente a la red anticipando correctamente que el Equipo V enviaría a sus defensores para marcarlos. Sin embargo, no se dio cuenta de que Nagi lo estaba marcando. Después de pasar por su proceso de pensamiento, Isagi decide arriesgarlo todo con el tiro final y marca el gol de la victoria. Con la primera selección completada, todos en el Equipo V y el Equipo Z avanzan por terminar primero y segundo, mientras que Junichi Wanima, Niko y Barou avanzan por ser los máximos anotadores de los equipos eliminados.

Yoichi empieza participando en la segunda fase, donde el nivel de dificultad se va a disparar a niveles insospechados. ¿Podrá seguir adelante en Blue Lock?

En esta nueva etapa de la segunda selección, el conjunto blanco formado por Isagi, Nagi y Bachira se enfrentará finalmente a los tres primeros del ranking de la etapa anterior, corriendo el riesgo de perder a uno de sus tres jugadores si pierde el partido. Aún así, la voluntad de probar sus nuevas habilidades contra los tres primeros es mucho más fuerte en los miembros del equipo blanco. ¿Serán capaces de ganar este partido?

La pérdida de Bachira en su equipo pone a Isagi muy ansioso sobre cómo será su futuro con Nagi. Para empeorar las cosas, la situación ahora es aún más compleja: lo ideal sería ir contra un equipo más débil, pero eso significaría llevar a un jugador más débil también, lo que dificultaría el avance de las siguientes etapas. Entonces, ¿qué van a hacer Isagi y Nagi?

Isagi se da cuenta de que la conclusión del partido está en sus manos y las de Naruhaya. Sin embargo, ¿cómo hará para vencer a Naruhaya? Este será un juego que no dependerá de jugadores genios, sino de jugadores "mediocres".

Barou se une al equipo de Isagi y Nagi, y ya está causando un gran revuelo con sus conflictos con Nagi. Isagi está tratando de ver una forma de mediar entre estos dos, lo cual será muy complicado.

Isagi comienza a darse cuenta de que sus excompañeros hicieron un gran trío con Reo, haciendo el mejor uso de sus propias armas. Ahora, tendrá que pensar cómo va a conseguir su ansiada "reacción química" con Nagi y Barou, si no, no podrá ganar. Dicho esto, los Barou siguen sin cooperar mucho...

Al comprender y mejorar las armas de cada uno, Isagi y Nagi están trazando innumerables caminos hacia la meta. En contraste, con Chigiri, que ha evolucionado aún más, en el centro, Kunigami y Reo se encuentran luchando por mantenerse al día, y se desarrolla una batalla de ida y vuelta en el campo. Mientras tanto, Barou, quien debería haber sido el rey del campo, se quedó atrás en la cadena evolutiva debido a su ego abrumador. Habiendo sido despojado del papel principal en el campo por Isagi, Barou finalmente cae de rodillas.

Isagi y sus amigos apenas logran ganar cuando Barou se despierta como el "villano" del campo. Para provocar una "reacción química" adicional, se llevan al único jugador que mostró su ego para "comerse" a sí mismos y avanzar a la etapa de fuerza. Por otro lado, Bachira, que está buscando un oponente para el próximo partido con TOP3, ve a través de la existencia de un "Monstruo" en sí mismo durante el entrenamiento con Rin, y se enfrenta a su propio "ego".

Finalmente, Isagi y Nagi tendrán una revancha con el equipo de Rin. Sin embargo, agregar a Bachira al equipo de Rin traerá algunas circunstancias imprevistas.

Isagi captura todo lo que sucede en el campo para ver su futuro, y Nagi controla el espacio. Su combinación estalla y su serie de juegos enciende el fuego en Rin. El juego de dominación de Rin que abarca todo en el campo, desde las habilidades de todos los jugadores, el balón, el posicionamiento y la táctica poco a poco vuelve a acorralar al equipo de Isagi. Mientras el caos y el ego chocan, un hombre afila sus colmillos de forma encubierta para devorar el juego dominado por Rin.

La emoción de encontrar finalmente a los "monstruos" con un talento abrumador se volvió efímera, ya que Bachira se da cuenta de que se está quedando atrás en la batalla entre Isagi y Rin. Mientras tanto, el juego está llegando a su etapa final, con una feroz batalla de ida y vuelta liderada por el comodín, Barou. Mientras Isagi lleva sus habilidades al siguiente nivel en condiciones extremas, Bachira se ve obligada a enfrentarse a su propio "ego" en medio de la intensidad de la situación. ¿A dónde los llevarán sus nuevos poderes y qué impacto tendrá en el resultado del juego?

Bachira se despoja de su ideal del "monstruo" y finalmente despierta su propio ego. Hasta ahora, Bachira había estado buscando a alguien a quien seguir, pero ahora carga hacia su propia meta, encontrando en Isagi un compañero que confía en su ego. Isagi realiza un corte decisivo, pero la pelota se abrió paso sin piedad hacia el lado del vencedor... Ha llegado el momento del enfrentamiento final, haciendo que salten chispas cuando los ocho egoístas chocan. ¿Qué equipo saldrá victorioso en la "Batalla de rivalidad" de la segunda selección?

Rin elige agregar a Isagi a su equipo y, junto con Bachira, pasan la segunda selección. Esperando por ellos en el otro lado es un partido de 5 contra 5 contra un equipo de jugadores de clase mundial. Gracias al juego coordinado de Isagi, Bachira y Rin, logran marcar el primer gol, pero pronto se ven abrumados por la destreza y habilidad superior del equipo contrario. A pesar de esto, siguen luchando desesperadamente hasta el último segundo, desatando sus propios "egos". Como resultado, el proyecto "Blue Lock", cuyo objetivo es producir al mejor delantero del mundo, entra en una nueva fase.