Naruto y Sasuke están al borde de la muerte, Gaara y Sakura se apresuran por llevar a Naruto hacia donde esta Minato, pues poco antes de que Kurama fuese absorbido, este le pide a Gaara llevarlo y sellar la parte que Minato posee para salvar a Naruto, pero durante el camino Sakura se queda sin chakra por lo que debe manualmente mantener vivo el corazón de Naruto, en otra parte Karin también se percata de la situación de Sasuke por lo que sale en su auxilio, pero antes deberá con ayuda de Ororchimaru, Jūgo y Suigetsu acabar con el Mokuton de Zetsu, después de acabar con la técnica e inmovilizar a Zetsu en la parte derecha de la cara se muestra que Zetsu está controlando a alguien. Madara ahora invoca al Jūbi para inmediatamente absorberlo y así convertirse en su Jinchūriki ahora Madara va por su Rinnegan izquierdo, cerca de Sasuke alguien aparece, Karin al notarlo alega que es peligroso que este cerca de Sasuke por lo que se apresura. Minato y Kakashi se preparan para atacar a Zetsu negro e impedir que obtenga el Rinnegan, justo cuando van a atacar, llegan Sakura y Gaara, tras comentar la situación, Minato quiere transferir inmediatamente a Naruto la parte de Kurama que posee pero en ese justo momento Zetsu negro se interpone y la roba, todo se complica puesto que Madara llega en busca de su Rinnegan.

Madara ha llegado a donde esta Obito y los demás, Zetsu negro al verlo se desprende de Obito con el fin de entregarle el Rinnegan izquierdo, pero Obito se resiste a que Zetsu se acerque a él. Obito al ver a Madara le pregunta que fue el durante el tiempo que él se hizo pasar por Madara, tras escuchar la pregunta de Obito, Madara responde que él ha sido en parte el salvador del mundo, ya que pronto se realizara el Tsukuyomi infinito, además Madara habla del fracaso logrado por el Rikudō Sennin, y de como el chakra se convirtió en un arma para el beneficio propio del shinobi. Madara le ofrece seguir a Obito seguirlo y ambos crear el nuevo mundo a partir del Tsukuyomi infinito, Obito al parecer se reúne con Madara , antes eso Minato Kakashi y Gaara atacan a Madara pero los tres son vencidos fácilmente, pero cuando están frente a frente Obito traiciona a Madara hundiendo su mano derecha en el pecho de Madara con el fin de intentar extraerle los Bijūs, pero debido a que Obito esta débil, solo logra extraer una parte del chakra del Shukaku y del Hachibi. Kakakshi se percata de que Obito volvió a ser el de antes, además Obito le pide llevar a Naruto y Sakura a otra dimensión con el Kamui, Cuando Obito intenta ir a su dimensión Madara lo ataca, en ese momento Kakashi ayuda a Obito y en ese momento empieza a recordar su infancia en la aldea.

Obito sigue recordando su pasado, luego de un tiempo de estar en la academia, Obito se entera que Kakashi realiza misiones reales, pero tiene problemas con las personas que este sigue estrictamente el código ninja, por este motivo el tercer Hokage le pide a Minato hacerse cargo de Kakashi, ya que el y los demás pronto se graduaran de la academia, poco después el equipo Minato es formado y este empieza a realizar misiones de nivel D dentro de la aldea, debido al entusiasmo que Obito le ponía a las misiones, el tercer Hokage decide ahora darles una misión de nivel C, la cual es escoltar a unos shinobis de Kirigakure los cuales llevan un pergamino especial, el día de la misión, Minato se percata que los están siguiendo por lo que el y Obito deciden retrasarlos y ganar tiempo para Kakashi y Rin que acompañan a los shinobis, cuando parece que Kakashi y los otros están a salvo, los shinobis de Kirigakure resultan ser traidores.

Los traidores de Kirigakure ahora pretender acabar con Kakakshi y Rin, pero Kakashi logra acabar con uno de ellos, en ese momento Minato y Obito llegan para darse cuenta que el pergamino no contenía nada, y por lo tanto el verdadero lo tenía el shinobi que cayo del puente, es entonces que Obito decide ir a rescatarlo, pero Kakashi alega que hay que darle importancia a la misión, aún así Obito se marcha en ayuda del shinobi herido. Cuando llegan al río descubren que están rodeados por bastantes enemigos, por lo que deciden separarse y obtener el pergamino a como de costa, Kakashi logra acabar con bastantes de ellos, finalmente Minato llega y logran recuperar el pergamino y completar la misión, cuando regresan Kakashi se percata de que el como los demás fueron utilizados y sospechan que el verdadero pergamino lo tenía otro equipo. De vuelta en la batalla, Obito junto con Kakashi se preparan para usar el Kamui, pero Madara quien observa atentamente lo que ellos están planeando y decide atacarlos al tiempo, cuando eso sucede, tanto Obito como Kakashi usan el Kamui al mismo tiempo y como resultado Obito logra dirigirse a su dimensión donde se encuentra Naruto una vez allí empieza a transferirle la mitad del Kurama, mientras que Kakashi es salvado por Guy quien observa a Madara con su nuevo aspecto.

Orochimaru y su equipo se dirigen hacia donde se encuentra Sasuke, Karin siente la presencia de alguien peligroso que esta cerca del Uchiha, cuando finalmente llegan descubren que se trata de Kabuto, el cual está tratando de salvar a Sasuke, Orochimaru y los demás se sorprenden al verlo pues este logró salir del Izamani de Itachi, es decir logró aceptar quien es mostrando que cambió su manera de ser, aun así Suigetsu le reprocha que él fue uno de los que inicio la guerra con Obito convencidos de que el mundo no tendría salvación. Por otra parte Guy al ver la situación de Kakashi y los demás, decide que es hora de abrir las ocho puertas internas, inmediatamente Guy libera la séptima puerta y ataca a Madara quien logra esquivar sus ataques a pesar de la velocidad y poder que despliega, cuando Gyu no puede mas cae en ese momento Madara ataca pero es rescatado por Lee y llevado con los otros. Tras pensar en lo sucedido Guy no tiene más opción que abrir la última puerta y atacar con todo a Madara aun sabiendo que eso significara la muerte, en ese momento Guy empieza a recordar su infancia en la aldea y de como al no tener talento ninja no es aceptado en la academia pero su padre lo alienta a no rendirse y a dar lo mejor de si mismo para lograr sus sueños.

Guy sigue recordando su pasado, tras darle quinientas vueltas al campo de la academia junto con un letrero que es observado por el tercer Hokage le permiten ingresar a la academia, pero esto es solo el principio para Guy pues ya que no logra realizar Ninjutsu decide enfocarse a desarrollar su taijutsu, motivado por su padre y tras observar que Kakashi es un genio reconocido Guy entrena todos los días, donde poco a poco sus compañeros empiezan a notar y reconocer su esfuerzo ahora uno de sus objetivos es retar a Kakashi pero Guy descubre que el también entrena muy duro a pesar de ser un maestro, pasado algún tiempo Guy logra graduarse de la academia, es así que a él se le empiezan a dar misiones poco a poco, pero Guy se da de cuenta que su padre sigue realizando misiones de nivel D, lo cual a él le causa vergüenza. En ese entonces la tercera guerra mundial ninja a Gyu se le asigna una misión bastante peligrosa pero lo que no saben es que el enemigo son los siete espadachines ninja de la neblina, cuando parece que no hay salvación, el padre de Guy aparece para pelear contra ellos usando las ocho puertas internas, Guy nota que su padre decide hacerlo pues está aplicando su regla para proteger algo. De vuelta en la batalla, Guy sin mas abre la última puerta liberando vapor rojo preparado para atacar nuevamente a Madara.

Guy que ja abierto las ocho puertas y libera vapor rojo se prepara para atacar con todo a Madara, tras realizar el primer movimiento Guy logra crear un poderoso golpe el cual actúa como un cañón de aire, Madara quien apenas logra contener el ataque es enviado bajo tierra por la misma técnica, Los demás quienes observan la pelea deciden apoyar a Guy puesto que el solo no será capaz de vencer a Madara, así que Minato rápidamente les dice a los demás que hacer con el fin de crearle una oportunidad a Guy para que golpee directamente a Madara. Una vez que Madara se levanta inmediatamente es golpeado por Guy, pero ahora Madara crea un escudo con el cual se protege sin embargo Guy lo golpea con una ráfaga de poderosos golpes y no le da la oportunidad de defenderse incluso así Madara se logra proteger al encerrarse con la materia de las esferas, es entonces cuando Minato y los demás entran en acción, donde gracias al trabajo en equipo Guy logra golpear a Madara en la espalda y causarle daño, pero aun así Madara logra ponerse en pie y emocionado de enfrentar a alguien así le alega a Guy que siga luchando de esa forma. Por otra parte Naruto despierta en un lugar parecido a donde lucho contra Kurama y en ese lugar aparece un anciano el cual se presenta a Naruto como el Rikudō Sennin, y a continuación este le explica el origen del Ninshu que más tarde se convirtió en Ninjutsu, los dos hijos que el sabio tuvo llamados Indra y Ashura, y como los espíritus de estos fueron reencarnando a través de los años, y como actualmente el espíritu de Ashura esta en Naruto.

El sabio de los seis caminos sigue afirmando que el chakra y espíritu de Ashura el menor de sus dos hijos ahora fluye dentro de Naruto, ante esto Naruto se percata de que el espíritu de Indra esta en Sasuke, en ese momento Naruto recuerda la ocasión en que les pidió a sus compañeros que él se encargara de Sasuke tras haber desertado y aliado con Madara. Además de estar hablando con Naruto el sabio a la vez esta contándole la misma historia a Sasuke sobre el origen del chakra. El sabio comenta que a través del tiempo el vio a las reencarnaciones de sus hijos luchar, además de que Madara está obsesionado en obtener el chakra de Kaguya y así realizar el Mugen Tsukuyomi, es por eso que el sabio le pide tanto a Naruto como a Sasuke detener a Madara antes de que sea demasiado tarde, en ese momento surgen el Shukaku, Gyuki y Kurama quienes fueron dados por Obito, y a continuación el resto de los bijūS emergen ante Naruto el cual alega que quiere proteger a sus amigos y conocidos, a continuación el sabio confía de ahora en adelante lo que pase a ellos y en ese momento ellos extienden su mano con la del Sabio. En ese momento ellos recuperan la conciencia, pero ambos tienen una marca en la palma de la mano, Naruto en la derecha y Sasuke en la izquierda. Por otra parte la pelea entre Madara y Guy continua en donde al ver a Madara de pie Guy des pues de su último ataque este decide realizar su técnica definitiva el Yagai, Madara se percata de que este será el último ataque, en ese momento Guy despide una gran cantidad de poder el cual toma la forma de un dragón rojo, sin mas Guy se lanza contra el con una tremenda velocidad y lo impacta directamente con una patada en donde la pierna derecha de Guy se destroza al igual que las costillas y parte del lado derecho de Madara para impactar contra el Shinju, cuando el ataque acaba el cuerpo de Guy esta quemado y pierna derecha desecha, mientras que Madara herido se recupera fácilmente, cuando Madara lo intenta acabar con una Godou dama aparece Naruto quien la repele fácilmente, además logra salvar a Guy e impedir que su chakra se extinguiese, Madara al ver a Naruto nota que algo ha cambiado en él, a lo cual Naruto responde que incluso el mismo está sorprendido por el poder que ha recibido.

Especial de Naruto Shippüden con motivo del lanzamiento de la película "Boruto: Naruto The Movie".

Especial de Naruto Shippüden con motivo del lanzamiento de la película "Boruto: Naruto The Movie".

Naruto logra salvar a Guy de la muerte, Madara quien no logra entender lo que pasa se percata de que Naruto ahora es diferente, si mas Naruto ataca a Madara el cual apenas logra protegerse con la gudou dama, pero la fuerza de Naruto es tal que el Shinju se estremece, en ese momento Naruto toma el chakra de Son Goku y crea el Senpō: Yōton RarenShuriken, Madara al notar lo peligrosa que es la técnica usa el Limbo pero Naruto de alguna manera lo esquiva, la técnica se expande y logra cortar el Shinju, Madara que también recibe el impacto observa como el Shinju cae en ese momento el escucha una voz la cual le dice que absorba el árbol, en ese momento Madara se pone frente al caído Shinju y empieza a absorberlo, en otra parte Naruto lleva a Guy donde esta Lee y Gaara los cuales le agradecen por salvar a Guy. Ahora Madara se recupera por completo tras absorber al Shinju y alega que ahora es inmortal, pero Naruto le responde que no será el quien acabe con el y en ese momento Sasuke aparece y para sorpresa de Madara y los demás logró despertar el Rinnegan en el ojo izquierdo, mientras que Naruto despertó el sejutsu del Rikudō. Madara quien no se sorprende alega que el podrá acabar con ambos, en ese momento Madara ataca a Sasuke y Naruto con relámpagos pero Sasuke logra moverse rápidamente y evitar el ataque, Madara se sorprende, pero Naruto ahora es quien ataca para ser detenido por el Limbo de Madara, Sasuke se percata que se trata de otro Madara el cual es de otro mundo, y solamente el chakra del Rikudō puede afectarlo, tras idear una estrategia para sellarlo, Naruto y Sasuke logran atrapar a Madara para sellarlo, pero cuando lo están logrando Madara cambia con su limbo, tras notar el cambio Sasuke rápidamente lo persigue pero Madara quien tiene ventaja roba el Sharingan de Kakashi y logra transportarse a la dimensión de Obito en busca de su Rinnegan faltante.

Obito le pide a Sakura destruir el Rinnegan izquierdo de Madara antes de que este lo recupere, puesto que si obtiene ambos ojos el poder de Madara se incrementara y nadie podrá detenerlo, Sakura la cual esta nerviosa apunta su kunai frente al Rinnegan y cuando está a punto de destruirlo Madara aparece e impide que lo destruya lanzando la estaca pero Obito logra regresarla a tiempo a donde están Naruto y los demás, cuando Sakura regresa rápidamente atiende a Kakashi tras perder su Sharingan, pero Naruto logra darle un ojo nuevo con sus poderes. Kakashi al ver a su equipo reunido nuevamente recuerda las metas de cada uno. En la otra dimensión Madara que tiene inmovilizado a Obito le revela que él fue quien manipulo a los shinobis de Kirigakure, y posteriormente la muerte de Rin, todo fue planeado con el fin de llevar a Obito a la oscuridad, y continuar con el legado de Madara quien además alega que Obito hizo exactamente lo que el quería y que ahora solo le falta recuperar el ojo izquierdo. Poco después Madara vuelve de la otra dimensión junto con Obito y Zetsu, Madara ahora cuenta con ambos Rinnegan y lo que es peor cuatro sombras que lo rodean, Sakura que decide ponerse a la cabeza ataca a Madara sin éxito rápidamente es salvada por Naruto y Sasuke, en ese momento Madara decide no perder más tiempo y ejecutar de una vez por todas el Mugen Tsukuyomi, para ello se eleva lo más alto posible y ejecuta el Chibaku Tensei como distracción para Naruto y Sasuke, rápidamente Sasuke usa el Susanō para destruir la mayor cantidad de meteoritos posibles al igual que Naruto, sin embargo parece ser tarde pues Madara abre un tercer ojo en su frente que se refleja en la luna anunciando que el Mugen Tsukuyomi ha comenzado.

El Mugen Tsukuyomi esta por iniciar, Ōnoki y los demás shinobis siguen luchando contra el usuario del Mokuton el cual les sigue causando problemas, pero repentinamente la técnica Mokuton Shin sushenju se detiene, los shinobis pronto se empiezan a dar cuenta que la luna se torna extraña, Sasuke se percata rápidamente que en contados instantes el Genjutsu iniciara por lo que rápidamente regresa donde están Naruto y los demás una vez allí los cuatro se cubren con las alas del Susanō, en ese momento la técnica de Madara inicia donde la figura de Kaguya se puede apreciar a continuación la luna empieza a brillar como si fuese el sol e ilumine a todo el mundo shinobi, Madara ahora usa el Mokuton para crear troncos gigantes que desprenden hebras que envuelven a todos los shinobis quedando como capullos, los hokages empiezan a notar que los ojos de todos se tornan como si fuesen Rinnegan tras mirar a la luna, además de quedar inmóviles, pero los kages revividos no son afectados por la técnica, el Zetsu que está controlando al usuario que puede realizar el Mokuton se marcha y revela que era a Yamato quien estaba dominando, Naruto y los demás que están protegidos gracias al Susanō esperan a que la luna deje de brillar. Yamato que está confundido por lo que está sucediendo recuerda como fue capturado por Kabuto, el tercer Hokage intenta calmarlo pero Yamato cae en el Genjutsu. En ese momento se ve a Yamato en Konoha el cual debe atrapar a Kabuto que secuestro a Kakashi, donde al final lo logran con ayuda de Naruto, Sakura, Sasuke y Sai, pero se descubre que está bajo el efecto de la técnica de Madara al igual que todos el mundo, los kages que aun no entienden lo que está pasando solo pueden observar como el Tsukuyomi infinito atrapa a todo el mundo.

Tenten que posee el Benihisago y el Kohaku no Jōhei, piensa que puede sellar rápidamente al enemigo, por lo que busca a los shinobis de Kumogakure que le digan como usar dichar armas, pero en el camino es alcanzada por el Tsukuyomi infinito. Cuando ella despierta nota que esta en Konoha, pero rápidamente se percata de que algo anda mal, tras indagar un poco nota que sus compañeros actúan de manera diferente. Tenten deduce que se encuentra bajo un genjutsu, sus compañeros al notarla algo extraña le ofrecen su ayuda pero Tenten prefiere no invocarse con ellos, puesto que sabe que todo es falso, Tenten busca la manera de liberarse de la técnica del enemigo, para ello busca todo lo relacionado con los genjutsus.

Tenten sigue en su búsqueda por lograr salir del genjutsu, pero sus esfuerzos no parecen dar resultados, y tras notar que nadie le puede ayudar ella decide dejar la aldea a escondidas pero es capturada, acusada de traición, y posteriormente llevada a la prisión de la aldea, poco después Hanzo la salamandra aparece en medio de la aldea y con su invocación empieza a devastar Konoha, Tenten es liberada por Naruto quien la estuvo vigilando quien además se percata de que ella no es la Tenten que el conoce, después de eso Naruto usa el chakra de Kurama para detener a Hanzo pero Tenten que decide intervenir usa las armas del Rikudō y así vencer al enemigo, después del incidente ocurrido, sus demás compañeros le agradecen el haber salvado la aldea, ante esto Tenten finalmente reconoce que esta en su hogar y por tanto cae por completo bajo el efecto del Tsukuyomi infinito.

Killer Bee quien logró salir con vida luego de que extrajeran al Hachibi, cae bajo el efecto del Tsukuyomi infinito, en su mundo, el junto a Yugito deben ir y reclutar a todos los Jinchūriki, los cuales están en sus aldeas, el propósito según Killer Bee es que ellos tienen una misión especial que y solamente al reunir a los nueve Bijūs podrán tener éxito, una vez que se dividen, Killer Bee empieza reclutando a Gaara el cual está encerrado en Sunagakure, una vez que lo libera el siguiente es Naruto que también esta como prisionero, pero para escapar deberán enfrentar a Tsunade y los guardias de Konoha, una vez que logran escapar el siguiente Jinchūriki que buscan es Fū, una vez que llegan a donde ella se encuentra las cosas se vuelven a complicar puesto que akatsuki aparece con el fin de capturarlos.

Los miembros de Akatsuki han aparecido: Itachi, Sasori y Deidara, cada uno de ellos tiene un combate individual con los Jinchūrikis, Durante la batalla Itachi quien oye hablar de Sasuke, deserta y deja Akatsuki, lo cual deja en desventaja a Sasori y Deidara, en ese momento Fũ aparece, y Akatsuki se marcha, Killer Bee convence a Fū de unirse al equipo, y una vez que lo logran solo falta reclutar a Yagura pero el no quiere unirse y les pide marcharse, Naruto, Gaara y Fū se adelantan y para encontrase con Yugito quien recluto a Roshi y Han, cuando los siete están reunidos se dirigen al castillo que deben proteger, en ese momento Sasori y Deidara aparecen nuevamente pero ahora invocan a la estatua Gedo Mazo para destruir todo, los siete Jinchūriki que apenas pueden defenderse esperan ayuda y en ese momento Killer Bee y Yagura aparecen una vez que los nueve se reúnen, cada uno realiza una bijudama con la que logran vencer al enemigo.

Karin es alcanzada por el Tsukuyomi infinito, y en él se encuentra Karin de niña en la Aldea oculta de la Hierba, luego de que su aldea fuera arrasada. Su madre en condición de quedarse con Karin en la aldea, debía utilizar la mordida de la cura con los heridos de batalla, sin embargo muere al curar a cientos de heridos. Luego continúa la niñez de Karin pasando por el examen chunin y su primer encuentro con Sasuke, la fortaleza del norte de la aldea de la Hierba y posterior reclutamiento por Orochimaru y la inclusión en Hebi, uniéndose a Akatski para capturar al Hachibi. Luego de la captura del Hachibi, Hebi se dirije a Konoha para destruir y construir un nuevo Konoha, llegando Sasuke a ser el sexto Hokage. Luego de que Sasuke fuese nombrado como sexto Hokage, la aldea oculta de la Hierba comienza un ataque a la aldea de la Hoja, donde unos hombres intentan asesinar a Karin, siendo salvada por Sasuke. Antes de que Sasuke fuera por ayuda médica, Karin le pide que sonría.

Tsunade es alcanzada por el Tsukuyomi infinito, y en él recibe un relato de Jiraiya llamado Las crónicas ninja de Jiraiya, en el que relata la historia de Naruto, donde sus padres Minato y Kuchina están vivos y Minato sigue siendo el cuarto Hokage. Naruto es temido por ser el jinchuriki del Kyubi, pero a la vez, es tratado de una manera distinta por ser el hijo del Hokage. Un genin vuelve medio muerto a la aldea a causa de un ataque de desconocidos, donde todos los Jounin terminaron desaparecidos excepto el. Para que Naruto pueda controlar de una vez el poder del Kyubi, es enviado a una misión sumamente difícil para rescatar a los shinobis desaparecidos, junto con el equipo 7, 8, 9 y 10.

El genin revela a Minato que habían mariposas, junto a Tsunade deducen que son mariposas shinobi. Naruto y los otros equipos son enviados al lugar donde desaparecieron los jounin y cuando llegan, Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma desaparecen al ser tragados por la tierra. Neji descubre que la tierra, antes de secuestrar a Gai, emanó una presencia de chakra por el suelo. En ese momento, el equipo 7 es atacado por un miembro de Akatsuki, siendo Hidan, quien atrapó a Naruto en su jutsu de maldición. Por otra parte, el equipo 10 es atacado por Yahiko, Nagato y Konan.

Yahiko presenta a sus compañeros como el equipo Jiraiya y atacan al equipo 10 llevándolos en batalla hasta una aldea cercana. Mientras, Naruto escapa del jutsu de maldición y logra reducir a Hidan, pero Kakuzu aparece con el cuerpo de Kakashi dejando escapar a Hidan del equipo 7. Shikamaru decide seguir a unos niños hasta una casa, donde también se encontraba Yahiko y mientras Shikamaru se disponía a preguntarle a los niños por los miembros de Akatsuki, Nagato desprende su ira al recordar la muerte de sus padres al ver la banda protectora de Konoha en la frente de Chouji, creando una gran explosión y provocando que los niños cayeran por un agujero creado por el poder de Nagato. Yahiko, Nagato y Konan entran por el agujero para rescatar a los niños, pero Shikamaru ordena a sus compañeros quedarse.

Yahiko, Nagato y Konan llegaron a un acantilado en lo más profundo del agujero, donde fueron atacados por dos monstruos marinos, logrando rescatar a los niños. Sin embargo, los monstruos marinos comenzaron a atacar al equipo Jiraiya, pero oportunamente Shikamaru llega al lugar salvándolos, gracias a la madre de los niños que nombró a Mashirama, llevándolos a un pasadizo secreto al lugar donde se encontraban los niños. Mientras el equipo 7, 8 y 9 se dirigen a la aldea llamados por la explosión. Pero al llegar, se encuentran con una esfera negra donde estaban los jounin secuestrados, Kakashi y los demás. Naruto decide no obedecer a Sasuke y entra a la esfera negra siendo acompañado por Neji, llevándolos a otra dimensión, donde aparece un enmascarado que es portador del Byakugan.

Luego de rescatar a los niños, el equipo 10 y el equipo Jiraiya toman caminos distintos y Shikamaru se une a Kiba dejando a Shikamaru como líder, quien decide avisar al cuarto Hokage sobre la situación y reencontrarse con los otros equipo para rescatar a los sensei. Mientras en la otra dimensión, el hombre enmascarado le muestra a Naruto y Neji la última decisión de su padre Hizachi por decidir salvar la aldea y al clan, acusando a Konoha de un sistema que no va a cambiar a pesar de ir pasando de generación tras generación, y al no haber ningún cambio decide atacar a Konoha e insta a Neji acompañarlo. Por otra parte Jiraiya llega al escondite de Orochimaru.

Jiraiya llega al escondite de Orochimaru, quien lo encuentra en un cuarto observando un frasco. Naruto en inmovilizado por el enmascarado, y Neji lo acompaña para saber qué planea. El equipo Jiraiya aparece ante el enmascarado, y le dicen que un trío de shinobis de Konoha les ayudaron a salvar a unos niños, nombrándolos como los shinobis que cambiarían el mundo, el enmascarado se retira y lleva a Neji donde Sasuke y Sakura, quienes son atacados por Sasori para comprobar el carácter de ellos. Naruto al no poder hacer nada le pide poder al Kyubi, pero éste le explica que es imposible ya que no podría controlarlo, pidiéndole la llave del sello de las ocho trigramas para liberárlo. En ese momento, Jiraiya aparece en la dimensión en la que se encuentra Naruto para rescatarlo.

Sasuke es envenenado por Sasori, pero Sakura logra quitarle el veneno con el ninjutsu médico. Sasori libera las cien marionetas para impedir que Sasuke y Sakura vayan a Konoha, e informar al cuarto Hokage de lo sucedido. El enmascarado le explica a Neji que esto es una prueba, y que para exponer su punto los Genin tienen dos opciones, o ir a Konoha a informar y seguir con las leyes, o abandonar la misión e ir a rescatar a sus compañeros. Pronto, Shikamaru y los demás alcanzan a Sasuke y Sakura, y les pide apoyo para rescatar a los líderes, pero Sasuke está decidido en seguir la misión e ir a Konoha. Por otra parte, Jiraiya libera los puntos de shakra de Naruto e intenta que libere el poder del Kyubi, abriendo el sello de las ocho trigramas. Sin embargo, Naruto libera las cuatro colas.

Jiraiya intenta detener a Naruto, pero termina con sus costillas rotas. Sasuke ataca a las cien marionetas de Sasori el solo pero es derrotado, Rock Lee ayuda a Sasuke y pronto todos lo apoyan. Naruto presencia que Sakura y los demás no pueden mas con las decenas de marionetas, por lo que logra controlar el poder del Kyubi volviendo en si, volviendo al campo de batalla, donde Naruto realiza una gran cantidad de clones de sombra y todos con un Rasengan, destruyendo todas las marionetas de un golpe. Sin embargo, Sasori coge la marioneta del tercer Kazekage y escapa, por lo que Naruto y Shikamaru convencen a Sasuke de romper las reglas para salvar a Kakashi y los demás. A vista de Neji y el enmascarado, Neji le dice a este que ya está aclarado su punto, y le pide que libere a Kakashi y los demás llamándolo padre (Hizashi Hyūga).

Hizashi le dice a Sasori, Kakuzu e Hidan que se marchen, pero al equipo Jiraiya les pide un último trabajo. Pronto, el equipo Jiraiya llega donde Naruto, y les dice donde encontrar a Kakashi. Al llegar guiados a una casa, logran liberar a Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma, e Hizashi aparece para explicar lo sucedido. Hizashi les cuenta que Orochimaru lo revivió con el Edo Tensei, y al quedar a solas para hablar con Neji, logra liberarse del Edo Tensei. Una vez acabado, Yahiko ve a Nagato con el oso de peluche de los niño que salvaron de los monstruos marinos y decide ir a la aldea a devolverlo. En ese momento, una gran explosión desde el centro de la aldea, provoca la muerte de Yahiko cayendo el oso de peluche en los pies de Nagato, desatando su ira.

Naruto y los demás vuelven a Konoha, y a pesar de romper las leyes Minato les agradece. Jiraiya se recupera en el hospital de Konoha por la heridas de Naruto, y le explica a Minato que Orochimaru de alguna forma estaba implicado en el incidente. El clan Uchiha planea un golpe de estado, pero Minato trata de cumplir su promesa con la esperanza del niño de la profecía de Jiraiya. Sasuke le pide a Kakashi que le enseñe el Chidori para superar a Naruto, mientras que el mismo Naruto entrena para perfeccionar y evolucionar el Rasengan.

Sasuke siente que su padre no lo reconoce y pelea con Naruto, Minato los separa pero Sasuke nota que Naruto es más fuerte. Sasuke abandona la escuela shinobi y se une a la policía militar, mientras que Naruto acompaña a Jiraiya en donde entrenará para entrar en el modo ermitaño, mientras siguen los pasos de Orochimaru quien se revela como artífice de lo ocurrido con Hizashi junto a su cómplice Danzo, y Sakura quien es entrenada por Tsunade quien le enseña el Byakugou no Jutsu. Luego de tres años, Sasuke es enviado de vuelta a Konoha y es nombrado vice capitán de la policía militar, jurando reparar la humillación de Naruto con derrotarlo.

Sasuke emplea la policía militar con tiranía, logrando bajar los crímenes de la Aldea pero a la vez aumentando el descontento de los aldeanos. Naruto regresa a la Aldea y decide detener a Sasuke, pero Danzo interviene al ver que Naruto es mucho más fuerte que Sasuke. Frustrado, Sasuke libera a su escuadrón de órdenes, por lo que van a la casa del Hokage a arrestar a Naruto. A causa de esto, el escuadrón de Sasuke es aprisionado, por lo que Fugaku expulsa a Sasuke de la policía militar. Tras lo acontecido, Sasuke le pide consejo a Danzo, quien le asesora visitar a Orochimaru abandonando la aldea.

Sasuke sale de Konoha y se encuentra con Kakashi, pero lo derrota con un genjutsu logrando huir. Minato ordena un toque de queda para no alarmar la búsqueda de Sasuke y evitar manchar el nombre de los Uchiha. Shikamaru reúne a Naruto y los demás en el aula de la escuela ninja, encontrándose Naruto con la banda protectora de Sasuke, enterándose de su deserción por Sakura. Shikamaru acompaña a Naruto para evitar que llegue con Orochimaru pero son detenidos por Raíz, que por orden de Danzo tienen la orden de matarlos si es necesario. En seguida, Neji, Tenten y Rock Lee se unen a Naruto para repeler los ataques de Raíz.

Sasori revela a Hidan que el experimento de Hizashi de hace tres años antes perjudicó a Akatsuki, el cual no los llevó a nada. Aun así, tras el desafortunado accidente que provocó Deidara con una de sus bombas, la cual acabó con la vida de Yahiko y la destrucción de la aldea donde se encontraba el equipo Jiraiya, logró ser aprovechada para culpar al Hokage Minato, dando este suceso el nacimiento de Pain, quien planea atacar Konoha. Por otra parte, Naruto aún continúa la persecución a Sasuke, y Raíz tratando de detenerlos a como de lugar. Rock Lee y TenTen detienen a dos de ellos para que los demás logren alcanzar a Sasuke.

Sasuke logra llegar a la torre donde se encuentra Orochimaru y este le muerde dejándole el sello maldito. Shikamaru y Neji detienen a los de Raíz dejando que Naruto entre a la torre. Yamato aparece deteniéndolo, pero Naruto saca las cinco colas derrotándolo, pero vuelve en si y sube a la azotea. Al llegar con Sasuke, lo reta a una pelea y Naruto acepta usando el modo ermitaño, Sasuke usa todo su poder y Naruto el de Kurama, atacándose mutuamente con el chidori y el rasengan, pero antes de impactar aparece Itachi en medio muriendo por el chidori de Sasuke. Luego de la colisión, Naruto queda derrotado y Sasuke se marcha al recibir el poder de Itachi.

Naruto, Shikamaru, Tenten, Neji y Rock Lee, vuelven a Konoha encontrándose con la aldea en suspensión por el Chin Chibaku Tensei de Pain. Sakura y Hinata se encontraban fuera de la aldea cuando ocurrió todo, Sakura cura a Naruto de las heridas causadas por su pelea con Sasuke. Una vez recuperado, Naruto entra en el modo ermitaño y derrota a cinco de los caminos de Pain, el último con la apariencia de Yahiko atraviesa las manos de Naruto pero es atacado por Hinata, quien es atravesada también. Naruto al ver gravemente herida a Hinata, libera fácilmente seis colas pero es atrapado en un Chibaku Tensei.

Naruto no puede liberarse del Chibaku Tensei, por lo que Kushina le entrega el poder de la otra mitad del Kyubi perdiendo la vida. Naruto logra liberarse y derrota a Pain, y llega a la ubicación de Nagato y Konnan. Al verlos, dialogan sobre sus compañeros perdidos y Naruto al tener los mismos pensamientos que Yahiko, Nagato libera a Konoha del Chin Chibaku Tensei y se retiran, prometiendo Naruto unirse algún día al equipo Jiraiya. Mientras, Sasuke asesina a Orochimaru pero alcanza a recibir su veneno. Luego despierta en una cueva junto a Sasori, quien le recuerda que Itachi está muerto, por lo que decide gobernar como los Uchiha y destruir Konoha, uniéndose a Akatsuki.

Akatsuki inicia un ataque a las cinco grandes naciones, por lo que estas se unen para contrarrestarlos. Naruto y sus compañeros deciden ir tras Sasuke para instarlo a volver, pero Sasuke traiciona a Akatsuki por tener distinto modo de pensar y tras una aparición de Itachi. Sasori utiliza el edo tensei utilizando cientos de marionetas, pero con la presencia de los shinobis de las grandes naciones, Itachi y el equipo Jiraiya, logran derrotar a Sasori y los demás miembros de Akatsuki. Tras haberlos derrotado a todos, Naruto insta a Sasuke a volver a Konoha, pero Sasuke continúa con la idea de gobernar como los Uchiha.

Naruto le pide a Sasuke volver a Konoha, a lo que accede bajo la advertencia de ser él quien con sus propias manos cambie el mundo Shinobi. El inevitable enfrentamiento entre los rivales da inicio, a medida avanza el duelo, recuerdan cuando se conocieron, su vida en la academia ninja; las frustraciones de Sasuke al no tener una verdadera competencia contra Naruto (al ser este el primero de clase y su rival el peor); la forma en que el cuarto Hokage evitó el golpe de estado Uchiha mediante el diálogo; hasta el día en que Naruto avanzó dejando a Sasuke atrás, cambiándolo todo. La batalla se intensifica, Sasuke ataca con su Mangekyō Sharingan y Susanoo mientras que Naruto lo hace en Sennin Mōdo. A medida Sasuke perfecciona su Susanoo, Naruto se ve en la necesidad de pedir ayuda a Kurama accediendo al Bijū Mōdo y atacando a Sasuke con una Bijū Dama, Sasuke por su parte utiliza flechas de Enton: Kagutsuchi, sus transformaciones desaparecen y ambos finalizan sus ataques propinando un puñetazo en la mejilla de su rival, exhaustos, caen al suelo y la amistad entre ambos prevalece. "Y así, Naruto Uzumaki, el niño de la profecía que quería ser Hokage, con la ayuda de sus compañeros, consiguió que el futuro de los shinobi superase toda clase de dificultades. Finalizando de esta forma el primer volumen de las Crónicas shinobi de Jiraiya ~Las Historias Perdidas de Naruto~". Todo lo anterior resulta como un sueño de Tsunade, quien al despertar ve a Dan, su fallecido amor, vistiendo como Hokage, pidiendo que le acompañe a la reunión de los cinco Kage, encontrándose en su camino a Orochimaru y Jiraiya, este último entregándole una copia de sus novelas eróticas a Nawaki, lo que enfada a Tsunade. Sin embargo, todo lo experimentado por ella es producto del Tsukuyomi Infinito en el que se encuentra atrapada de momento.

Gracias al Susanō creado por Sasuke, el equipo siete se ha librado de los efectos del Tsukuyomi Infinito. Mientras, los shinobi afectados por el genjutsu sueñan con su vida ideal. Sasuke recuerda las últimas palabras de su hermano antes de partir, las que sirven de enlace para iniciar este nuevo arco, que narra la vida del shinobi Itachi Uchiha, quien durante la tercera guerra mundial shinobi y con tan solo cuatro años presenció la cruda realidad del campo de batalla, la que al mismo tiempo es explicada por su padre. Posteriormente, es testigo del nacimiento de su hermano; todas estas experiencias le hacen pensar acerca de la vida y la muerte. Entretanto, Obito Uchiha se prepara para atacar Konoha invocando al Kyūbi.

Obito Uchiha invoca al Kyūbi para que destruya Konoha, ante tal ataque Itachi se dirige a la zona de evacuación y en el camino salva a Izumi Uchiha, el Kyūbi finalmente es sellado en Naruto. Inician las labores de reconstrucción de la aldea y es llevada a cabo una reunión entre el Hokage y las altas autoridades de Konoha con el objeto de reubicar a los clanes en caso ocurriera otro ataque. Danzō, quien está a cargo de ello, recibe el aval del tercer Hokage y traslada al clan Uchiha a una zona apartada de la aldea, con la excusa que tendrán cerca el nuevo sitio de entrenamiento. La miembros de la policía militar se quejan con su comandante, Fugaku Uchiha, sobre la decisión de las altas autoridades de la aldea al pensarlos responsables de esa desgracia, pues los rumores son que el Kyūbi fue manipulado con el Sharingan. Fugaku insta a sus subordinados a seguir las órdenes para evitar un conflicto mayor y da por terminada la reunión. Al terminar, Itachi le pide a su padre que le enseñe una técnica, decidiéndose por el Katon Gōkakyū no Jutsu, su hijo la hace a la perfección en el primer intento. Itachi es inscrito en la academia ninja y sobresale en todas las áreas por lo que decide entrenar por su cuenta; en el campo de entrenamiento se encuentra con Shisui, quien le comparte sus conocimientos. Para aprovechar el tiempo, Itachi crea un clon de sombras para que asista a la academia mientras el entrena con Shisui, no obstante, unos bravucones de la academia lo golpean y su clon desaparece, esto llama la atención de uno de los profesores, quien se reunió con el tercer Hokage, instándolo a promover a Itachi por sus grandes habilidades a tan temprana edad, así el pequeño prodigio Uchiha se gradúa durante el primer año.

Itachi ya es un genin y como tal, pertenece a un equipo al que se le asignan misiones de rango D; en esta ocasión se les encomienda recuperar a un gato ninja, quien causó dificultades a sus camaradas e incluso su jefe de equipo, sin embargo, usando sus depurada técnica con los kunais, Itachi captura al felino para devolverlo a su dueña; durante el enfrentamiento el gato pierde parte de sus bigotes, estos son de mucha ayuda para el padre de Tenma, su camarada, pues los necesita para preparar la medicina que le ayude a recuperarse; en el afán por hacerse con ellos, Tenma no se fija y está por caer a un precipicio, afortunadamente es salvado por Itachi. Posteriormente el Uchiha, en compañía de su hermano menor, reflexiona acerca de las relaciones entre los miembros de los diversos clanes y aquello que les une para convertirse en una aldea, concluye en que además de que una vida nace y muere, esta puede salvarse; esto sucede mientras recuerda cómo Tenma perdió la vida al defenderle en una emboscada ideada por Obito Uchiha mientras llevaban a cabo una misión, es en este dolor, que su sharingan despierta ante el asombro de Sasuke.

Itachi acompaña a Shisui como compañero de ejercicio, por lo que van por un pergamino con las instrucciones de esta, el primer ejercicio es ubicar a cierto objetivo rastreando sus pasos. A pesar de que Itachi tiende a encontrar pistas, Shisui termina dándole lecciones en cada detalle. Al llegar a un río y luego de pasarse la puesta de sol, Shisui da inicio al segundo ejercicio el cual es acampar. Mientras comen, Itachi le revela a Shisui que ha despertado el Sharingan, pero son interrumpidos por los choques de unos Kunais, por lo que Shisui da inicio al tercer ejercicio. Shisui observa que un ANBU es atacado por desconocidos, al intentar socorrerlo nota que los tres atacantes son de Raíz, quienes acusan al ANBU de traicionar a la aldea. Shisui les pide pruebas de dicha traición, pero se niegan y deciden matarlos a todos. Itachi logra derrotar a una de Raíz con su Sharingan de dos aspas, mientras que Shisui derrota a los otros dos. Al verse derrotados, huyen del lugar sin antes amenazarlos. Al lugar llegan más ANBUs quienes se hacen cargo del ANBU herido, mientras que Shisui carga en su espalda a Itachi al lesionarse en batalla. Años después, Itachi se úne a ANBU.

Itachi ya es miembro de ANBU. Danzo le nombra comandante de un cuerpo especial para la aldea que no está vinculado directamente a Raíz; Al mismo tiempo, el clan Uchiha le encomienda espiar los movimientos de Konoha convirtiéndose en un doble agente. Se investiga el suicidio de Shisui e Itachi se convierte en el principal sospechoso. Días después, Itachi es enviado junto a sus subordinados a espiar una reunión del clan Uchiha, una vez finalizada, Itachi ordena a sus subordinados esperar en las sombras mientras se reúne con su padre en el santuario Nakano, ahí le revela a Itachi que también posee el Mangekyō Sharingan pero lo mantiene oculto por temor a que el clan insista mucho más en un golpe de estado. Al mismo tiempo, usando sus habilidades oculares muestra a Itachi el golpe de estado, el cual traería una masacre a la aldea si consiguiesen extraer al Kyūbi que está dentro de Naruto, por lo que le pide que se le una y así reducir el número de bajas. Itachi comprende los riesgos del golpe de estado y lo informa a los ancianos de Konoha y al Tercer Hokage; Danzo insiste en que el clan sea aniquilado. El Uchiha decide llevar a cabo el genocidio y para ello le pide ayuda a Obito. Itachi muestra a su padre el futuro de Konoha de no llevarse a cabo el golpe de estado y comprende la importancia de Sasuke en ese futuro, por lo que le espera en casa con Mikoto para voluntariamente ser asesinados, no sin antes hacerle prometer que cuidaría de su hermano. Luego de ello, Itachi se reúne con el Tercer Hokage, quien le agradece por todo lo que hizo por la aldea y le explica que es necesario que sea tratado como un desertor y su nombre incluido en el libro Bingo. En su salida, sus subordinados ANBU tratan de asesinarle pero son víctimas del genjutsu del Uchiha. Luego, se reúne con Obito quien lo introduce con todos los miembros de Akatsuki siéndole asignado a Jūzō Biwa como compañero.

Itachi y Jūzō cumplen con las misiones sin detenerse a pensar en quienes pagan por ellas ni quienes son sus víctimas; en esa dinámica, son enviados al País del Agua para asesinar a un objetivo. En su retirada son perseguidos por un equipo liderado por el cuarto Mizukage, quien es el Jinchūriki del Sanbi. El enfrentamiento da inicio, Yagura se convierte en Bijuu y lanza una Bijūdama, Jūzō la bloquea con su Kubikiribōchō, pero el impacto es tan fuerte que su arma se quiebra y una de las mitades se le incrusta en el abdomen, el cuarto prepara otra Bijūdama pero Itachi lo derrota quemándole con el Amaterasu. Posteriormente, el Uchiha informa a los demás de la muerte de su compañero; Orochimaru, desea el cuerpo de Itachi para convertirlo en su nuevo recipiente y por ello le pide como su pareja. Pain dice que el asunto será puesto en espera. Días después, Orochimaru busca ocasión para matar a Itachi y le ataca por la espalda, el Uchiha lo paraliza con su genjutsu y al advertir que no se rendirá fácilmente, decide cortarle una mano y luego matarle pero es salvado por Kabuto quienes se retiran jurando venganza. Itachi comenta con el resto el ataque y huida de Orochimaru quienes lo toman como traición. Un nuevo compañero es asignado a Itachi, se trata de Kisame Hoshigaki.

Akatsuki recluta a Deidara, quien se convierte en el nuevo compañero de Sasori, su primera misión consiste en asesinar a Orochimaru. Al localizarlo, Sasori lo ataca con su marioneta del tercer Kazekage, mientras, Orochimaru utiliza el Edo tensei del tercer Kazekage. Sin embargo, el Sannin aún no ha perfeccionado esta técnica pues al llamarle peón, este se rehúsa a acatar sus órdenes y se desvanece, por lo que Orochimaru huye del combate. Posteriormente, la organización desea reclutar a Hidan, para ello envía a Itachi, Konan y Kakuzu, este último le ataca para probar los rumores sobre la inmortalidad de su rival, pero el combate es frenado por Itachi. Hidán acepta unirse pero advierte que seguirá proclamando su Jashinismo. Pain informa a los demás que Orochimaru atacó a Konoha, causando, como una de sus consecuencias principales, la muerte del tercer Hokage; al mismo tiempo, solicita que alguien vaya a investigar, Itachi es el primero en ofrecerse.

Sasuke recuerda sus encuentros con Itachi, desde el momento en que regresó a Konoha para capturar al Kyūbi hasta su vuelta a la vida por medio del Edo Tensei, encomendándole nuevamente a la aldea y recordándole lo mucho que le ama. Los efectos de Tsukuyomi Infinito desaparecen y el equipo siete se prepara para la batalla contra Madara, quien afirma que ha acabado con las guerras ninja y creado el paraíso shinobi, convirtiéndose así en el salvador. Todo parece estar a favor de Madara cuando Zetsu Negro atraviesa el corazón del Uchiha y le explica que ha estado equivocado, pues no es el salvador y tampoco ese es el fin, sino que es un simple peón encargado de cumplir la voluntad de Kaguya Ōtsutsuki; le explica el engaño del que ha sido parte al haber mal interpretado el monumento de Rikudō Sennin (modificado antes por Zetsu negro) así como la verdadera intención del Tsukuyomi Infinito, que ya había sido utilizado en una ocasión por Kaguya, el cual, lejos de ser la herramienta para soñar con la paz mundial, es la técnica para acumular una cantidad gigantesca de chakra y que eventualmente todos aquellos atrapados en él, se convertirán en soldados de Kaguya, los Zetsus blancos. Madara comprende que ha sido engañado pero ya es muy tarde. Entretanto, Naruto y Sasuke tratan en vano de detener la transformación y terminan inmovilizados por el cabello de Kaguya mientras son testigos de su renacimiento.

La batalla entre Naruto y Sasuke contra Kaguya ha iniciado. Ella percibe el chakra de ying y yang que poseen y se aleja inmediatamente, a su vez se pregunta si son las reencarnaciones de sus hijos: Hagoromo y Himura, luego, usando el Byakugan comprende que se trata de Ashura e Indra. Kaguya, para evitar la destrucción del Shinjū, traslada a Naruto, Sasuke, Sakura, Kakashi y Óbito a una dimensión compuesta principalmente por lava: Sasuke invoca a su halcón, evitando la caída libre al mismo tiempo que salva a Naruto, por su parte, Kakashi usando sus kunais y pergamino rescata a Sakura y Óbito. Kaguya ataca los puntos vitales del halcón y el pergamino de Kakashi comienza a quemarse por el excesivo calor encontrándose nuevamente en problemas, en esta ocasión son salvados por Naruto quien descubre que gracias al chakra de Rikudō Sennin puede levitar. En ese mismo instante, los Hokages, se dirigen hacia el punto de origen de un fuerte chakra que han percibido mientras se preguntan si Madara ha sido derrotado. Kaguya está decidida a reunir todo el chakra para si misma y ataca a Naruto y Sasuke, quienes a pesar de usar lo mejor de sus técnicas se encuentran en desventaja. Sin percibirlo hasta que es muy tarde, son atrapados por Kaguya quien los paraliza y comienza a absorber su chakra por medio de Zetsu Negro; Kaguya llora pues ambos le recuerdan a sus hijos con quienes compartió el chakra, a su vez, Zetsu negro revela el origen de todo.

Zetsu les relata la historia de Kaguya a Naruto y Sasuke, este se remonta a una época en la que no existía el chakra, los clanes ni las grandes aldeas. Una noche Tenji el líder de las tierras de "So" junto con sus soldados observan una misteriosa luz que se mueve en el cielo, el ordena seguir el paradero de dicha luz, al otro día traen ante el a una mujer la cual se hace llamar Kaguya y que es la guardiana del Shinjū, Kaguya se queda en la aldea de Tenji, algunos días después los líderes de las tierras de "Ka", se reúnen con Tenji para reclamar la posesión de un lago el cual el país de Ka quiere que se lo devuelvan por lo que a Tenji le dan algunos días para pensarlo. Esa noche Tenji sostiene una conversación con Kaguya la cual siempre contempla el cielo nocturno, al preguntarle si ella deseaba algo esta responde que la paz sin guerra. Durante los siguientes días personas de Ka atacan la frontera con el propósito de causar una guerra, Tenji ordena no contraatacar pues lo último que el quiere es la guerra, una noche le informan que todo el ejército de Ka está a punto de atacar por lo que Tenji parte enseguida a evitar una guerra y ordena que lleven a Kaguya a un lugar seguro, pero alguien le informa a los líderes de Ka que Kaguya esta en un templo, por lo que van en su captura, cuando los soldados de Ka llegan al templo asesinan a los soldados que protegían a Kaguya al verse acorralada masacra a algunos de los soldados de Ka, al otro día Suzaku uno de los líderes de Ka pide la cabeza de Kaguya por la muerte de sus hombres, Tenji al no creer en que Kaguya hiciera algo así va hasta el templo y observa los cuerpos, en ese momento ordena a sus hombres que maten a Kaguya pero esta rápidamente se dirige junto con Aino a donde esta el Shinjū, en el camino Aino muere por la flechas, una vez que Kaguya llega a la base del Shinjū, come del fruto e inmediatamente aparece el tercer ojo en su frente y acto seguido realiza el Mugen Tsukuyomi atrapando a todo el mundo.

Zetsu continúa su relato a Naruto y Sasuke, en donde principalmente les cuenta sobre los hijos que tuvo Kaguya con Tenji. Una vez adultos los hijos de Kaguya, Hagoromo y Hamura terminan por convertirse en intermediarios de su madre con el pueblo de las tierras de So, mientras que Gamamura un pequeño sapo, observa a Kaguya quien a su vez, observa continuamente al cielo. Unos hombres discuten por que uno de ellos recibe toda el agua de un río importante, ya que su campo se encuentra cercano al principio del río, y el flujo del agua se ha reducido repentinamente. Hagoromo decide ver que sucede río arriba y parte junto con Hamura, al lugar se encuentran con una roca gigante en donde Gamamura revela que ha sido el quien ha puesto la roca. Como en el lugar habitan osos salvajes, Gamamura aprovecha para demostrar que ha sido él quien ha puesto la roca derribando fácilmente a un oso, diciendo que sus intenciones eran provocar toda esa situación anterior para poder conversar con ellos. Gamamura le revela a Hagoromo y a Hamura que el gran árbol del Shinjuu está absorbiendo la fuerza y recursos naturales del planeta, así como la energía vital de las personas que lo habitan, para que ellos mismos corroboren su versión, Gamamura les aconseja que ellos mismos vayan a investigar el gran árbol del Shinjuu. Hagoromo nota que una mujer a quien aprecia, llamada Haori, se dirige al gran árbol del Shinjuu junto a otras personas para realizar la tradición del Shinjuu. Molesto, le pide a su madre Kaguya que elimine la tradición del shinjuu ya que nadie vuelve luego de la tradición, pero Kaguya lo reprende justificándolo por la llegada de alguien desde los cielos y vuelve a ausentarse. Hagoromo decide investigar el gran árbol del Shinjuu junto a Hamura, y en el lugar encuentran a un centenar de personas incluida Haori quien se encuentra sin vida en un capullo del Tsukuyomi, y al verla en ese estado Hagoromo despierta un Sharingan con tres aspas. Hagoromo decide visitar junto a Hamura a Gamamura, quien los lleva al país de los sapos, en donde les explica que se puede entrenar en dicho lugar para poder usar la energía natural llamada poder sabio. También, les cuenta toda la historia pasada de Kaguya desde una esfera de cristal, por lo que Hagoromo decide hablar con su madre pero antes le pide a Gamamura que le enseñe a usar el poder del sabio. Tiempo después, Kaguya le pregunta a Hamura sobre Hagoromo, pero este le miente causando la ira de Kaguya con este.

Hagoromo ha logrado dominar el poder sabio y se dirige donde Kaguya para discutir con ella sobre la tradición del Shinjuu. Kaguya lee la mente de Hagoromo y rehúsa detener la tradición del Shinjuu, enviando a Hamura poseído por la voluntad de ella para atacar a Hagoromo, pero agoniza por un ataque de Hagoromo, quien a su vez Hagoromo despierta el Mangekyo y el Rinnegan, aunque utiliza el poder sabio para curar a Hamura. Kaguya despierta el poder del árbol del Shinjuu en el Juubi, quien rápidamente ataca a Hagoromo quien utiliza el poder de Susano, varios meses después ambos logran sellar a Kaguya en el Chibaku Tensei, el cual termina por convertirse en la luna. Luego dividen el poder del Juubi en nueve bestias, las cuales Hagoromo criaría para que estas confíen y ayuden a las personas. Hamura recibió los pensamientos de Kaguya cuando era poseído por ella, por lo que decide estar cerca de ella viviendo en la luna. Sin embargo, Zetsu quien nació de la última voluntad de Kaguya, tuvo como único objetivo revivirla, al no poseer un poder significativo, decidió utilizar a las personas para obtener los elementos necesarios para revivir a Kaguya. Zetsu necesitaba al Shinjuu y el Tsukuyomi Infinito, el Shinjuu se había convertido en el Juubi el cual luego se dividió en las nueve bestias con colas, los cuales fueron dispersos por todo el mundo tras la muerte de Hagoromo. Para el Tsukuyomi necesitaba a un usuario del Rinnegan, y solo un Uchiha descendiente de Indra con las células de un descendiente de Ashura, ambos hijos de Hagoromo, conseguirían el poder del Rinnegan. Miles de años después, Zetsu conseguiría a un usuario del Rinnegan gracias a su manipulación a la tabla de la salvación de los Uchiha hecha por Hagoromo, la cual terminó por instar a los Uchiha a intentar despertar el Rinnegan y usar el poder del Tsukuyomi. Madara Uchiha consiguió el poder del Rinnegan luego de morder el brazo de Hashirama y usando el Izanagi cuando fue derrotado por este, implantó las células del brazo de Hashirama en sus heridas despertando el Rinnegan, invocando a la estatua demoníaca la cual es el esqueleto del Juubi sin fuerzas y a la vez soltando accidentalmente a los Zetsus blancos, creyendo Madara que eran su creación por una astucia de Zetsu negro. Zetsu llevó a crear a Akatsuki para crear la guerra shinobi, y guió a Kabuto a encontrar el cadáver de Madara para que Obito se viera obligado a colaborar con este y así llevar todos los sucesos de la cuarta guerra shinobi según lo planeado por Zetsu.

Naruto logra liberarse del poder de Kaguya pudiendo ayudar a Sasuke, quienes luego idean un plan de ataque. Sasuke ataca a Kaguya con el Amaterasu para que Naruto utilice su Gyaku Harem no Jutsu, logrando distraerla y asestarle el primer golpe. Ante la distracción, Sasuke y Naruto intentan sellarla, pero antes de lograrlo Kaguya los traslada a todos a otra dimensión, siendo una dimensión ambientada en rocas de hielo y montañas de nieve, quienes quedan atrapados en una de dichas rocas. Sasuke logra romper la roca con el Amaterasu y el Kagutsuchi, y para evitar ser sellada, Kaguya traslada solamente a Sasuke a una dimensión ambientada en un desierto de arena. Obito despierta de su inconsciencia gracias a un clon de Naruto, a quien lo ponen al tanto de la situación, mientras que Naruto continúa batallando solo con Kaguya. Obito al ver la forma en que Kaguya se mueve a otra dimensión, comprende que debe usarla así como usa la suya para poder traer devuelta a Sasuke. Sabiendo el gasto de chakra en un jutsu ajeno el cual sería inmenso, le pide al clon de Naruto y a Sakura que lo acompañen. Mientras que los cuatro Hokages que se encuentran en la dimensión paralela, investigan una parte del cuerpo de Madara, ya que falta la parte de arriba de su cuerpo. Como no pueden ubicar la parte de arriba del cuerpo, no pueden usar la Invocación: Resurrección del Mundo Impuro en el cuerpo de Madara para sacarle información. En ese momento, Rikudo Sennin aparece para explicarles sobre el inicio del ninshu, para que puedan saber sobre la situación y así salvar a Naruto y Sasuke.

Hagoromo le cuenta a los Hokage del inicio del Ninshu, contándoles su historia desde que sello a su madre Kaguya. Seguido de este suceso, Hagoromo se encuentra con Gamamura, a quien le informa que recorrerá el mundo pagando sus pecados, ayudando a las personas, y enseñado su poder para el beneficio de la humanidad. Antes de partir, Gamamura le revela uno de sus sueños premonitorios, en el que un niño de ojos azules dominaría al Kyubi y lo llamaría por su nombre. Hagoromo parte en su viaje donde se encuentra con un puente roto, producido aparentemente por la batalla entre el y su madre, por lo que decide repararlo sin el uso de sus poderes. A un costado del puente, habita un ladrón que vive de el para robar a las personas que no lo pueden cruzar. Hagoromo comienza a repararlo usando su ingenio, pero es reprendido por el ladrón ya que según el, arruina su fuente ingresos. Hagoromo demuestra su poder al ladrón, quien le teme y decide ayudarle a reparar el puente con la intención de destruirlo una vez que Hagoromo se haya ido. Muchas personas al ver la buena obra del ladrón, comienzan a ayudarlos a reparar el puente, y una vez terminado, el ladrón rehúsa a destruirlo ya que el agrado de ver tantas personas contentas con algo bueno que el hizo, causó en su interior el gozo de volverlo a hacer. Hagoromo continúa en su viaje, y el ladrón le sigue al no tener más que hacer. Al llegar a otro puente roto, se encuentran con otro ladrón, repitiendo el proceso anterior. Luego de repetir la misma labor en varios lugares, teniendo varias personas siguiéndolo, Hagoromo haría de estos sus discípulos, a quienes les enseñaría el Ninshu. A la vez, Hagoromo distribuyó a las bestias con cola por todo el mundo. Luego, Hagoromo tendría dos hijos, Indra y Ashura, pero un ser maligno estaría por encender el odio en uno de ellos.

Indra y Ashura crecieron con un poder oculto dentro de ellos, e Indra comenzaría de temprano a sacar a relucir dicho poder. Hagoromo era capaz de crear jutsus sin la necesidad de realizar sellos con sus manos, siendo el único en poder lograrlo. Indra comenzaría a investigar junto a su hermano los libros escritos por su padre Hagoromo, en el cual relata los secretos del Ninshu. Más tarde, Indra lograría inventar el sello de manos para crear jutsus, quien a diferencia de Ashura, no lograría leer la cantidad de su hermano al no comprender los libros escritos por su padre. Luego, Ashura saldría con sus amigos para cazar un jabalí, mientras que Indra se iría solo a entrenar el Ninshu. Mientras estaba solo, Indra fue seguido por Zetsu negro, quien le revela que está al tanto de su poder, y que para sacar al máximo su potencial, uno de sus seres queridos debiese morir. Indra comprende que Ashura está en peligro, apresurándose para encontrarlo sano, mientras que Ashura es atacado por un jabalí anormal con excesos de poder. El jabalí logra matar al perro de Indra y Ashura, quien al ver la muerte de su perro, asesina al jabalí con un jutsu de elemento rayo. Ashura le trae el cuerpo de su perro muerto a Indra, quien despierta el Sharingan con dos aspas. Al pasar el tiempo, Indra sería persuadido por Zetsu, quien comenzaría a alabar su poder por sobre los demás, naciendo cierta soberbia dentro de Indra, mientras que Ashura escucha los comentarios de los discípulos de su padre hablando del inmenso poder de Indra, en comparación al fracaso de sus poderes. Ashura intenta convencer a Indra de ser más flexible con los discípulos, pero Indra rechaza serlo, quienes son vigilados de cerca por Zetsu.

Ashura reconoce que Indra ha cambiado su forma de ser, pero antes de terminar la idea, un hombre le pide ayuda para que use el Ninshu y así derribar unos cuantos árboles para crear un camino más corto a los campos. Ashura ayuda al hombre cortando todos los árboles, aunque más tarde, Indra acusa al hombre que fue ayudado por Ashura, ya que vendió los árboles para su beneficio cuyo recurso natural es del bien de todos los aldeanos, aunque pide perdón a Ashura ya que vendió los árboles para ayudar a su madre enferma. El hombre es acusado y encarcelado en una cueva, pero Ashura no es castigado al no saber las verdaderas intenciones del hombre. Ashura va a la cueva y libera al hombre, pero Indra lo sigue y lo ataca por su desobediencia. Al día siguiente, Hagoromo debe escoger a sus sucesor, pero al ver que Indra es demasiado poderoso pero tirano, a diferencia de su hermano que es débil pero piadoso, decide ponerlos a prueba y enviarlos a dos pueblos que albergan bestias con colas, para que dirijan al pueblo y quien arroje mejores resultados será su sucesor. Ashura e Indra se dirigen a sus respectivos puntos de trabajo, al separarse, el hombre que liberó Hashura le sigue para ayudarlo. Al llegar a la aldea la cual se encuentra en medio del desierto, sienten hostilidad debido a recurrentes ladrones que saquean la ciudad, pero al curar a una mujer herida, le dejan entrar. La mujer herida le pide a Ashura que cure a su madre enferma, pero no logra curarla notando que en la aldea hay decenas de muertos a su alrededor, por lo que se dirigen junto a la mujer a un árbol en un gran monte, y al adentrarse en el encuentran rasgos del Shinju.

Ashura se da cuenta que el árbol del monte está matando a los aldeanos, ya que está reviviendo el Shinju en él, por lo que debe destruirlo. Al consultarle al líder de la aldea, este le pide que no lo haga, ya que antes de nacer ese árbol decenas de años antes, la aldea era un desierto duro sin recursos donde la gente moría constantemente. Ashura decide convencer a los aldeanos de destruir el árbol y hacerles notar el peligro de su existencia, pero todos comienzan a lanzarle piedras. Ashura recuerda que su padre no le impidió usar el Ninshu para solucionar los problemas de la aldea, pero por otra parte, Indra ya ha vuelto donde Hagoromo con resultados, pero no decidirá a un sucesor hasta que estén los dos con él. Ashura al ver que la gente dependía del Shinju para subsistir, al ver que a la vez era un cáncer para ellos, Ashura decidió cavar un pozo para sustraer agua para mantener la tierra, y así poder destruir el árbol. Los aldeanos vieron el esfuerzo de Ashura y decidieron ir en su ayuda, además le pidieron que le enseñara el Ninshu. Luego de un largo trabajo, Ashura logró sacar agua del pozo creando un gran lago y ríos que rodearon la aldea, y así pudo destruir el árbol con el permiso del líder. Luego de un año, Ashura vuelve donde Hagoromo y le cuenta los sucedido, pensando que Indra ya era el sucesor, pero Hagoromo ha tomado una decisión.

Hagoromo finalmente decide que Ashura será el sucesor del Ninshu, ante esto los presentes quedan sorprendidos, Indra exige una explicación de por qué el no fue el sucesor, Hagoromo le explica que debido a que como Indra realizó todo el trabajo solo, los aldeanos se pelearon por el agua y la aldea desapareció, mientras que Ashura decidió trabajar y aceptar la ayuda de los demás para solucionar el problema. Indra se retira junto con dos de sus seguidores los cuales quedan inconformes con la decisión de Hagoromo. Esa noche en la aldea se realiza una pequeña celebración, pero Ashura decide hablar con Hagoromo sobre su decisión, Hagoromo le explica que debido al poder del Sharingan de Indra, este ya no comprende a las personas, por lo que ya no sabe el significado del Ninshu, Hagoromo al ver que Ashura no había cambiado le confía su poder. En ese momento sucede una explosión a las afueras de la aldea, se trata de Indra el cual ha despertado el Susanō, furioso nuevamente exige saber porque no fue el sucesor del Ninshu, Hagoromo le explica que la base del Ninshu recae en el amor y de comprender los corazones de los demás mas no en el poder, sin embargo Indra cree que los débiles deben someterse ante el poder, Ashura trata de convencer a su hermano de que se detenga, pero todo es en vano ya que Indra activa el Mangekyo Sharingan y tras ello logra formar al Susanō perfecto. Ashura ataca al Susanō pero sus ataques no tienen efecto alguno, Hagoromo le pide a los aldeanos unir sus fuerzas y acatar al tiempo pero ni aun así logran hacerle daño, Indra decide acabar con todos con la espada de Susanō y en ese momento Ashura logra proteger a todos gracias a las Godou Damas, ahora Hagoromo le pide a todos ayudar a Ashura uniendo sus corazones, como resultado Ashura recibe el Chakra de todos y así realizar el Mokuton: Shin Shusenju, con el cual logra obtener la victoria. Años más tarde Hagoromo, que está a punto de morir, le confía todo a Ashura, ya que Indra no descansara hasta acabar con el Ashura y el Ninshu. Hagoromo termina su relato diciendo que las almas de sus hijos posteriormente siguieron reencarnado y luchando, el odio creció más y más. Ahora el sabio les pide a los Hokages que deben ayudar a Naruto y Sasuke.

Naruto, Sasuke y Sakura se proponen a hacer lo que sea para conocer el verdadero rostro de Kakashi, casualmente un fotógrafo llamado Sukea, el cual anteriormente fue un ANBU, les ofrece su ayuda, así les propone encontrar la ficha con que Kakashi se registró en la academia. Cuando están a punto de observar su rostro los ANBU les detienen. Luego, Sukea les propone invitarlo a comer y en momento en que Kakashi se quite la máscara, le fotografiará, casualmente, Akamaru se interpone en la secuencia de fotos. Finalmente, el equipo siete decide pedir ayuda a los demás gennin, y gracias al trabajo en equipo logran capturar a Kakashi gracias al Kagemane no Jutsu de Shikamaru; nuevamente todo se echa a perder cuando el equipo de Guy aparece y la posesión de sombras con Kakashi es anulada. Naruto y los demás deciden darse por vencidos junto con Sukea quien se despide de ellos; al final, se revela que Sukea era Kakashi el cual había cambiado su aspecto para que no lo reconociesen.

La pelea entre Kaguya y Naruto continúa atrapado en el hielo. Mientras tanto, Óbito idea un plan para entrar a la dimensión de Kaguya utilizando su Kamui y de esta forma rescatar a Sasuke; para ello, Sakura y un clon de Naruto le acompañan. Gracias al poder del Gobi Naruto puede liberarse de su prisión helada al mismo tiempo que golpea a Kaguya con una potencia increíble, a continuación, el Kyubi le hace saber que acumuló suficiente chakra para que lo use con lo cual utiliza el jutsu multiclones de sombra y ejecutan el Uzumaki Naruto Ittai Rendan con lo que obligan a Kaguya a trasladarse de dimensión. Óbito aprovecha la oportunidad y logra entrar junto con Sakura y el clon de Naruto, una vez allí, un sorprendido Zetsu Negro se percata de la presencia de Naruto al cual confunde con ser el original, Kaguya decide acabarlo usando el Tomogoroshi no Haikotsu, por el que un proyectil de hueso impacta en el clon de Naruto convirtiéndolo instantáneamente en ceniza. Una vez que Kaguya y Zetsu regresan al mundo de hielo quedan sorprendidos al ver a Naruto vivo, por lo que la pelea entre ellos continúa. Mientras tanto Óbito y Sakura, quienes se ocultaron, inician la búsqueda de Sasuke entre las dimensiones, el esfuerzo de Óbito y Sakura es extremo ya que estas se encuentran demasiado lejos y solo pueden mantenerlas abiertas unos pocos segundos, finalmente localizan aquella en la que se encuentra Sasuke, quien tras darse cuenta del portal abierto por el Kamui se apresura a regresar antes de que Óbito y Sakura se queden sin chakra. Todo parece perdido pues la dimensión se cierra antes que Sasuke pueda alcanzar el portal, sin embargo, para sorpresa de todos este utiliza su Amenotejikara intercambiando posiciones con el chaleco táctico de Sakura por lo que logra cruzar en el último instante.

Hagoromo explica a los Hokages la situación en la que se encuentran los demás y les pide su ayuda para elaborar un jutsu cuando el momento sea el oportuno. Mientras tanto, en otra dimensión, Óbito desfallece pues le quedan pocas energías y tiempo de vida, le preocupa incumplir otra promesa y recuerda sus momentos en Konoha con Rin, Kakashi y Minato, así, saca fuerzas de debilidad y regresa a la dimensión de hielo junto con Sakura y Sasuke. La pelea entre Naruto y Kaguya continúa, esta ha determinado que el original es aquel quien porta las Gudou Damas por lo que le ataca con su Tomogoroshi no Haikotsu, los demás clones se interponen y bloquean el ataque. Mientras, Kakashi medita en la frustración que siente al no poder ayudar a los demás; Óbito, Sakura y Sasuke regresan y ante esa distracción Kaguya atrapa a Naruto y lo atraviesa con uno de sus huesos, se convierte en ceniza y muere, sin embargo, en esta ocasión también se trataba de un clon de sombras, a quien había traspasado sus Gudou Damas. Kaguya comprende que ahora que Naruto y Sasuke están reunidos no hay otra opción y debe utilizar cuanto chakra sea necesario, por lo que les traslada a una dimensión con supergravedad, los movimientos se vuelven complicados para todos, inclusive para Kaguya, quien vuelve a utilizar su técnica mortal para convertir en ceniza a Naruto y Sasuke logrando esquivar el primer ataque, a pesar de ello, ante el segundo se encuentran indefensos. Kakashi piensa que quizá esa sea la última forma en que puede ayudar y corre junto con Óbito para servir como escudo; pareciera que ambos no llegarán a bloquear el ataque, pero el espíritu de Rin interviene, les toma de las manos y les da ese impulso que necesitaban para colocarse frente a Sasuke y Naruto. Ambos están listos para morir, pero Óbito, utilizando por última vez su Kamui, envía a otra dimensión el proyectil de hueso que se dirige hacia Kakashi, salvándole de una muerte segura.

Mientras Óbito muere a causa del Tomogoroshi no Haikotsu recuerda varios de los momentos que marcaron un antes y un después en su vida. En esos instantes, Sasuke al recuperar el poder de su ojo izquierdo inicia su ataque contra Kaguya, quien inmediatamente cambia a la primera dimensión para moverse con facilidad y recuperar más rápido su chakra. Óbito insta a Naruto a mantenerse en el camino ninja que ha elegido no importando las dificultades, al mismo tiempo que le dice que esta seguro que logrará convertirse en Hokage, dicho esto, se convierte en cenizas. Zetsu negro se burla de la muerte de Óbito lo cual no agrada para nada a Naruto e incorporándose a la batalla, en un solo movimiento, corta el brazo izquierdo de Kaguya en el cual se encontraba Zetsu. Finalmente, Óbito despierta en el otro mundo y se reúne con Rin, ella le dice que le ha estado esperando mientras él se disculpa por no haber cumplido su promesa, a lo que ella responde que sabe que se esforzó mucho y que todo ese tiempo le ha estado observado.

Rin está lista para marcharse con Óbito, pero este le pide un poco más de tiempo pues desea ayudar a Kakashi quien se encuentra sin saber que hacer en el campo de batalla. Una vez reunidos, le insta a convertirse en el sexto Hokage y ante ello, como un regalo adelantado le permitirá por poco tiempo el uso de su sharingan. Naruto incorporándose a la batalla ataca con su Senpō: Chō Bijū Rasenshuriken produciendo explosiones de una tremenda magnitud que desestabilizan el chakra Kaguya y la convierten en un monstruo que es más fácil de sellar, pero al mismo tiempo, rápido e impredecible; Sakura está a punto de ser absorbida por ese ser pero Kakashi le salva utilizando el susanoo perfecto. Todos se sorprenden de las nuevas habilidades del ninja que copia; Kaguya logra estabilizarse al absorber chakra de quienes se encuentran bajo la influencia del Tsukuyomi Infinito y se prepara para atacar con una Bōchō Gudōdama. El equipo 7 está listo para su última misión, Sasuke y Naruto se apresuran a sellarla, a su vez, Kaguya ataca a Kakashi con su Tomogoroshi no Haikotsu pero gracias al sharingan de Óbito este atraviesa su cuerpo sin daño alguno, el ninja copiador contraataca con su Kamui Raikiri hiriendo el brazo derecho de Kaguya. Sasuke y Naruto avanzan, mientras Kaguya busca convertir a sus rivales en ceniza, en esta ocasión dispara a Naruto, sin embargo se trata de un clon, el verdadero se encuentra utilizando la forma de Sasuke por medio del Henge no Jutsu, Zetsu negro, en un intento desesperado por proteger a su madre, abre un portal y envía una estaca de hueso a Naruto pero tal acción es contrarrestada por Kakashi usando su Kamui; Sasuke, esperando el momento oportuno, por medio de su Amenotejikara cambia de lugar con el clon de Naruto. Kaguya, al verse acorralada, determina que la única opción es huir por arriba, pero Sakura, con un fuerte golpe impide su escape, Kakashi observa orgulloso el trabajo en equipo de sus estudiantes. Finalmente los poderes de Ying y Yang del sabio de los seis caminos han hecho contacto con Kaguya.

Kaguya junto con Zetsu negro son finalmente sellados por medio del Rikudō Chibaku Tensei. El sabio de los seis caminos invoca desde el mundo puro a algunos kages de épocas anteriores para que junto con los primeros cuatro hokages le ayuden a utilizar el Kuchiyose no Jutsu con el objeto de transportar al equipo 7 y los nueve bijuus desde la dimensión en la que se encontraban. Óbito, antes de marcharse al lado de Rin, se despide de Kakashi, quien se alegra que puedan hacerlo como amigos. Madara, agonizando al haber dejado de ser el Jinchūriki del Juubi, conversa con Hashirama hasta el momento de su muerte, mientras, Naruto y Sasuke observan a sus predecesores solventar sus diferencias. Acto seguido, Hagoromo libera a los kages y se dispone a deshacer el Edo Tensei por lo que Naruto se apresura para llegar al lugar donde se encuentra su padre quien lo felicita por su cumpleaños además de expresarle lo orgulloso que se siente de todo lo que ha logrado, posteriormente, tras un emotivo momento, ambos se despiden.

Los Hokage se dirigen al mundo puro luego de haber sido liberados del Edo Tensei. Los Bijuu hacen planes sobre volver a sus hogares, al mismo tiempo Hagoromo comenta que lo único que resta es deshacer el Tsukuyomi Infinito. Sasuke no piensa exactamente como los demás, tiene planeado iniciar una revolución y para ello en primer lugar se encargará de los cinco Kages, al mismo tiempo, de un vistazo captura a todos los Bijuu y los sella utilizando el Chibaku Tensei.

Sasuke justifica su punto de vista acerca de lo que significa ser un Hokage y su plan para llevar a cabo la revolución ninja. Naruto contraargumenta tal posición haciéndole ver al Uchiha que se encuentra equivocado al momento de interpretar ciertas situaciones, así como los ideales por los que luchó su difunto hermano; sin embargo, al no llegar a ningún acuerdo entre si, la inminente batalla da inicio y a medida transcurre, su intensidad aumenta.

Naruto y Sasuke hacen uso de sus técnicas más poderosas a tal punto que han modificado la geografía del lugar, como consecuencia, han agotado casi todo el chakra con el que cuentan, por lo que ambos no tienen más remedio que batirse a puño limpio; la batalla se prolonga hasta el atardecer, ninguno quiere darse por vencido.

Luego del impacto de sus correspondientes técnicas ambos piensan que han muerto ya que son llevados a través de recuerdos que marcaron sus vidas, sin embargo, únicamente estaban inconscientes; ya ha anochecido cuando vuelven en sí, se percatan que no deben moverse pues de lo contrario morirán desangrados.

Sakura y Kakashi encuentran a Naruto y Sasuke, ella se hace cargo de sus graves heridas mientras el Uchiha le pide perdón por todo, ella llora; Kakashi se alegra de que finalmente sus pupilos finalmente hayan regresado. Tan pronto pueden moverse, Uzumaki e Uchiha colaboran para deshacer el Tsukuyomi Infinito, mientras, Sasuke reflexiona sobre lo que ha aprendido a través de la amistad y sufrimiento de Naruto

El episodio nos transporta a esos duros momentos vividos por Naruto durante su infancia en los que experimentó el rechazo por parte de los aldeanos de Konoha y la consecuente soledad que esas acciones produjeron en adición a ser un huérfano. Al mismo tiempo nos muestra fragmentos de la infancia de Hinata específicamente cuando conoce a Neji y la muerte de su tío en el cumplimiento de su función de rama secundaria de la familia Hyüga.

El episodio nos muestra uno de los pocos momentos compartidos entre Itachi y Sasuke, así como en los instantes de felicidad vividos junto a sus padres durante su infancia. A su vez, nos revela escenas de la infancia de Sakura, la relación con sus padres, su amistad con Ino y su rivalidad por Sasuke, así como las primeras interacciones que tiene con el Uchiha en la academia ninja.

En su primera parte el episodio nos ubica en Sunagakure mientras se desarrollan ciertos aspectos de la infancia de Gaara, quien experimenta el rechazo por la sociedad al que todos los jinchürikis están expuestos, inclusive por parte de su propio padre, quien aleja a sus hermanos y busca entrenarle con el único propósito de convertirle en el arma definitiva de la aldea. En ese mismo espacio temporal, en Konoha, Shikamaru ya inició sus estudios en la academia ninja, lugar en el que fortalece su gran amistad con Chōji, así como también, en compañía de Naruto experimentan ciertas situaciones que no generan resultados agradables como producto de las travesuras hechas en clase y en diferentes puntos de la aldea.

En un primer momento el episodio relata ciertos momentos de la infancia y juventud de Jiraiya, en los que se ven involucrados Tsunade y Orochimaru. Posteriormente, describe momentos de la infancia de Kakashi, sus entrenamientos en la academia ninja con el tercer Hokage, el inicio de su amistad con Obito y Rin, así como la rivalidad que le propone Guy. Lo anterior ocasiona que al visitar la tumba de su padre, en el aniversario de su muerte, se proponga a conducirse por un camino distinto, el cual consiste en seguir las reglas y no romperlas por sus compañeros.

Ya ha pasado algún tiempo desde la batalla entre Naruto y Sasuke. Sakura, en compañía de Naruto acude a Kakashi para comentarle sobre la desaparición de algunos shinobis, hecho que debe ser investigado, en ese preciso instante escuchan una explosión lejana, Naruto y Sakura se apresuran para investigar, ahí se reúnen con Ino, Shikamaru y Chōji; se trata de los aldeanos desaparecidos quienes están bajo los efectos de un genjutsu que les ha despojado de su voluntad y ha convertido en bombas humanas, estos son neutralizados, pero nadie puede deshacer ese genjutsu. Ante tal acontecimiento, Kakashi considera necesario llamar a Sasuke, el Uchiha recibe el mensaje pero, al mismo tiempo, escucha una explosión lejana, por lo que acude al lugar encontrándose con el mismo problema, los aldeanos, algunos de ellos shinobis, luchan contra la amenaza; Sasuke desea ayudar pero le confunden con el enemigo. Luego de anular las técnicas con las que le atacaron, se encarga de dejar fuera de combate a los aldeanos convertidos en bombas humanas utilizando su sharingan; posteriormente se entera que le han confundido con un shinobi llamado Fujin, quien creen está detrás de todo esto, por lo que para conocer más detalles, utiliza su sharingan para examinar los recuerdos de las víctimas del genjutsu, imágenes que le dejan perturbado al ver en ellas unos ojos rojos, por lo que concluye que la persona atrás de esos ataques es un poseedor del Kekkei Genkai.

Sasuke se traza como objetivo localizar a Fūshin, en ese sentido informa a Konoha que el también ha sido testigo de las bombas humanas, razón por la que investigará por su cuenta e informará a la aldea sobre los resultados. El Uchiha solicita la ayuda de Orochimaru para tal fin a lo que este último accede y acompaña, su destino, un lugar conocido como El Coliseo, que consiste en un ring de peleas clandestinas organizado por personas con recursos y poder, en ese lugar, y gracias a la astucia de Orochimaru, Fūshin hace su aparición y Sasuke deberá enfrentarle; al mismo tiempo, una nueva bomba humana amenaza con generar el caos.

Sasuke neutraliza el peligro con su sharingan, sin embargo, entre el público aún hay bombas humanas que estallarán simultáneamente, no pudiendo neutralizar a todos, recibe la ayuda de Yamato y Orochimaru para contener las explosiones. Superada la conmoción, En Oyashiro, aquel para quien Fūshin trabajó como su escolta, les llama para que se reúnan; durante la plática determinan que los ataques a Konoha son originados a consecuencia del usuario del sharingan, comentándole asimismo sobre la técnica ocular del clan Chinoike y la relación con los Uchiha, así, sale en busca de Fūshin. En el camino se enfrenta y derrota en una breve pelea a un shinobi para luego acceder a sus recuerdos y descubrir que Fūshin ha estado acompañándole desde que partió de la aldea del bambú en busca de respuestas, tal shinobi se encontraba oculto bajo el personaje de Nowaki.

Sasuke y Fūshin se enfrentan, el Uchiha sale victorioso y utiliza su sharingan para acceder a los recuerdos de su oponente sin éxito alguno. Posteriormente viaja hasta el Valle Infernal en donde encuentra a Chino, luego de una breve plática, la del clan Chinoike utiliza su técnica ocular para mostrarle sus recuerdos a partir de su infancia en la mansión de En Oyashiro, su arduo entrenamiento, el despertar de su habilidad heredada, sus peleas en el coliseo, su alianza con Fūshin y otros compañeros para partir en busca de aquella identidad que Chino tanto ansiaba tener, el nacimiento de ¨Relámpago" y la traición por parte de la aldea oculta entre la niebla. Finalmente y luego de perder a sus camaradas con excepción de Fūshin, llegan al Valle Infernal, experimentando las condiciones por las que atravesó su clan para poder vivir. Sin tiempo para lamentarse, deben luchar contra dos shinobis de la niebla que los persiguieron para asesinarles, es ahí cuando Chino descubre el verdadero potencial de su Kekkei Genkai, convirtiendo a sus agresores en bombas humanas.

Sasuke comprende que el verdadero objetivo de Chino consiste en vengarse de los Uchiha por haber confinado a su clan en el Valle Infernal. Así, da inicio la batalla entre ambos, todo parece apuntar a que la del clan Chinoike ganará el combate al haber herido a Sasuke y convertido en bomba humana, sin embargo esta visión de la pelea no es otra que el producto de las altas capacidades que el Uchiha posee al utilizar el genjutsu y comprender el uso del Kekkei Genkai de su rival, Chino pierde la batalla y luego de hablarle acerca de lo que Naruto hizo por la aldea y por él, le despoja de su rencor. En Konoha aquellos afectados por el Jutsu de Chino son curados. Chino y sus aliados son retenidos por Konoha en donde la Mizukage les ofrece hacerse cargo de ellos y así evitar los mismos errores. Mientras tanto, Sasuke regresa al Coliseo para luchar contra todos los ninjas y así obtener su libertad, una vez derrotados les transfiere bajo la protección de Kumogakure, sus antiguos propietarios son puestos en prisión. El Raikage agradece a Sasuke por su labor. Más tarde recibe una carta de agradecimiento de parte de Naruto al haber defendido bien a la aldea sin estar en ella, justo como lo hacía la policía militar. Pareciera que luego de tanto tiempo, Sasuke está listo para regresar a Konoha.

Shikamaru se ha convertido en la mano derecha del sexto Hokage y realiza todo tipo de labores administrativas que su cargo implica, entre ellas, les preocupan los sucesos que ocurren el país del silencio, sobre los que Sai les ha informado haciendo especial referencia a las acciones de una persona llamada Gengo, quien no solamente puede transformar ese país sino también la realidad de los ninjas y del mundo entero, situación que afectaría directamente a la unión ninja. Por tal razón y con el objetivo de evitar que el problema se haga más grande al involucrar a la unión, Shikamaru solicita se le asignen a los dos mejores ANBU de la aldea y así dirigir una operación encubierta en ese país; así, este grupo además está conformado por Soku, cuyo nombre real es Hinoko, una kunoichi de 14 años con grandes habilidades, reclutada inmediatamente al graduarse de la academia su especialidad consiste en disparar hilos de chakra los que pueden revitalizar o aniquilar; su otro integrante es Ro, quien puede manipular la percepción que los demás tienen del chakra, lo que resulta bastante útil para infiltrarse. Antes de dar inicio a la misión, Shikamaru visita las tumbas de su padre y de Asuma, ahí se encuentra con Kurenai y Mirai. Al día siguiente, previo a salir de la aldea se encuentra con Naruto, instándole a trabajar para convertirse en el próximo Hokage, pues no solo basta con que sepan que es el héroe de la guerra sino que los aldeanos deben tener en mente la suerte que tienen de poder contar con él.

Shikamaru, Ro y Soku se dirigen hacia el país del silencio con el objeto de infiltrarse, se disfrazan como comerciantes, sin embargo ante una emboscada se ven obligados a cambiar de plan, así llegan a una cantina en la que inician sus labores de investigación; en ese lugar son sorprendidos por shinobis del país del silencio en busca de espías, sin embargo, uno de los empleados del lugar les ayuda a ocultarse al mismo tiempo que les comenta un poco sobre la situación. Soku parece atraída por los ideales de ese país por lo que Shikamaru y Ro sospechan acerca de su posible deserción por lo que hablan acerca de las medidas a tomar en caso se lleve a cabo, ella les escucha y huye. Una vez en la frontera, es abordada por shinobis de ese país y es interrogada sobre sus intenciones a lo que les responde que desea unirse al país; Shikamaru y Ro dan alcance a su compañera por lo que le sugieren que si desea unirse debe de acabar con ellos, a lo que accede. La batalla da inicio y Soku sale victoriosa, los shinobi del país del viento le dan la bienvenida mientras dejan a las puertas los cuerpos inertes de Shikamaru y Ro. Finalmente es revelado que tal batalla fue acordada entre los ninjas de Konoha, Ro utilizó sus habilidades para ocultar el chakra y simular su muerte y la de Shikamaru mientras que Soku les ayudó a permanecer inmóviles, de esta forma el objetivo de infiltrarse al país del silencio fue todo un éxito.

Una vez infiltrados, dan inicio a la labor investigadora acerca del país del viento, la forma en como pueden derrotar a Genko así como rescatar a Sai; todo parece marchar sobre ruedas, sin embargo en el desarrollo del plan, los shinobis de Konoha se dan cuenta que les habían tendido una emboscada, Soku y Ro son capturados, mientras, Shikamaru lucha contra Sai, a quien le han lavado el cerebro, eventualmente, el Nara cede debido a la disparidad de adversarios y la amenaza sobre la vida de sus compañeros. De esta forma, los Shinobi de Konoha son enviados al calabozo.

Shikamaru y sus compañeros permanecen en el calabozo mientras Genko en repetidas ocasiones trata de quebrar su voluntad. Sai visita al Nara e intenta convencer acerca de formar parte de los subordinados de Genko, sugerencia que rechaza sin dudarlo. Días después, Genko requiere la presencia del estratega de Konoha para convencerlo personalmente, sin embargo la respuesta sigue siendo la misma, como consecuencia de ello, lo lleva a una habitación especial y le muestra unas flores propias de ese país, en ese momento, Shikamaru comprende que el aroma que despiden esas flores permiten que Genko controle la mente de los demás por lo que exige hagan de su conocimiento la ubicación de sus compañeros. Para su sorpresa estos ya han sido dominados por los efectos de esa sustancia, el Nara lucha y logra escapar de sus captores, mientras se oculta piensa en la forma en como derrotar a Genko, idea que lleva a cabo pero sin el resultado esperado. Todo parece terminar para Shikamaru pero en ese preciso instante Ino, Chōji y Temari irrumpen en el castillo para rescatarlo, por lo que recobra el aliento y les pide se encarguen de los compañeros que han sido sugestionados mientras él dará caza a Genko para terminar ese asunto de una vez por todas.

Shikamaru persigue a Genko mientras que Ino, Chōji y Temari se enfrentan a Sai, Ro y Soku respectivamente; estos últimos eventualmente son derrotados por su contra parte teniendo como efecto que su estado mental vuelva a la normalidad. Mientras tanto, Shikamaru ha sido atraído por Genko a un calabozo en el que se ve privado del uso de las sombras y la vista, todo con el objeto de derrotarlo mentalmente utilizando el chakra que sale de su lengua, sin embargo, tal plan no tiene los efectos esperados ocasionado que el líder de la aldea del silencio quede estupefacto, al mismo tiempo, los demás ninjas de Konoha y Temari dan alcance al Nara, quien pide a Ro y Soku le ayuden a derrotarlo para así finalizar la misión. Posteriormente ANBU toma las riendas de la situación en la aldea del silencio quienes al mismo tiempo se encargarán de un derrotado Genko y los iluminados.

Todo el mundo quiere felicitar a Naruto y Hinata por su boda. Konohamaru está filmando un video de felicitaciones como su regalo de bodas, Iruka tiene dificultades para encontrar las palabras adecuadas. Kakashi asigna a todos la misión de obtener el regalo de boda, estos serán revisados por el Hokage y de acuerdo a su valor, se determinarán los asistentes a la ceremonia. Aunque en un principio no se encontraba seguro, Iruka se postula para convertirse en el nuevo vice-rector de la Academia.

Lee y Tenten buscan sus regalos de boda y deciden pedir consejo a Guy. Lee piensa en pesas y otros materiales de entrenamiento, aunque no está seguro que sea buena idea. Esa noche, se imagina a Neji animándolo a usar su fuerza para encontrar la respuesta. En igual forma, Tenten se encuentra desconcertada, no sabe qué regalar pues piensa que un kunai es demasiado inusual para una boda. Finalmente, Lee y Guy piensan que el desarrollo de todas las actividades relacionadas con el matrimonio requieren de mucha fuerza, por lo que obsequiarán las pesas, el primero la del brazo izquierdo y el segundo la del brazo derecho; al mismo tiempo, Tenten decide regalarles unos kunais especiales.

Shikamaru busca su regalo para la boda, no quiere que sea algo tan simple como dinero y concluye que les regalará una romántica luna de miel. Sin embargo, para estar seguro, necesita escuchar la opinión de una mujer por lo que le pregunta a Temari, quien confunde sus palabras como si la estuviera llevando en una luna de miel. Sakura e Ino quieren dar el mismo marco para fotos como su regalo, por lo que se enfrascan en un concurso gastronómico en el que Choji será el juez, la ganadora podrá regalar el marco. Choji piensa que ambos platillos son exquisitos, inmediatamente después de probarlos entra en shock y Sakura piensa que Ino envenenó la comida, por lo que prueba lo elaborado por Ino, mientras que ella hace lo mismo con el platillo de Sakura, ambas se dan cuenta que sus preparaciones son exquisitas y las hicieron pensando en el sabor favorito de la otra. Choji se recupera explicando que su crisis fue debido a una sobredosis de azúcar; al final, cambian de opinión y deciden que como piensan de forma muy similar, buscarán juntas un regalo mucho mejor. Mientras, Temari se da cuenta del malentendido y se molesta con Shikamaru.

Gaara y sus hermanos llegan a Konoha para la conferencia de Kages. Gaara piensa que su regalo debe ser extravagante. Lee y Tenten llevan al Kazekage y a su hermano a Ichiraku para darles una idea de lo que le gusta a Naruto. Iruka conoce a Gaara por primera vez y le agradece por ser amigo de Naruto. Killer B dice que la Aldea Oculta de la Nube dará el mejor licor, la mejor carne y organizará una rifa y espectáculo de baile para la boda con el Raikage como artista; Kankurō dice que la Aldea Oculta de la Arena no se quedará atrás y también dará lo mejor incluyendo un baile del Kazekage, algo a lo que la sombra de arena no accede. Finalmente, Gaara se da cuenta de que su regalo a Naruto debe ser en carácter personal pues son amigos.

Shino debate sobre que obsequiar a Naruto y Hinata, junto con Kiba visitan a Kurenai y Mirai, así deciden obtener hidromiel como regalo. Kiba expresa que esta será la última misión del Equipo 8 por lo que Shino piensa en que será de su futuro. Para cumplir con la misión viajan a Soroku, ahí se encuentran con Tamaki, de quien Kiba rápidamente se enamora, ella les indica que encontrarán al apicultor en el bosque de bambú. Una vez ahí, Shino y Kiba se pierden en la niebla, sin embargo Shino encuentra al apicultor, que combate a Shino en vano. A cambio, le entrega un contenedor de hidromiel pero le dice que permanecerá atrapado en la niebla mientras tenga dudas debido al jutsu del apicultor. Shino resuelve esto al decidir apoyar a sus compañeros de equipo, sin importar lo que cambien sus vidas. Los muchachos regresan a Konoha e Iruka le dice a Shino que debería ser maestro por la facilidad que muestra para con los niños rebeldes.

Kakashi verifica que todos han cumplido con la misión, algunos regalos son extravagantes y considera que de acuerdo a las reglas deberían montar guardia durante la ceremonia, pues los cinco Kages y otras personalidades asistirán, lo que vuelve necesario la presencia de varios shinobi en tales puestos. Para pensar mejor las cosas se va a dar un paseo, en el camino se encuentra con Hinata, quien le informa que Naruto ha sido muy diligente con los preparativos de la boda. Después, ella almuerza junto a Sakura, Ino y Tenten, quienes casi revelan los detalles de la misión; más tarde, se encuentra con Kiba y Shino, quienes estuvieron a punto de dar a conocer el secreto. Konohamaru está por entregar el video que contiene los mensajes de felicitaciones, a pesar que no cuenta con el de Iruka, al llegar a la oficina del Hokage escucha a Shizune hablando con Tsunade sobre la asistencia a la boda con base en la calidad, valor y significado de cada regalo, por lo que se retira y lo comunica a los demás; sin querer, Hinata escucha esa discusión y angustiada, le pide a Kakashi que deje que su clan sirvan de seguridad, este se niega y promete resolver el asunto. Como resultado, todo el mundo se compromete a montar guardia por turnos, por lo que todos podrán asistir en algún momento. Tsunade revela que dio vigencia a la regla debido al estallido de bodas que tuvo lugar durante la gran guerra ninja, una situación totalmente distinta al presente. Kakashi no está de acuerdo y establece que todos irán a la boda, por lo que resolverá el problema de forma distinta. Tras conversar con Iruka, Kakashi tiene una idea, así, visita a Gaara y solicita la colaboración de su aldea en cuanto a prestar shinobis que cuiden la ceremonia, el Kazekage le dice que será todo un placer así como también lo será para los demás Kages pues desean contribuir en lo que sea posible para la boda, luego Kakashi pide a Konohamaru registrar un videomensaje de Gaara pero este es tímido y utiliza su arena para barrer al sexto y a su hermano.

Falta una semana para la boda. Iruka piensa en Naruto y le recuerda desde su niñez; Konohamaru le menciona que todavía no ha grabado su mensaje para la boda. Mas tarde, mientras prepara la cena, es visitado por Naruto, quien al ver el desastre que ha generado en la cocina le invita a comer ramen, para relajarse y aprovechar los días que le quedan como soltero, ese comentario no es del agrado de Iruka por lo que se lleva a Naruto con el objeto de disculparse con Hinata, el Uzumaki le detiene en el camino y le confiesa que en realidad lo ha visitado porque quiere pedirle que asista a la boda representando a su padre. Iruka felizmente accede y el momento sirve para que se de cuenta que Naruto no ve su relación solamente como la de maestro y estudiante, sino como familia. Iruka finalmente graba su mensaje, advirtiendo a Hinata de las tendencias inmaduras de Naruto, al mismo tiempo que pide que lo cuide; mientras, a él le pide que la haga feliz. Finalmente, llega el día de la boda, los cinco kages se hacen presente, todos los asistentes contribuyen con donativos para los gastos de la boda. Shikamaru y Temari, así como Ino y Sai, asisten como pareja. Sakura recibe una carta de felicitación por medio del halcón de Sasuke, mientras, él continúa viajando. Hinata piensa en Neji y lo mucho que le gustaría contar con su presencia, Naruto mira hacia la roca Hokage y se enfoca en su padre. Hiashi y Hanabi vienen a decirles que es tiempo. Hinata toma de la mano a Naruto y así comienzan a caminar para dar inicio a la ceremonia de su boda.