El piloto Nagate Tanikaze es reconocido por el valor que mostró en la última batalla pero él está más preocupado por la desaparición de la Hoshijiro placentaria.

Nagate y su equipo combaten al Gauna 549, ayudados por un nuevo tipo de Gauna que se hace llamar Tsumugi Shiraui.

Kobayashi se deshizo de la oposición y ahora ajusta el curso de la nave Sidonia rumbo al noveno planeta, en el vecino sistema Lem. La guerra parece inminente.

Una amenaza aparece bajo la forma del Gauna 550, que lanza núcleos de Gauna más pequeños para interceptar la trayectoria de Sidonia.

Tsumugi fue clave para la victoria de Sidonia pero queda en muy mal estado después de la batalla. Izana, malherida, toma una decisión difícil.

Nagate se queda sin dormitorio y como no tiene a donde ir le pide asilo a Izana por una noche. Tsumugi sufre una crisis emocional.

El arma más nueva de Sidonia resulta un éxito, salvo que la tripulación no sabe cómo desactivarla. Yuhata envía a los pilotos a investigar lo que pasó.

Tsugumi y los pilotos reparan los daños de Sidonia tras el incidente con el rayo gravitacional. Un pequeño problema disgusta a Tsumugi.

Izana se da cuenta de que su "cita" con Nagate es una trampa y se va furiosa. Poco después recibe la instrucción de unirse al equipo que explorará el planeta Nueve.

Los Gauna atacan al equipo de reconocimiento pero Izana y el líder del escuadrón logran escapar a la atmósfera del planeta Nueve.

Un Gauna humanoide gigante persigue a Izana y al escuadrón de reconocimiento. Por su parte, Tsumugi se enfrenta a un Benizusume.

Nagate salva a Tsumugi pero es dominado por un Benizusume. El panorama se ensombrece porque hordas de Gauna someten a los sobrevivientes.