Edward y Alphonse deben detener a un extraño alquimista, denominado el Alquimista de hielo, el cual estuvo en la masacre de Ishbal. Tras haber vivido aquel momento quiere vengarse de los militares intentando congelar ciudad central ,además de querer matar a King Bradley lo cual no logra .

Edward y Alphonse toman un tren con dirección hacia Lior y recuerdan su niñez en la cual se muestra como perdieron sus cuerpos y como Ed se convierte en un alquimista estatal dándole el título de Alquimista de Acero.

Los hermanos Elric llegan a Lior, una ciudad engañada donde se cree que existen los milagros, esto es producido por el Padre Cornello quien utiliza la Piedra Filosofal para realizarlos.

El alquimista Iron Blood (Basque Grand) tiene un enfrentamiento con Scar, al final Scar triunfa dejando el cadáver de Iron Blood, más tarde Hugues, Alex Armstrong y otros soldados van a llevarse el cuerpo del alquimista. Los hermanos Elric se van a vivir con Shou Tucker (El Alquimista de la Vida), su hija Nina y su perro Alexander, por sugerencia de Roy Mustang, con el objetivo de obtener información de como regresar a la normalidad sus cuerpos. Se acerca la prueba de certificación de Alquimista Estatal de Tucker, quien al no tener otra opción transmuta a su hija y al perro en una Quimera Parlante. Los hermanos se sienten frustrados al no poder salvar a Nina, que posteriormente es asesinada por Scar, quien también mata a Tucker.

Edward tras lo ocurrido con Nina, entra en una gran depresión, por medio de Riza Hawkeye se enteran de la muerte de la Quimera, en otro momento Scar aparece tratando de matar a Edward, por lo que es inevitable un enfrentamiento entre los hermanos Elric y Scar. Scar consigue destruir una parte de la armadura de Alphonse y el brazo derecho (el Automail) de Edward, pero gracias a la intervención de los militares, no puede matarlo y termina escapando.

Después de que Edward y Alphonse fuesen atacados por Scar, los hermanos Elric tienen la necesidad de regresar a Resembool para realizar unas reparaciones. En el camino, encuentran al Dr. Marcoh en un pequeño pueblo, ahí descubren que dicho doctor trabajó en la creación de la Piedra Filosofal, por ahora está incompleta, aun así Edward se dirige a ciudad Central para aprender de las investigaciones realizadas acerca de este preciado objeto.

Ed y Al llegan a Central, para descubrir que la Primera Sección de la Biblioteca Nacional de Central está destruida, y con ella los documentos de la investigación del doctor Marcoh. Scar se encuentra con Lust y Gluttony en las alcantarillas, con una gran explosión como resultado de los zetas. Los nuevos escoltas de Ed y Al, Maria Ross y Denny Brosh les llevan a ver a Sheska, una bibliotecaria que había trabajado en la Primera Sección, pero la despidieron por pasarse el día leyendo. Sheska les revela que ha memorizado todos los trabajos de Marcoh y les escribe duplicados a los Elric. Tras varios días de trabajo, Ed y Al consiguen descifrar los textos y descubren un gran secreto: la Piedra Filosofal se hace de vidas humanas. Ed les pregunta a Ross y Brosh de mantener el secreto, pero Armstrong se entera usando su "intimidación". En los escritos, Ed encuentra más información sobre el Laboratorio 5, un laboratorio sin uso cerca de una prisión, un sitio ideal para experimentar con vidas. Los hermanos se escapan de Armstrong y llegan al laboratorio. Ed se cuela por un conducto de aire mientras Al espera fuera, pero es atacado por una misteriosa figura.

Al lucha contra Barry the Chopper, mientras Ed se enfrenta a Slicer. Se revela que ambos oponentes son las almas de asesinos ligados a una armadura. A Ed se le complica la batalla cuando su automail deja de funcionarle, por culpa del tornillo que se olvidó Winry. Aún más cuando descubre que son dos hermanos, cada uno controlando una parte de la armadura. Al tiene una gran ventaja en la lucha, hasta que Barry le sugiere que podría ser que Al nunca hubiera existido y fuese solo una marioneta de Ed. Alphonse lo ve posible debido a que hay una cosa que su hermano no se atrevió a contarle. Ed derrota a Slicer usando la técnica de destrucción de Scar. Antes de extraerles información, son asesinados por Lust y Envy. Fuera, llegan Ross y Brosh y Barry escapa. Los homúnculos destruyen el laboratorio para no dejar pistas, pero antes llevan a Ed desmayado a Ross y Brosh comentando que es un "sacrificio importante". sacrifice'.

Ed y Al están en el hospital tras el incidente del Laboratorio 5. Ross reprime a Ed por ser tan temerario y no confiar en los adultos. Edward llama a Winry para que le repare su automail. Mientras, Al piensa en las palabras de Barry. Hughes invita a Winry al cumpleaños de su hija. Al decide enfrentarse a Ed para preguntarle si es realmente un alma artificial. Al oírlo, Ed se marcha enfadado y Winry, que había llegado, se enfada por las palabras de Al y le dice que aquello que no quería preguntarle era si le culpaba por haberlo metido en una armadura. Los hermanos tienen una lucha que Ed gana. Tras una conversación, los dos hacen las paces. Mientras, Scar se levanta en un campamento de Ishbalianos que lo están cuidando desde que lo encontraron herido en las alcantarillas.

Ed y Al deciden ir al pueblo de Dublith para visitar a su maestra de alquimia, Izumi Curtis y preguntarle información sobre la Piedra Filosofal, llevándose a Winry, que quiere visitar Rush Valley, un pueblo conocido por sus mecánicos de automail que está en el camino. El Führer King Bradley aparece y les advierte a los Elric que sean cuidadosos. Los hermanos y Winry se marchan. Hughes investiga los problemas de Lior, del Laboratorio 5 y de la guerra de Ishbal, descubriendo una conexión, pero es atacado por Lust. Se escapa y consigue telefonear a Mustang con una cabina pública para informarle del peligro que se esconde en el ejército. Pero es asesinado por Envy, disfrazado de Maria Ross, y luego de su mujer Gracia. En el entierro, Hughes es ascendido póstumamente a General de Brigada. Mustang, muy triste por la muerte de su amigo, empieza a investigar y concluye por las palabras del Mayor Armstrong que un alto miembro del ejército podría ser el responsable de su muerte.

Sin saber de la muerte de Hughes, los hermanos Elric, acompañados de Winry llegan a Rush Valley. Una chica llamada Paninya que tiene automail en las dos piernas roba el Reloj de Alquimista Estatal de Edward. Tras atraparla, Winry le pide que le lleve a su mecánico, el Sr. Dominique, para que le deje ser su aprendiz, a lo que él se niega. Winry y Paninya abren el reloj de Edward y descubren anotada la fecha en la que Ed quemó su casa. Mientras, la nuera del mecánico está a punto de tener un bebé y debido que, al mal tiempo son incapaces de ir al hospital, Winry decide ayudar a nacer al niño. Habiéndolo conseguido, la chica le vuelve a pedir a Dominique que le deje ser su aprendiz, pero él le enseña la dirección de otro mecánico a quien puede preguntárselo. Winry se queda en la ciudad y los Elric siguen con su camino.

Ed y Al visitan a Izumi Curtis, su antigua maestra, para conseguir pistas sobre la Piedra Filosofal. Durante su estada, los hermanos Elric recuerdan como conocieron a su maestra durante una tormenta en Resembool y como Izumi los aceptó como sus discípulos tras haber sobrevivido en una isla durante 30 días. Ed descubrió el porqué por las palabras de Izumi: "Uno es Todo, Todo es Uno." Su maestra descubre que los hermanos intentaron una transmutación humana debido a sus movimientos durante una pelea contra ellos. Les cuenta que ella también lo hizo para intentar resucitar a su hijo, que había muerto al poco de nacer. Los tres se dan cuenta de lo que han sufrido y hacen las paces.

Ed y Al son expulsados por Izumi. Su marido Sig se imagina que es porque quiere que se traten de iguales y no de maestro/discípulo. Esa noche una quimera, Bido, les espía con el objetivo de confirmar la identidad de Alphonse. Mientras, Roy juega al ajedrez con el general Grumman antes de anunciar a Hawkeye, Havoc, Breda, Falman y Fuery que los estacionan en Central. Scar está escondido en un pueblo de refugiados ishvalianos. Yoki recluta a dos matones para que capturen a Scar y le lleven a Central. Scar fácilmente los derrota. Yoki, viendo que no tiene escapatoria, decide convertirse en el criado de Scar para que éste no lo mate. Unas Quimeras, Dorochett, Martel, Roa y Bido capturan a Alphonse y lo llevan al bar Devil's Nest. Allí se encuentra su jefe, un homúnculo llamado Greed para que les cuente el secreto de su armadura. Llega Ed luego de darle una paliza a Bido y empieza a luchar contra Greed. Éste usa su poder de escudo para hacerse casi invulnerable a los ataques de Ed. Pero el alquimista descubre una forma de debilitarlo. Izumi interviene en la batalla, atacando a Greed por sorpresa.

King Bradley y el Mayor Armstrong lideran un equipo para asaltar el Devil's Nest, el Führer usándolo como tapadera para capturar a Greed. Bradley mata a las quimeras del homúnculo, incluyendo a Dorochett, Roa y Martel. Luego le revela a Greed su auténtica identidad, Wrath. Tras asesinar a Martel, su sangre mezclada con el sello de Alphonse le hacen recuperar sus memorias perdidas. Al le cuenta a Ed sus recuerdos en las Puertas de la Verdad. Tras haberlo herido en el bar, Wrath lleva a Greed a la guarida de Padre. El Creador estaba decepcionado por haber desertado de sus compañeros. Greed se niega a volver con ellos, y Padre lo mata sumergiéndolo en el líquido de la Piedra Filosofal y luego consumido por él.

Scar lucha con otro alquimista conocido como "El Alquimista de Plata" y pronto lo derrota. Al volver a su escondite, Scar descubre que Yoki ha traído una chica de Xing acompañada por un diminuto panda. La chica se presenta como Mei Chan y su panda, Xiao Mei. Han atravesado el desierto para llegar a Amestris y buscar la Piedra Filosofal. En Central, Barry es detenido por Mustang, Riza y Falman, y le están interrogando por la muerte de Hughes. Luego, deciden que se quede en la casa de Falman. Mientras, los Elric vuelven a Rush Valley para que Winry le arregle el automail a Ed. Encuentran un hombre a punto de morir y lo salvan. Agradecido, Ling Yao se presenta y les cuenta que viene del Reino de Xing y les habla de la "alkahestria" o "rentatjutsu". Como los hermanos no quieren hablar de la Piedra Filosofal, Ling envía a sus guardaespaldas, Ran Fan y Fu y luchan en la ciudad. Los hermanos los derrotan y los de Xing se largan. Se vuelven a encontrar, y Ling les explica la historia de Xing. En la noche, Yoki y Scar viajan con Mei en el carro.

Ed, Al y Winry llegan a Central, aunque Ling es arrestado por ser un inmigrante ilegal. Sheska accidentalmente le revela información sobre Roy a Envy, transformado en uno de sus superiores. Cuando Ed y Al se encuentran con el coronel, éste los miente sobre la muerte de Hughes, pero luego se enteran gracias a Ross. Winry también lo descubre tras visitar a Gracia y Elicia, y Ed y Al llegan para disculparse. Ed se culpa a sí mismo de la muerte de Hughes. Gracia les da fuerzas para que sigan adelante, a pesar de que está llorando por su marido. A Envy se le ocurre un plan para detener la curiosidad de Roy sobre la muerte de Hughes. Al día siguiente, la teniente Ross es arrestada como sospechosa del asesinato de Hughes. Havoc se encuentra con su novia, quién no es otra que Lust, intentándole sacar información sobre el ejército.

La teniente María Ross se encuentra bajo custodia militar y está siendo interrogada. Mientras Ross se encuentra en la prisión, Barry El Carnicero se larga de la casa de Falman tras leer un artículo en el periódico sobre la detención de Ross. En la prisión, Barry libera a Ling cuando él le promete que los ayudará. Barry le recuerda a Ross que debe largarse de Central inmediatamente o arriesgarse a ser ejecutada. Edward y Alphonse se encuentran al trío en un callejón. Mientras Barry distrae a los hermanos Elric, Ross se marcha corriendo. Se encuentra con Mustang. Muy enfadado, la mata con una explosión masiva. Edward llega, solo para ver el cadáver carbonizado de la teniente. Ed se enfada con el coronel, pero éste, fríamente le recuerda cual es su posición. El Mayor Armstrong se encuentra con Edward en su habitación en el hotel y le menciona que necesita volver a Resenbool para reparar su automail. Luego se lo lleva en contra de su voluntad.

Cuando llegan a Resembool, Edward y Armstrong se encuentran con el teniente Segundo Breda y con Fu. Los llevan a las ruinas de Xexes. Ahí descubren que Ross aún está viva. Mustang falsificó su muerte para protegerla de que la ejecutaran. Ling les cuenta a Al y Winry lo mismo. Luego Ross decide esconderse a Xing, pero promete regresar si la necesitan. Se marcha con Fu, quién le hará de guía. Ed explora las ruinas, y aparecen un grupo de Ishbalianos refugiados. Ed descubre que Scar mató a los padres de Winry. Mientras, en Central, el cuerpo de Barry, quien ahora no es más que un animal salvaje, ataca a Barry y a Falman. Pero con Havoc y la ayuda de Hawkeye, el cuerpo se escapa. Luego Gluttony ataca a Hawkeye. Ella dispara al homúnculo y se sorprende al ver como sus heridas se curan en un instante.

La teniente Hawkeye se salva de Gluttony gracias al coronel Mustang, el sargento Kain Fuery, y su perro Black Hayate. Alphonse se encuentra con el grupo y persiguen a Barry que a su vez persigue a su cuerpo en las profundidades del tercer laboratorio. El grupo se divide en dos equipos. Mustang y el teniente Havoc son emboscados por Lust, resultando gravemente heridos y dejados por muertos. Lust entonces se enfrenta a Al, Hawkeye y Barry, el último ataca a Lust, siendo cortado en pedazos. Lust trata de matar a Al y Hawkeye, pero el coronel Mustang enfurecido aparece repentinamente quemando a Lust hasta que la Piedra Filosofal se queda sin energía. Ya no es capaz de regenerar su cuerpo y el núcleo Piedra Filosofal se reduce a cenizas. El alma de Barry sobrevivió, pero su sello es rayado por su cuerpo, matando a ambos. Edward regresa a Resembool y se dirige a casa de los Rockbell, pero encuentra a su padre, Hohenheim, en la tumba de su madre.

Ed no quiere ver a su padre. Esa noche, escucha una conversación de Hohenheim con Pinako sobre si la persona que transmutó era o no su madre. Hohenheim se marcha, advirtiendo a Pinako de que algo horrible le sucederá al país. Al le explica la inmortalidad a Ling y Winry. Ed y Pinako desentierran lo que queda de la transmutación fallida. Observando un pelo de los restos, descubren que no transmutaron a Trisha. Ed llama a Izumi para pedirle que investigue su transmutación, pero ella le cuelga. Luego vuelve a Central y se reúne con Al y Winry y les dice que es posible recuperar el cuerpo de Al. Izumi le llama a Ed con los mismos resultados que el obtuvo, confirmando sus sospechas de que es posible recuperar el cuerpo de su hermano. Él y su maestra se alegran de saber que no mataron a alguien dos veces.

Ed y Al piensan en un plan para atrapar a los homúnculos luchando contra Scar. Ling y Ran Fan aparecen y se ofrecen para ayudarlos. Tras la investigación, Ed, Al y Roy Mustang empiezan a sospechar de la implicación de King Bradley con los homúnculos. Havoc le dice que está paralizado de las piernas, y Roy se siente culpable. El coronel envía a Breda a contactar con el Dr. Marcoh, mientras Ed busca a Armstrong. Breda llega a la casa de Marcoh y descubre que lo han secuestrado. Ed llama la atención de todos los ciudadanos y al final aparece Scar. Al ver su tatuaje en el brazo, descubren que fue él quien mató a los padres de Winry. Ling y Ran empiezan a luchar contra Gluttony, pero aparece King Bradley y hiere a Ran Fan.

Ling lucha contra King Bradley mientras intenta escapar con Ran Fan. Mientras tanto, Winry oye que Ed y Al luchan contra Scar. Cuando llega, escucha a Ed preguntándole a Scar porqué mató a sus padres. En estado de shock, Winry coge una pistola y le apunta a Scar. Él recuerda a su hermano, quien estudiaba alquimia de combate para atacar a los alquimistas nacionales. Pero fueron atacados por Kimbley. Scar quedó herido y su hermano se sacrificio y le transfirió su brazo derecho. Al ver el brazo de su hermano en su cuerpo, enloquece y mata a los doctores Rockbell, quienes lo habían salvado, por confundirlos con soldados. Ed protege a Winry de Scar y él recuerda el sacrificio de su hermano y es incapaz de atacarlo. Al lo persigue mientras Ed conforta a Winry y le quita la pistola de las manos.

Ed deja a Winry en custodia de los militares y se marcha. Mientras, King Bradley sigue persiguiendo a Ling y Ran Fan. Ed y Al luchan contra Scar cuando llega Gluttony. Ling aparece y consigue atraparlo y atarlo. Ran Fan, para escapar de Bradley, se corta el brazo herido que dejaba rastros de sangre y huye por las alcantarillas. Riza llega en coche y Ling sube junto con Gluttony. Ed y Al reanudan su lucha, pero entonces aparece Mei Chan y usa su rentatjutsu para escapar con Scar. Pero Al se queda con su panda, Xiao Mei. Winry se despide de los Elric y vuelve a Rush Valley. Roy contacta con el Dr. Knox, y se reúnen todos en un escondite. El doctor le cura las heridas a Ran Fan. Ling les cuenta que King Bradley es un homúnculo. Cuando Gluttony oye hablar a Roy Mustang, quien mató a Lust, se desata y se transforma en su verdadera forma.

El Dr. Marcoh se encuentra bajo la custodia de los homúnculos, y tiene que cooperar a cambio de la seguridad de su pueblo. Mientras tanto, Ed, Al y Roy intentan escapar de Gluttony, que se ha hecho capaz de tragar cualquier que tenga a la vista. Después de perderlo, Roy y los otros se van. Ed, Al y Ling se quedan para luchar. Envy llega a detener a Gluttony para que no dañe a Ed y Al. Al oír esto, Ed y Al se enfrentan a Gluttony y Ling se lucha contra Envy. Después de la luchas en ambos extremos, Gluttony se come accidentalmente a Ed, Ling y Envy . Roy se reúne con los altos mandatarios del ejército y Bradley y descubre que todos conocen a los homúnculos y saben de sus intenciones. Ed se despierta en una habitación extraña, cubierto de sangre.

Ling y Ed se encuentran dentro del estómago de Gluttony, e intentan buscar una salida. Mei está preocupada por su panda, y le cuenta su historia a Yoki. Scar decide ayudarla a encontrarlo. Envy aparece y les dice que Gluttony es un intento fallido por parte de Padre de crear una Puerta de la Verdad y que no hay salida. Luego les revela que fue él quien empezó la guerra de Ishval. Ed se enfurece y el homúnculo se transforma en su verdadera forma, la cual es escalofriante, y empiezan a luchar. El Führer, para debilitar a Mustang, traslada a sus subordinados Breda, Falman y Fuery a varios extremos del país y a Riza cómo su secretaria personal. Mientras, Al se dirige donde está Padre guiado por Gluttony para hallar la forma de recuperar a su hermano.

Ed y Ling luchan contra Envy. Ed es incapaz de atacar por las voces de la gente que se escuchan en el cuerpo del homúnculo y Envy se lo traga. Mientras, Scar y Mei encuentran a Xiao Mei con Al y Gluttony, y deciden seguirlos por la entrada a un pasadizo subterráneo, luchando con muchas quimeras. Ed encuentra la Piedra Filosofal dentro de Envy y consigue encontrar una forma de escapar del estómago de Gluttony. Bradley le explica a Roy como fue entrenado desde su nacimiento para el liderazgo y como le inyectaron la Piedra Filosofal. Usando varias partes de las ruinas de Xerxes encontradas dentro de Gluttony, Ed usa las almas de Envy para transmutarse y abrir las Puertas de la Verdad. Ed encuentra dentro de las Puertas de la Verdad el desnutrido cuerpo de Al, pero es incapaz de llevárselo antes de volver al mundo real, ya que no es su alma.

Hohenheim tiene un sueño en que se encuentra con Pinako de joven y conversan un rato. Luego se encuentra con un demonio representándolo a él y finalmente, Trisha le da esperanzas. Mientras, la historia es recapitulada.

Al llega donde Padre con Gluttony el cual es igual que Hohenheim en ese momento se activa la puerta dentro de Gluttony y salen del Ed, Ling y Envy. Padre al ver a Al le reconstruye el brazo y a Ed lo cura de sus fracturas, luego empiezan a pelear al ver que no les prestaba atención. Entonces los reducen a ellos al neutralizar la alquimia que usaban cosa que ellos no comprendían; Padre decide convertir a Ling en Homúnculo y Ling no se opone ya que ese era su deseo. Ling se convierte en Greed. Llega Scar con May Chang , y Ed le dice como se inició la matanza en Ishbal para así sacarle provecho al verse casi vencidos, intentan escapar pero no lo logran. En la batalla que tiene Ed con Greed se da cuenta que todavía Ling está dentro de ese cuerpo. Padre, viendo que Gluttony no puede regenerarse gracias a Scar (y también a luchas anteriores), le extrae su piedra para crearlo de nuevo.

Envy saca a Ed y Al (quien tiene a May en su armadura) del escondite de Padre el cual esta justo debajo del cuartel central, y los llevan a ver a Bradley. Edward trata de renunciar a los militares pero Bradley dice que matara a Winry si este lo hace. Entonces Ed se retracta y dice que continuara con su investigación. Roy Mustang le pregunta a Bradley si éste mató a Hughes, lo que niega. Después de confirmar si Winry está bien Ed y Al se encuentran con Greed, quien les dice que Ling Yao tiene un mensaje para Lan Fan. Después de esto Greed se encuentra con Bradley y le dice que Ling todavía intenta tomar control de su cuerpo. Mustang le revela la identidad de Bradley a Louis Armstrong y le dice que probablemente haya otro homúnculo controlando todo desde las sombras. Ed le da el mensaje de Ling a Lan Fan el cual decía que había encontrado la inmortalidad sin embargo también le cuenta sobre la situación en la que esta a lo que ella responde que quiere un automail. Ed escucha que otros alquimista tampoco pudieron usar alquimia al mismo tiempo que él no pudo cuando se encontraba con Padre, y se pregunta como Scar y May Chang sí pudieron usarla. Mientras tanto, Padre crea otro Gluttony. Scar se encuentra con el doctor Marcoh. quien estaba encarcelado. Cuando Marcoh se da cuenta de que era de Ishbal le suplica que lo mate ya que él había participado en la masacre. Sin embargo, al escuchar esto Scar le exige que le cuente todo lo que sabe de Ishbal.

Años atrás Roy decide volverse un alquimista estatal lo cual es desaprobado por su maestro Berthold Hawkeye el padre de Riza Hawkeye. Antes de morir le pide que cuide de su hija y le dice que ella tiene el secreto de su investigación sobre la alquimia. En el presente Ed visita a Riza para devolverle el arma que ella le había dado, también le pregunta lo que paso en Ishbal. Después de que la guerra en Ishbal estallo, Bradley dio la orden de matar a todos los ciudadanos. Muchos alquimistas se dieron a la tarea de cumplir esta misión incluyendo a Roy que sentía desagrado e inseguridad por lo que hacia contrario a Kimblee que disfruta asesinando. Marcoh le revela otro lado de la historia a Scar diciéndole que el participó en experimentos en los que usaban a los ciudadanos de Ishbal para crear la Piedra Filosofal. El líder de Ishbal intento rendirse y dar su vida para detener la matanza pero Bradley se negó a acceder. Cuando la guerra termina Roy se decide a volverse el nuevo Führer para proteger a las personas y le dice a Riza ser quien proteja su espalda. Riza le dice a Ed que cuando la paz finalmente llegue ellos deberán ser castigados por las muertes que ocasionaron. Cuando Envy va a la celda del Doctor Marcoh se sorprende al ver su cadáver y en la pared escrita con sangre la palabra "venganza".

Ed le cuenta a Al lo que le dijo Riza, y los dos piensan sobre lo que harán cuando consigan sus objetivos. Buscan a Mei para que les hable del secreto de su alquimia que funcionó cuando ellos no pudieron usarla. Sin embargo, Mei ya se ha recuperado y se ha ido de la casa del Dr. Knox. Mientras, Riza, Breda, Fuery y Falman se despiden porque se irán a diferentes bases. Roy descubre un mensaje dentro de una pieza de ajedrez que le da Falman. Luego el coronel le recuerda a Ed que le debe 520 cenz, pero Ed decide quedárselos hasta que llegue a ser Führer. Roy usa la nota que le da Falman para contactar con su ex superior Grumman. Mientras, Fu, que ha vuelto de Xing, descubre que su nieta ha perdido el brazo y rechaza la propuesta de Ed de encontrar un mecánico de automail para no involucrar a nadie. Tras su marcha, Knox recibe la visita de su mujer y su hijo y se reconcilia con ellos. Envy saca a Kimblee de prisión para que encuentre a Marcoh y mate a Scar. Para descubrir más sobre Kimblee y los secretos de la alquimia de su hermano, Scar destruye la cara de Marcoh para que quede irreconocible y se dirigen al norte para encontrar los apuntes de su hermano.

El general Grumman de la estación del este se encuentra con Mustang frente a la tumba de Maes Hughes. Mustang le revela la verdad acerca del Cuartel Central a lo que Grumman primero lo ve como algo conflictivo aunque después de unas palabras de Mustang este se muestra emocionado. Mientras tanto Scar continua escapando de los militares mientras busca la forma de dirigirse al norte y a su vez está siendo perseguido cautelosamente por Kimblee. En otro lugar Ed y Al se encuentran en la biblioteca investigando la alquimia de Xing sin encontrar nada sin embargo el comandante Armstrong aparece y le revela que según testigos May Chang se dirigen al norte además le da una carta de presentación de un general que se encuentran allí. Mientras Al estudia aparece un niño muy sorprendido y feliz de haberse encontrado con el hermano del Alquimista de Acero y luego con el mismo alquimista para sorpresa de Ed y Al el niño resulta ser Selim Bradley el hijo del Führer. Pronto ellos se encuentran en la casa del Führer conversando con Selim y su madre. Luego aparece King Bradley y la platica se torna incomoda y conflictiva por lo que este no permanece mucho tiempo. Después de despedirse Ed y Al toman un tren hacia el norte a buscar a May Chang y el secreto del Rentanjutsu.

Después de investigar Kimblee deduce que Scar se dirige hacia el norte. Mediante la información recaba se da cuenta que Scar está en un tren. El mismo se dispone a capturarlo. Una vez que llega al vagón donde se encontraba ve a un hombre encapuchado quien el suponía era el doctor Marcoh sin embargo resulta ser Yoki. De pronto aparece Scar e inmediatamente ambos se reconocen y empiezan una pelea. Scar estuve cerca de matar a Kimblee lastimándolo con una viga de metal en su tórax pero antes de dar el golpe final Kimblee separa el vagón donde estaba Scar. Mientras tanto May continua yendo hacia el norte con el doctor Marcoh, en otro lugar Ed y Al después de llegar al norte van hacia el camino de las montañas y repentinamente son atacados por un soldado de Briggs, poco después son sometidos por otros soldados armados. Luego desde una alta muralla aparece el general Olivier Mira Armstrong que tiene una postura fiera. May y Marcoh llegan donde se encuentra la información recabada por el hermano de Scar y empiezan a investigarla.

Ed y Al se encuentran dentro de la Fortaleza del norte de Briggs cuando llega la general Armstrong y les pregunta sobre el cuerpo de Al. Después decide que ellos buscaran a May Chang pero que Ed y Al se quedaran en la fortaleza y ordena al mayor Miles que les busque un trabajo, en el camino el mayor revela que tiene herencia Ishbalita y Ed y Al se encuentran con el ahora subteniente Falman que los lleva a conocer la fortaleza. mientras están en el subsuelo aparece Sloth que habla con los hermanos Elric pero los militares intervienen y disparan en ese momento la general Armstrong decide probar sus tanques pero al ver que no funcionan sus balas les pregunta acerca de Sloth y ellos se niegan a responder las preguntas.

La general Armstrong realiza un plan para detener al homúnculo, el cual consiste en congelarlo usando un aceite especial. Posteriormente los Hermanos Elric son arrestados por la general. Kimblee se encuentra en el hospital pero es visitado por Raven y un alquimista médico el cual usa la piedra para curar sus heridas. La general Armstrong, sus subordinados y los hermanos se adentran al túnel que estaba haciendo Sloth, una vez que llegaron lo más lejos, la general obliga nuevamente a interrogativo a Ed y a Al los cuales les cuenta todo con detalle y esta de acuerdo en ayudar a los Hermanos por el bien de la muralla. Llega Raven y Kimblee a la muralla en busca de ayuda de la general, la cual comienza a poner en curso un plan.

El padre de Ed y Al recuerda cuando dejó a su familia, cuando Raven dice a la Armstrong que su plan consiste en servir de la gente común de Amestris para alcanzar una cota superior, ella le responde que no está de acuerdo con su plan, y atraviesa su brazo izquierdo con su espada. A continuación, le da una amplia estocada en el pecho, y Raven cae casi muerto en el cemento fresco con que se estaba sellando el túnel. Su cuerpo es tapado con el cemento por orden de ella, y a Kimbly se le dice que él ha desaparecido, lo cual acelera las cosas, puesto que King Bradley ya sospechaba que algo así pudiera pasar, y había dado órdenes al alquimista carmesí de actuar por su cuenta si algo ocurría a Raven, Mientras Kimblee lleva a Winry a la celda de Ed y Al.

Riza se entera que el hijo de Bradley, Selim, es el homúnculo llamado Pride quien merodea entre las sombras. Kimblee le comunica a Ed las órdenes de Padre: buscar a Scar y Marcoh y crear una escenario sangriento similar a Ishval en Briggs chantajeándolo a cambio de un trozo de Piedra Filosofal. Ed después de comunicarle a Winry la situación actual, acepta aunque su verdadera intención es encontrar a Mei. Ed, Al y Kimblee y sus soldados parten de Brigs en busca de Scar.

Ed y Al se separan de los hombres de Kimblee encontrándose con Mei y Marcoh. Scar es encontrado por dos hombres de Kimblee: Zampano y Jerso que son en realidad quimeras y comienzan a pelear con él. Ed y Al llegan hasta el lugar de la batalla y derrotan a las quimeras y luego empiezan atacar a Scar. La llegada de Winry distrae a Scar aprovechando Ed para sujetarlo a un muro. Mientras tanto en Brigs llega una delegación de central. Pero ocurre que el edificio donde estaban los Elric, Winry y los otros explota, viéndose como Scar sujeta a Winry con el antebrazo dentro del humo.

Se revela que en el edificio antes de explotar, Ed, Al, Winry, Miles, las quimeras y el grupo de Scar hicieron un trato: Miles le dice a Scar que se una a la milicia gradualmente para cambiar algo la forma de pensar de los Ishbalianos, añadiendo una oferta de esconder a todos dentro de Briggs. Además, Winry idea que parezca que Scar la está secuestrando para eludir a Kimblee. Sin embargo, Miles pronto se da cuenta de que Olivier no se encuentra en la fortaleza y ésta está siendo controlada por un agente de Central. Y Al ve brevemente su cuerpo en la Puerta, y se pregunta si su cuerpo lo rechaza. Mientras tanto, Padre elabora un plan que involucra a Ed, Al, Hohenheim, Izumi y otro candidato más.

Olivier Armstrong llega a Central y tiene una conversación con King Bradley, quien la acepta para formar parte de su ejército inmortal. Se cuenta la historia de Hohenheim y su compañero del frasco, el primer homúnculo, quien nació de la sangre de Hohenheim y fue su maestro durante toda su juventud. El rey de Xerxes quería hacerse inmortal y aconsejó al ser del frasco, quién le dijo que para hacerse inmortal debía hacer un cana de agua alrededor del país y usar la alquimia. Al realizarse la transmutación en Xerxes el homúnculo utilizó información genética de Hohenheim para convertirse en un ser idéntico, y luego dividió la cantidad de almas sacrificadas entre los dos, convirtiéndolos en piedras filosofales.

Ed se enfrenta a a Darius y Heinkiel, que en realidad son quimeras Ed encuentra dinamitas y usa el nitrato de amonio para paralizarlos con el olor. Ed se encuentra con Kimblee y logra hacer que este pierda la Piedra Filosofal y luego le hiere la palma de su mano pero Kimblee tenía otra piedra escondida en su boca y genera una gran explosión. Ed es atravesado por una viga, arrastrándose sangrando por el suelo y usa la alquimia para liberar a las quimeras que estaban atrapadas entre los escombros y, en agradecimiento por salvar sus vidas, le extraen el metal y luego se lo llevan cargado en su espalda.

Mei, gracias a la sugerencia de Al, traza el círculo de transmutación invertido. Mientras pasaba eso, Kimblee vagaba por el túnel nacional y conoce a Pride, quién le dice como atacar a Briggs, y Sloth termina de cavar los túneles. Hohenheim llega a Lior y se encuentra con Rose quien le lleva hasta las ruinas del templo. Hohenheim entra por un túnel subterráneo y se encuentra con Pride quien le impide el acceso. Hohenheim le dice a Pride que le comunique a Padre que el "esclavo Nº 23" (antigua identidad de Hohenheim) va a enfrentarlo muy pronto. Drachma declara la guerra a Briggs al ser motivado su líder por Kimblee. Y Zampano llama a Central e informa el paradero del doctor Marcoh a Envy.

El ejército de Drachma es destruido. Envy disfrazado de un ishvaliano se encuentra con Zampano quien lo lleva hasta donde se encuentra Marcoh. El homúnculo es atacado por círculos de transmutación enterrados en la nieve y controlados por Mei .Cuando descubre que esto fue una trampa para atraparle, Envy se transforma y atrapa al doctor pero usando la alquimia, lo desintegra en un ser pequeño con aspecto de gusano, quién más tarde se apodera del cuerpo de Yoki. Luego es atrapado y metido en un frasco. Con el monstruo en su poder, Scar le dice a Mei que regrese a su pueblo y se lleve a Envy para salvar a su clan, porque Envy tiene el poder de la inmortalidad. En el pueblo de Dublith, Bido, la única quimera sobreviviente del clan de Greed, se entera de su paradero gracias a unos militares y les sigue. Al y Winry llegan a Lior donde se encuentran con Rose y un inesperado encuentro con Hohenheim.

Hohemhain le cuenta la historia de su pasado a Al. Darius quien saca dinero en nombre de Ed es seguido por los militares y llegan hasta su refugio. Darius aparenta ante los militares tomar de rehén a Ed y huyen en un auto robado. Los militares empiezan una persecución pero Ed transmuta el auto logrando engañarlos. Bido deambula en los sótanos de Central y allí tiene un encuentro con Ling quien comienza a atacarlo Ling le rebela que es Greed y le atraviesa el estómago esto genera que en su interior Ling comience a discutir con Greed por haber matado a su amigo. Greed llega a la casa de Bradley y lo ataca.

Greed le pregunta a Wrath porque estaba en sus recuerdos y que les había hechos a sus compañeros y comienzan a pelear, finalmente Greed huye por una ventana. Olivier Armstrong le dice a su padre que es tiempo de se que retire y que le traspase la herencia en eso llega Alex y su padre decide quien gane en enfrentamiento se queda con la herencia resultando ganadora Olivier. Mai Chang decide regresar a central. Ed y las quimeras llegan a la cabaña, su anterior guarida, Heisel siente que alguien se acerca se trata de Ling quien está hambriento luego de comer tiene una charla con Ed pero en eso Greed recupera el control del cuerpo y se marcha en eso Ed le propone que se una a ellos pero este lo rechaza y se va. Ed y las quimeras alcanzan a Greed en el bosque y deciden trabajar para él finalmente Greed acepta. Riza tiene una charla con su amiga Becky quien le deja un mensaje en la correa de su perro. Riza visita a Havoc le da una cajetilla de cigarros con un mensaje dentro que es tomado por Mustang acerca después del año nuevo en la próxima primavera llegara el día prometido.

Winry llega a Resembool escoltada por dos soldados de Briggs, en su dormitorio se encuentra con Ed. Al anochecer Ed, las quimeras y Greed se marchan. Zampano y Jerko se reencuentran con Marcoh y Scar y les dicen que tiene que ir a central para reunirse con Al y su padre en el trayecto se encuentran con un grupo de ishvalianos. Al sigue sintiendo que su alma lo abandona, siendo incapaz de luchar con Gluttony corre para avisar a los demás pero es atrapado por Pride en el campo del este. Bradley acude a ver los entrenamientos de las tropas del este y el norte. Mustang visita a Olivier y le entrega un ramo de flores con una nota en la que decía que Selim es un homúnculo. El general Haruko le informa al Bradley de ataques ishvalianos en central y Bradley decide regresar. En el trayecto el tren se detiene en un puente donde es dinamitado. En central la junta de militares están angustiados por lo del accidente y Olivier piensa en aprovechar este momento pero en eso aparece Padre junto a Sloth.

Ed llega donde Hohenheim quien le cuenta su historia. Ed y su grupo caminan hacia el bosque donde se encuentran con Al, quien le dice que lo siga, Greed le advierte que se aleje, en eso salen los tentáculos de Pride a través de la armadura que les atacan. Ed destruye la electricidad del pueblo para evitar que la sombra de Pride se siga proyectando. Greed le da las características de Pride así que Heisel se dirige donde esta Selim y lo ataca. De pronto aparece Gluttony y los ataca. Darius le da una paliza a Gluttony. Lin le pide a Greed que le dé el control de su cuerpo ya que el puede detectar al homúnculo. Gluttony enojado empieza su transformación pero en eso aparece Lan Fan que con su nuevo automail le da un montón de cortes.

Lan Fan sigue atacando a Gluttony y Ling también ayuda. Roy va al bar de Madame Christmas quien le entrega sus investigaciones acerca Selim. Unos militares merodean el lugar entonces Mustang destruye el bar. Madame Christmas y Mustang escapan por las alcantarillas. Roy se reúne con sus subordinados y hacen un juramento. Unos ciudadanos van con lamparas donde están peleando Heinkel y Pride lo que provoca que reaparezcan la sombra. Pride usa sus tentáculos para destruir las lamparas y genera un incendio teniendo así una fuente de luz constante, luego comienza atacar a Heinkel pero en eso viene Ed en su ayuda. Pride se apodera de nuevo de Al pero en eso Fu le lanza una bengala perdiendo el control. Pride devora a Gluttony para poder ubicarlos con facilidad ya que ahora posee el olfato agudo de Gluttony. Padre se pregunta que es lo que Roy está tramando y Olivier le dice que si estuviera en su lugar tomaría un rehén. Mustang y sus hombres asaltan el auto de la esposa de Bradley.

Pride ataca a Ed y a los demás, mientras tanto Hohemheim reanima a Al y luego tienen una conversación. Hohemheim va hacia Pride, cuando este se dispone atacar, Al ataca por atrás pero es atrapado por las sombras de Pride. Hohemheim crea un montículo de tierra donde encierra a Pride y Al, Ed replica a Hohemheim por haber encerrado a Al y este le dice que fue el plan de Al. Greed corre hacia central al ver que ya no hay obstáculos en su camino. Scar y su grupo llegan hasta el montículo y tienen un reencuentro con Al y los demás. Roy y sus subordinados empiezan el ataque en central, de pronto son acorralados por varios militares.

Roy y sus subordinados unen sus fuerzas con grupos militares que están peleando contra los militares de Central. Mira Armstrong ataca las oficinas de Central desde adentro y aparecen los soldados de Briggs a cargo del capitán Bucaneer. La guerra en Central continua. Fuu está informándose de lo que sucede en central. Hohenheim junto a Lan Fan y Ed junto a Scar, Darius, Jerso y Zampano se separan en un túnel secreto en el Laboratorio No 3 para poder encontrar el lugar donde está escondido Padre. May Chang lleva a Envy en un frasco también tratando de llegar con Padre entrando por otro túnel en otro lado de la ciudad. Hohenheim deja ir a Lan Fan para que busque a Ling. Un general activa los experimentos de infusión de almas dándole vida a unos seres artificiales.

El ejército inmortal esta libre, Edward y Scar, junto con Darius, Jerso y Zampano que los acompañan, luchan sin descanso para evitar que los soldados artificiales salgan a la ciudad. Mientras La general Armstrong se ve sorprendida por el aparecimiento de Sloth, pero a su ves el mayor Armstrong llega en su ayuda. Por otro lado Envy logra escapar del frasco que tenía May Chang y se apodera de las piedras filosofales de varios de los soldados artificiales que se les cruzan por su camino recuperando su forma original. Heinkel se da cuenta que los golpes de Pride a la cabeza de Alphonse no son un juego sino son una clave para pedir ayuda, pero es demasiado tarde, porque una explosión de Kimbley casi deja mal herido a Heinkel y destruye el montículo y Pride por fin puede salir, Alphonse sale en ayuda de Heinkel pero es atrapado por las sombras de Pride, por lo que decide destruir sus piernas, para poder escapar y ayudar Heinkel, pero resultándose demasiado difícil. Heinkel le da el fragmento de Piedra Filosofal que se le había caído a Kimbley anteriormente, Alphonse rehúsa a utilizar por contener almas humanas, pero Heinkel le dice que esas almas también tienen derecho a luchar; por lo que a Pride y A Kimbley les sorprende mucho ver a Alphonse con las piernas reconstruidas y con la fuerza que solo la Piedra Filosofal puede dar.

Al con el poder de la piedra enfrenta a Kimblee y Pride. Al encierra a Pride en montículo de tierra pero se libera. Al agita el polvo para atacar por sorpresa pero es atrapado por Pride quien se percata que ya no tiene la piedra. De pronto Heinkel aparece y le da una mordida mortal a Kimblee. Mustang regresa a Central con un camión cambiado. Cuando Pride se dispone atacar al doctor Marcoh aparece Yoki en un auto y lo atropella. Todos suben al auto y logran huir de Pride. Kimblee agonizante es tragado por Pride. Olivia y Alex siguen enfrentándose a Sloth quien los ataca con su super-velocidad. Alex atraviesa Sloth con su técnica cuando son apuntados por unos militares, en eso aparecen el ejército inmortal que comienza a devorar a los militares. Envy está enfrentándose con May quien se pone a huir. Ed y los demás siguen enfrentándose al ejército inmortal, Ed es atrapado por uno pero es ayudado por una explosión originada por Mustang quien llega al lugar de la batalla junto a Hawkeye.

En la radio de central Breda informa que el alto mando ha estado intentado derrocar al Führer. En las calles comienzan los rumores de un golpe de estado. Roy con su llamas destruye a todo el ejército inmortal. La lucha entre Envy y May origina que el piso se desplome y caigan en la misma habitación donde se encuentra el equipo de Ed. Envy le confiesa a Mustang que asesino a Hughes .Mustang le dice al resto que se adelanten que el enfrentara a Envy. Envy se convierte en su verdadera forma pero tras recibir los ataques de Roy huye de la habitación. Mustang va a su atrás siguiendo con su ataque así que se convierte en Hughes pero igual es atacado. Envy huye saltando hacia la parte inferior del lugar y observa a Riza caminando. Riza se encuentra con Mustang y le apunta en la cabeza con su pistola.

Riza se percata que ese Mustang es en realidad Envy. Este mismo ataca a Riza, pero al estar a punto de darle el golpe final, el verdadero Mustang nuevamente ataca a Envy, destruyendo por completo su cuerpo una y otra vez hasta dejarlo nuevamente en su forma original (aquel ser pequeño y verde). Cuando Mustang esta por darle el golpe final, es detenido por Riza, Edward y Scar. Quienes lo hacen entrar en razón, pues si el completa su objetivo con Envy, entonces será consumido por la sed de venganza para siempre. Mustang recapacita y se detiene, pero Envy decide suicidarse (al extraer por sí solo su Piedra Filosofal) pues al parecer muestra cierta envidia hacia los humanos y sus sentimientos de compañerismo. Mientras tanto, los hermanos Armstrong continúan su lucha con Sloth, a la vez que Izumi ha aparecido en central. Finalmente Hohemhain llega hasta el lugar donde se encuentra Padre.

Después del enfrentamiento con Envy; Mustang, Edward, Riza y Scar continúan caminando hacia la guarida de Padre. Mientras tanto en Central algunos soldados atacan disparando hacia el Cuartel General que fue tomado por los soldados de Briggs e Izumi, que tienen de rehén a Clemin. Sloth hace uso de su velocidad para derribar por completo a los Hermanos Armstrong, los demás soldados idean un plan para detener al homúnculo y le piden a Alex que huya pero él se niega, luego Izumi y Sigu llegan en su auxilio por petición de Buccaner. Por fin Sloth es derrotado. Padre se niega a escuchar a Hohenheim y lo ataca, intenta robar su Piedra Filosofal fracasando en el intento. Alex y Olivier encuentran el pasadizo que lleva a la guarida de Padre, los soldados de Briggs se han apoderado del 90% del Cuartel General de Central. King Bradley anuncia su regreso amenazando con aniquilar a los rebeldes.

En el pasado luego de huir de Xerxes por no haber podido evitar lo sucedido, Hohenheim camina por el desierto y cae desmayado, luego un grupo de comerciantes ambulantes lo encuentra. Hohenheim le declara a Padre que las 536,329 almas de la Piedra Filosofal lo ayudarán a derrotarlo. En efecto las almas de la piedra comienzan a atacar a Padre desde el interior. Pero el homúnculo cambia de forma de pronto. En Central, llega King Bradley haciendo uso del ojo definitivo y acaba con muchos rebeldes a su paso. Greed llega ante Bradley para enfrentarlo. En la emisión de radio, Breda y los demás fingen estar de lado del Führer y culpan a Olivier del golpe de estado, Greed pelea contra Wrath, este último revela su ojo definitivo, con lo cual evade todos los ataque de todas direcciones. Al mismo tiempo los militares que aún están con Bradley tienen una contienda con los soldados de Briggs en el Cuartel General. En el último momento aparece Fu, se enfurece al conocer al sujeto que le cortó el brazo a su nieta.

Continua el enfrentamiento entre Fu, Greed y el Führer, por otro lado Ed y los demás que se encuentran en la parte baja caminando hacia Padre se encuentran con el científico que creo a King Bradley este envía a las sobras de los reclutados para ser el King Bradley y mientras estos atacan a Ed y los demás este empieza a crear el círculo de transmutación, mientras tanto en la pelea con King Bradley fu es herido de gravedad y cuando está a punto de ser asesinado es rescatado por Ling que en ese momento toma el control de su propio cuerpo, al ver desangrado a Fu, Ling le dice que este debería tomarse unas vacaciones y fu responde que si debería tomarse unas largas vacaciones, dicho esto fu golpea a Ling y le pide a Greed que active su armadura y se lanza hacia Bradley activando unos explosivos que tenía pegados al cuerpo, pero Bradley reacciona rápidamente y corta los explosivos matando a fu aprovechando el cuerpo de fu Bucaneer le clava la espada de Bradley atravesando el cuerpo de Fu, Lan Fan observa atónita lo que sucede, mientras tanto Izumi, los hermanos Armstrong y los demás se deciden a abandonar el centro de mando y toman la puerta por la que salieron los maniquís, en eso el doctor activa el círculo de transmutación y se dan cuenta que en realidad son 5 laboratorios y todos conforman un círculo de transmutación apareciendo así una serie de ojos bajo los sacrificios Edward, Alphonse, e Izumi.

Edward despierta una vez más ante los ojos de la verdad. Mientras tanto Greed/Ling se enfrenta al Fuhrer Bradley quien al tropezarse cae hacia una fosa, a un costado de los cuarteles. No sin antes ser herido por uno de los soldados de Briggs, Ling se acerca al moribundo Bucaneer, quien le promete que no dejará que nadie pase las puertas centrales del cuartel derrotando a todos los soldados del Fuhrer. Aparecen Izumi, Ed y Alphonse respectivamente ante Padre quien ha ingerido a Hohenheim, los tres se preparan para luchar, pero algo sucede con Al. Roy, Scar y Hawkeye siguen luchando contra los posibles Führer. Uno de ellos captura a la teniente, para luego cortarle el cuello con el fin de que Roy se vea obligado a abrir la puerta de la verdad.

Roy Mustang no accede a abrir la puerta la verdad. Cuando el doctor ideaba su siguiente movida es sorprendido por las quimeras y May Chang quien logra su objetivo: la Piedra Filosofal esta a su alcance tirada en un frasco apunto de ser pisada, sin embargo, opta por curar primero las heridas de la teniente Riza. Mientras esto sucede aparece frente a ellos el Fuhrer y Pride quien capturan a Roy obligándolo a abrir la puerta. Mientras Edward e Izumi se preparan para la batalla final, Alphonse se encuentra consigo mismo detrás de la puerta diciéndole a su cuerpo que espere un poco más ya que si lo recupera en ese momento, este no le servirá para pelear ya que se encuentra muy débil. Mustang aparece junto con ellos pero se da cuenta que no puede ver nada y que su vista fue el pago por abrir la puerta. Edward, Alphonse, Izumi, May Chang y un invidente Mustang se alistan para enfrentarse a Padre y Pride, mientras Scar encara al Fuhrer.

Varios Ishbalianos se esparcen en diferentes puntos de Amestris, Scar confronta a muerte a Wrath. Ed, Al, Izumi, Mustang y May están frente a la forma verdadera de Padre, May les pide a los Elric que la dejen sola ante el mientras ellos se encargan del pequeño Pride. May ataca a Padre pero rápidamente es derrotada por él, Al intenta protegerla. Ed confronta solo a Pride logrando causarle daño. Izumi y Alphonse atacan a Padre quien toma a sus 5 sacrificios para abrir la Puerta de la Verdad del mundo, Greed lo ataca por sorpresa pero no logra hacerle daño, Padre activa el sello y abre las puertas de la tierra y del cielo causando otro holocausto más en Amestris, parecido a lo que sucedió hace tiempo en Xerxes esta vez para absorber a Dios.

Padre ha conseguido su objetivo, se ha convertido en el DIOS que anhelaba ser. Las almas de Amestris han sido devoradas por su nuevo cuerpo. Los 5 sacrificios (Al, Ed, Hohenheim, Izumi, Mustang) y May lo confrontan una vez más aprovechando la desventaja que le ha ocurrido a Padre: su cuerpo se torna inestable por el poder que ha tenido, ya que las almas del antiguo Xerxes han intervenido logrando regresar todas las almas robadas de las personas de Amestris. Greed/Ling también interviene en la batalla, pero nadie puede hacerle el daño necesario. Mientras Scar lucha con Wrath derrotándolo definitivamente, aunque saliendo moribundo de la batalla, Ran Fan ve por última vez al Fuhrer y acude ayudar a Scar para contrarrestar el sello de Dios, ahora los alquimistas ya pueden usar su alquimia. Padre se dirige a la superficie seguido de los demás, Edward confronta solo al pequeño Pride quien intenta tomar el cuerpo del alquimista de acero, pero gracias a la intervención del alma devorada de Kimblee, Edward logra derrotar a Pride y revelar su verdadera apariencia.

Padre comienza a recolectar almas para crear nuevas piedras filosofales que le permitan mantener el poder de Dios. En ese momento aparece Hohenheim para detenerlo, junto con May, Al e Izumi, al que luego se les une Ed. Padre ataca al grupo con una inmensa energía. Al protege a May con su cuerpo, mientras Hohenheim hace lo mismo con Ed e Izumi. Al termina con casi toda su armadura destrozada, y Hohenheim muy debilitado. Comienzan los ataques militares hacia Padre, que no logran surtir efecto en él, pero que tiene que usar las piedras filosofales para evitar los daños. Aparecen Mustang (usando a Hawkeye como sus ojos), Armstrong, las dos quimeras (Darius y Zampano) y Lan Fan para ayudar a debilitar a Padre. Greed trata de atacarlo para poder quitarle el poder de Dios, aunque no tiene mucho éxito, pero logra bajarle la guardia para que Izumi, Ed y Armstrong lo ataquen directamente. Cuando ya se queda sin piedras, empieza a defenderse con su propio cuerpo, y termina expulsando una gran cantidad de energía, debilitando a todos. Viendo que ya no puede contener más el poder de Dios, decide absorber las almas de quienes ya se encuentran muy debilitados, en un acto de desesperación. Lo ve a Ed, que perdió su brazo mecánico y que tiene su brazo izquierdo enganchado, por lo que no puede escapar. En un acto de desesperación, Al le pide a May que le haga un círculo de transmutación, para poder recuperarle su brazo a Ed dando a cambio su alma (el camino inverso de lo que hizo éste). Al se encuentra con su cuerpo en frente de la puerta, mientras que Ed recupera su brazo, y empieza a vapulear a Padre.

Edward golpea a Padre hasta que lo tira al suelo pero este se recupera y trata de absorber la Piedra Filosofal de Greed, Ling Yao lucha para que no lo absorba, pero este es absorbido y convierte el cuerpo de Padre en carbón muy débil, pero Padre asesina a Greed y Ed golpea a Padre y este libera las almas encerradas en él. Padre es llevado a la puerta y es encerrado en ella. La batalla termina y Edward recupera a su hermano pagando con su puerta de la verdad, diciendo que la alquimia no es todo en la vida y que tiene a sus amigos. Al vuelve pero Hohenheim llega con su energía vital casi agotada y muere sonriente frente a la tumba de su esposa, Trisha Elric.

Finalmente los hermanos Elric vuelven a Resembull, en donde Winry los recibe llorando de alegría; el príncipe Ling vuelve a Xing, prometiendo proteger a todos los clanes del imperio; Mustang recupera su visión usando una Piedra Filosofal, también con esta curan a Havoc. Después de dos años Alphonse y Edward deciden que es necesario ir a recorrer el mundo para conocer su inmensidad y obtener más conocimiento, y cada uno partiría en distintas direcciones, Al lo haría por el oriente (Xing y los demás países que se encuentran al este), mientras que Edward lo haría por el oeste; en la estación del tren Edward y Winry confiesan sus sentimientos y prometen volver a encontrarse cuando el viaje haya terminado. Al final se les muestra dentro de la nueva foto de Alphonse, May, Garfiel, Paninya, Edward y Winry con sus dos hijos, en el fichero.