Décadas después de su última fusión con Ultraman, Shin Hayata descubre una nueva amenaza para la Tierra. Su hijo Shinjiro también da indicios de tener fuerza sobrehumana.

Shin resulta gravemente herido mientras intenta salvar a su hijo de un ataque de Bermular. Desesperado, Shinjiro regresa para rescatar a su padre.

Bemular abre el camino para que otras especies alienígenas ataquen la Tierra, y el agente Edo del GCBE le pide a Shinjiro que tome el lugar de Ultraman.

Shinjiro recibe la misión de exterminar a un alienígena hostil, pero este huye hacia la ciudad, lo que pone en peligro a miles de civiles.

Tras descubrir pruebas de participación alienígena en una serie de homicidios, el agente del GCBE Moroboshi se pone en contacto con un informante de un enclave enemigo.

La reticencia de Shinjiro para ejecutar a alienígenas asesinos preocupa al agente Moroboshi. Shin le revela a su hijo de qué se trata realmente ser Ultraman.

Finalmente, Shinjiro decide activar su poder latente mientras lucha contra un malvado alienígena. Por otra parte, Rena se prepara para un gran concierto.

En el espectáculo de Rena, un alienígena autoproclamado Adad exige un enfrentamiento con Ultraman. Todo empeora cuando Bemular se suma al combate.

Shinijiro teme que un novato revele su verdadera identidad. Más tarde, se sorprende con la llegada de un imitador de Ultraman que lo ayuda en medio de una batalla.

Seiji sueña con el día que se acepten a los alienígenas en la Tierra. Para luchar por esta causa, implora que lo incluyan en el Grupo Científico de Búsquedas Especiales.

Seiji tiene un fuerte enfrentamiento con Shinjiro y Moroboshi sobre el uso de sus poderes. Rena le pide a Shinjiro que le transmita un mensaje a Ultraman.

Moroboshi, Shinjiro y el poderoso GCBE protegen a Seiji mientras busca a los responsables de la tragedia aérea que ocurrió hace doce años.

El trío Ultraman lucha una batalla perdida contra los mercenarios, pero el poder latente de Shinjiro se activa justo cuando ya no quedaba esperanza.