Masaru Daimon, un chico normal de 14 años, se encuentra con un Agumon, quien se ha escapado del Mundo Digital. Marcus lo ayudará a esconderse de quienes lo buscan, los DATS.

Masaru trata de esconder a Agumon de los DATS, incluso de su familia. Mientras tanto, un Kunemon ataca a los animales de la escuela.

Mientras Masaru y Agumon peleaban contra un DemiMeramon, Tohma, un importante componente de DATS aparece, y ni él ni Masaru se llevan muy bien.

Tratando de atrapar a unos ladrones, Masaru, Tohma y Yoshino, descubren de que los asaltantes están acompañados por un Drimogemon.

Tohma y Masaru siguen a Drimogemon en el Mundo Digital, un mundo que nunca han visto.

Masaru y Agumon discuten sobre quién merece el mérito en todas las peleas, por lo cual se separan. Lo peor es que un Elecmon ataca la ciudad.

Chika, la hermana de Masaru, celebra su cumpleaños, pero su hermano no podrá estar debido a un examen de recuperación, por lo que le pide a Tohma de que lo reemplace por ese día.

Yoshino empieza a salir con un famoso cantante, con la excusa de que tiene un Digimon ilegal entre sus pertenencias.

Los chicos investigan a un luchador de boxeo profesional, ya que creen que utiliza un Digimon para hacer trampas. El luchador es el héroe de Tohma.

Masaru empieza a tener mala suerte luego de que Chika le deseara lo peor para él. ¿Tendrá que ver su deseo, o será la culpa de algún otro Digimon?

Un Vilemon y unos DemiDevimon le prometen a un pobre panadero dinero, pero sólo si hace lo que ellos le dicen.

Chika, la hermana de Masaru, recibe un DigiHuevo, del cual sale un Puwamon que logra digievolucionar en Biyomon. Ese Biyomon es buscado en el Mundo Digital.

Mercurymon va al Mundo Real a buscar a Falcomon y al Biyomon de Chika. Masaru debe hacer lo que sea para salvar a Chika y Biyomon.

Masaru se entera de algo sobre su padre, por lo cual, junto con Tohma y Yoshino, irán al Mundo Digital. Allí todos son enemigos, incluso los humanos.

Los chicos son capturados por un MetalPhantonmon, quién los debilita con sus recuerdos más terribles y se alimenta de su fuerza vital.

Yoshino e Ikuto se infectan de un virus, y Falcomon los ayudará a conseguir la cura. Pero, ¿Falcomon será de fiar?

Ikuto junto con Gotsumon deciden atacar al equipo de DATS. Yoshino va perdiendo confianza en si misma, porque siente que atrasa a los demás.

El escuadrón de DATS cree que es la hora de enfrentar a Mercurymon, pero no les será fácil.

Los chicos vuelven al Mundo Real con Ikuto, quien lo conoce por primera vez. Mientras tanto, Gotsumon inicia un plan para ir al Mundo Real.

Ikuto va a encontrarse con sus padres, pero él no cree lo que dicen los de DATS, y que Frigimon fue la única madre que tuvo.

SaberLeomon traiciona a Mercurymon y Gotsumon se pasa al bando de los rebeldes. Ahora atacarán al Mundo Real con un ejército de Pteramon y Boarmon.

SaberLeomon decide lanzar otro ataque al Mundo Real, pero no con sus camaradas, sino él mismo. Mientras que Ikuto se queda a vivir con Masaru.

Los chicos vuelven al Mundo Digital para tratar de hacer la paz, junto con el profesor Aruka, pero Gotsumon los recibe, y no de una buena manera.

Los chicos descubren lo que les pasó a la primera expedición en viajar al Mundo Digital, y descubren por qué los Digimon están peleados contra los Humanos.

Como todos ya saben lo de Kurata, decide volver a atacar a los Digimon.

A Masaru, Tohma y Yoshino se les borra la memoria, luego de que Kurata mintiera y los tratara de traidores.

Los chicos deciden volver al Mundo Digital para protegerlo, junto con Ikuto y sus padres, pero Kurata diseñó unos nuevos enemigos, muchos más difíciles de vencer.

Los chicos vuelven al Mundo Digital y buscan a Cherrymon para que les de un consejo. Los Bio-Híbridos también llegaron, y no para pasear por ahí.

Luego de que los Digivices de MAsaru, Tohma y Yoshino fueran destruidos, los chicos buscan a alguien que les ayuda a repararlos.

Los chicos llegan a la Ciudad Sagrada, la capital del Mundo Digital, donde gobierna ElDradimon. Mientras los Bio-Híbridos se hacen más fuertes, por petición de Kouki.

Los chicos empiezan a preparar un plan para defenderse del ataque de Kurata y los Bio-Híbridos. A Tohma le toca pelear contra Nanami, la Bio-Híbrido más lista.

Masaru e Ikuto siguen atacando para llegar a Kurata, mientras que Yoshino tiene que pelear contra Ivan, el 2do Bio-Híbrido. Si Yoshino pierde, ¿aceptará salir con Ivan?

Kouki decide pelear contra Masaru, el último Bio-Híbrido. Mientras tanto, Kurata sigue con sus planes.

Tohma es llevado a la casa de su padre y de su hermana, quién está enferma. Esa persona que lo llevo allí le va a hacer un trato muy especial para Tohma.

Masaru hace que ShineGreymon evolucione al Nivel Ruina, destruyendo todo a su paso.

Kurata manda a Belphemon para destruir al mundo, para dominarle. Mientras tanto, Lyrina, la hermana de Tohma, se va a operar y Masaru quiere que Agumon resucite cuanto antes.

La pelea contra Belphemon Modo Furia ya empezó y Masaru es el único el cual no puede pelear. Deben esforzarse para vencerlo, o sino, todo estará perdido.

Con Agumon de regreso, los de DATS harán lo que sea para derrotar a Belphemon, pero ¿Será suficiente?

Luego de la muerte de Kurata, el muro que separa al Mundo Real del Mundo Digital se destruye. Y alguien, en el Mundo Digital, decide ejecutar una solución, acabar con el Mundo Real.

DATS vuelve al Mundo Digital, siendo recibidos por todos los Caballeros Reales, mandados por Yggdrasill.

Los chicos vuelven al Mundo Real, después de que Kentaurosmon los salvara. Allí, Gallantmon los ataca, y no será sencillo vencerlo.

Mientras Masaru se va a hablar con su padre en el Mundo Digital, Tohma se queda con su familia para defenderlos, y su enemigo es LordKnightmon.

Chika, junto con Yoshino e Ikuto, se encuentran con el Biyomon que Chika había conocido. Mientras tanto, Leopardmon intentará acabar con ellos..

Masaru intenta acercarse a su padre, pero primero, debe vencer a Craniummon, y su indestructible escudo, un regalo de Yggdrasill.

Los DATS se acercan a Yggdrasill para atacarlo de una buena vez por todas. Mientras tanto, Craniummon ataca la Tierra y Chika, junto con Biyomon, serán las que defenderán el Mundo Real.

TioDuroeomon le confiesa a Masaru lo ocurrido, desde como se conocieron, sus aventuras, y las cosas que tuvieron que pasar.

La decisión de Yggdrasill es definitiva: destruir a los humanos y al Mundo Real sin remordimientos. La batalla que decidirá todo comienza.

El final de la lucha contra el Yggdrasill. Las emociones y los sueños de los Digimon y Humanos se unen para tratar de hacer lo imposible, y así salvar al Mundo Digital y al Mundo Real.