Japón se ha derrumbado tras el Gran Desastre. Kiruko acepta la petición de llevar a un niño llamado Maru a un lugar conocido como el edén. Mientras tanto, los niños viven tras las murallas de una institución rodeados de un exuberante verdor. Tras recibir un misterioso mensaje, Tokio empieza a dudar del mundo que le rodea.

En una extraña posada, Maru y Kiruko se sumergen en un sueño profundo. Al despertar, ven algo monstruoso bajo la tenue luz de la luna. En la institución, Tokio sospecha cada vez más del mundo que le rodea. Mientras tanto, Shiro recibe un mensaje inesperado.

Cinco años atrás, en Asakusa; Robin, Haruki y su hermana piloto Kiriko habían pasado sus días viviendo felizmente en un orfanato.

Tokio es llevada a ver a unos bebés de aspecto extraño y se da cuenta de lo poco que entiende lo que le rodea. En un barco sin escapatoria, Maru y Kiruko sufren un aterrador ataque. Como todo fracasa, le toca a Kiruko idear una nueva estrategia.

Maru y Kiruko regresan a Tokio y se encuentran un barrio abarrotado de tiendas de campaña. Cuando Maru se marcha a un centro de juegos, Kiruko se queda recabando información por su cuenta y escucha un rumor aterrador.

Maru y Kiruko van en busca de la Congregación Inmortal. De camino, se alojan en un hotel regentado por una chica llamada Totori. Tras deshacerse de sus maletas y buscar agua potable, tropiezan con un hombre malherido.

Maru y Kiruko creen haber encontrado al doctor y a la Congregación Inmortal. En cambio, lo que encuentran es una organización hostil que se opone firmemente al tratamiento que brinda la Congregación Inmortal.

Después de matar a los devoragente, Maru y Kiruko finalmente conocen al doctor Usami. Éste los pone ante una decisión difícil y los conduce a una habitación donde les espera una escena horripilante.

Maru y Kiruko descubren que el doctor Usami tenía un botón con el mismo patrón que el logotipo que encontraron en la pistola de rayos Kiru. Deciden seguir su rastro y por el camino se topan con un misterioso confidente. Mientras tanto, en la institución tiene lugar una reunión de emergencia.

Maru y Kiruko se dirigen a las instalaciones de la escuela Takahara en Ibaraki. Como queda de camino, aceptan ayudar a Juichi a confirmar si su bebé todavía está vivo. Cuando llegan a la Ciudad Amurallada, la situación es bastante diferente de lo esperado.

Maru y Kiruko se dirigen a las instalaciones de Ibaraki en el coche de Juichi. Mientras tanto, un nuevo grupo de niños de 5 años llega a la institución. Mimihime nota que Ohma, una de las niñas recién llegadas, está sola e intenta hacerse su amiga. Pero Ohma tiene sus motivos para mantenerse alejada de los otros niños.

Maru y Kiruko llegan a una ciudad próspera donde se dice que opera el Ministerio de Reconstrucción. Mientras tanto, la institución sufre un ataque repentino. Mientras buscan donde refugiarse, los niños encuentran un agujero en la pared.

Mimihime, Shiro, Anzu y Taka salen por un agujero en la pared en busca de las respuestas a la prueba de su maestro. Mientras tanto, Kiruko llora después de que Robin hace algo terrible.