Ajenos a la vida de los humanos, en el mundo habitan criaturas mágicas que solo unos pocos pueden ver. Chise es una chica con la habilidad de interactuar con esas criaturas y en su día a día, bajo el cuidado de un poderoso mago, el estudio de lo sobrenatural es una de sus actividades habituales. Pero antes de llegar hasta donde está, conoceremos por todo lo que tuvo que pasar.

Además de ser capaz de ver a unas extrañas criaturas, Chise se ve arrastrada a la tutela de una familia que no la quiere. La niña se siente sola y culpable, pero todo cambiará cuando encuentre una misteriosa biblioteca administrada por el mago del bosque. Allí, Chise descubrirá su pasión por los libros.

Chise tiene una misión que cumplir tras haber escapado de la biblioteca del bosque: devolver un libro que su inquilino nunca pudo devolver. Además, conocerá la verdad tras esa biblioteca gracias a Elias.