La Coronel Carter organiza una operación para rescatar al equipo del Coronel Sheppard, quienes se hayan bajo los escombros de un edificio en otro planeta. Sin embargo, el ejército de Michael pronto arriba, por lo que deberán hacerle frente si quieren salvar a los sobrevivientes.

Mientras Richard Woolsey asume el liderazgo de Atlantis, el clon del Dr. Beckett es descongelado para administrarle una posible cura de parte de la Dra. Keller, quien no obstante, se verá pronto envuelta a una situación de riesgo para la ciudad.

Ronon es secuestrado por Tyre, su ex-amigo convertido en "adorador de Espectros", quién busca volver a ganarse el favor de estos, y espera que Ronon también se les una. Pero los espectros no lo aceptan y logran convertir a Ronon en un adorador. Al final el mismo Tyre se sacrifica con El espectro y el laboratorio Wraith.

Después de que misteriosamente el Dedalo aparezca orbitando sobre Atlantis, abandonado, el equipo del Coronel Sheppard aborda la nave. Luego de confirmar que no es él Dedalo que conocen, la nave comienza a saltar por diferentes universos. El equipo deberá hallar la forma de volver a su realidad pronto.

Una inexplicable falla en un SaltaCharcos, parece luego extenderse a la misma Atlantis. La expedición pronto descubre que esto puede tener que ver con la Doctora Weir y un grupo de Replicadores, que han estado intentando "ascender", pero que deben ser detenidos antes de que la ciudad se vea comprometida.

Rodney McKay sufre en una enfermedad conocida en la galaxia Pegaso como la "segunda niñez", que anula lentamente su capacidad cerebral, llevándolo incluso a la muerte.

Un equipo de Atlantis que investiga una misteriosa desaparición halla uno de los laboratorios de Michael, descubriendo humanoides híbridos con extrañas habilidades, y tan peligrosos que ni siquiera Michael mismo pudo controlar. Sheppard y el Dr. Beckett van a investigarlos, pero en plena noche los híbridos son liberados, poniendo a todos en peligro.

El equipo Atlantis se reúne con el Espectro Todd para ofrecerle un tratamiento que permitirá a los Espectros vivir sin la necesidad de alimentarse de seres humanos. Sin embargo, para distribuir el retrovirus, Teyla deberá hacerse pasar por la Reina de la nave Wraith de Todd y convencer a la llamada "Primaria", la Reina Espectro que controla la Alianza a la que pertenece éste.

Durante una misión médica la Dra. Keller es secuestrada por un "Corredor". El Dr. McKay y Ronon Dex partirán en su búsqueda, pero en el camino deberán enfrentarse a los Espectros que persiguen a dicho Corredor.

El Dr. Daniel Jackson visita Atlantis, para encontrar el laboratorio secreto del Lantiano Janus con ayuda del Dr. McKay. Mientras tanto Woolsey aborda el Dédalo para reunirse con Todd y realizar el primer experimento que permitirá a los Espectros dejar de alimentarse de humanos. Sin embargo, al hallar Jackson y McKay el laboratorio, una nueva raza alienígena será alertada y los capturará para que activen un dispositivo que podrá acabar con todos los Espectros, pero que además hará volar el Portal de Atlantis.

Daniel Jackson descubre la identidad de los alienígenas que los capturaron, en tanto Todd secuestra al Dédalo para localizar y destruir el dispositivo que fue recientemente activado. Sheppard pedirá ayuda a los "Viajeros" para alcanzar a la nave, antes de que lleguen al mundo donde McKay y Daniel están retenidos.

Sheppard y su equipo se encuentran con un hombre y una mujer llamados Sefaris y Novo, dos supervivientes de un grupo de habitantes del planeta Balara que no murieron durante la plaga Hoffan y ahora viven con el pueblo al que el Dr. Beckett ayuda. Sin embargo, un grupo de espectros llega al pueblo y pretenden obligar a sus habitantes a que expulsen a los balaranos para acabar con ellos.

La expedicón de Atlantis se encuentra con un problema cuando un grupo de civilizaciones humanas que han formado la llamada 'Coalición' les acusa de crímenes contra la galaxia Pegaso.

Michael y sus híbridos se infiltran en Atlantis buscando al hijo de Teyla. Mientras los híbridos toman el control de los sistemas de la ciudad uno por uno, los equipos de Sheppard y Lorne intentar retomar la ciudad, pero antes McKay debe desactivar un campo de energía aparentemente impenetrable que Michael ha activado.

John Sheppard ha sido secuestrado. Después de liberarse por sus propios medios, descubre quién es su secuestrador: Acastus Kolya (Robert Davi). En Atlantis, Woolsey, McKay, y el resto del equipo están a punto de hacer un sorprendente descubrimiento sobre una antigua raza.

Rodney McKay es invitado a la presentación de una gran innovación científica por un antiguo rival de sus días escolares. Parece ser un dispositivo de control de clima, pero luego todo acaba saliendo mal.

El equipo investiga algunas cosas misteriosas que pasan en una nave colmena. Mientras tanto, la Dra. Keller investiga la fisiología de los espectros. Basándose en fotos de producción, Christopher Heyerdahl aparecerá como el espectro Todd.

A la Dra. Jennifer Keller se le diagnostica una enfermedad psicológica. Sin embargo, parece ser que puede haber estado expuesta a algún tipo de tecnología de intercambio de cuerpos que no requiere que los sujetos estén cerca uno de otro. Mientras tanto, la conciencia de Keller se enfrenta a una lucha por la supervivencia en el cuerpo de una buscada fugitiva llamada Neeva.

En un universo paralelo, donde John Sheppard no es parte del SGA, por haber sido degradado del ejército, el ahora detective John Sheppard y el agente Richard Woolsey se encuentran en medio de un asesinato estilo CSI que involucran varias muertes que parecen tener su origen en los espectros en la ciudad de Las Vegas, Nevada. Este episodio se rodará en Las Vegas, donde también se rodará el final de temporada. Christopher Heyerdahl aparecerá interpretando al espectro Todd.

Todd contacta a Atlantis en busca de ayuda, uno de sus subordinados ha tomado el control de una nave colmena potenciada por MPCs. El Dédalo es enviado a destruirla pero es rápidamente incapacitado, cuando todo parece perdido, la colmena salta al hiperespacio; pronto McKay descubre la razón, una señal proveniente de una realidad alterna (Vegas) ha informado a la colmena de la ubicación de la Tierra. En la Via Láctea el Apollo y el Sun Tzu interceptan a la colmena pero tienen el mismo resultado que el Dédalo. Con la silla de los Antiguos destruida por los Espectros y sin naves disponibles para defender la Tierra, Atlantis regresa al que una vez fue su hogar, pero quizás ni la poderosa ciudad sea suficiente contra esta amenaza.