Una hermosa alienígena roba el cerebro de Spock dejando inconsciente a toda la tripulación del Enterprise. Comenzará una angustiosa cuenta atrás para recuperar el cerebro y evitar su muerte.

El Enterprise se dirige a la zona neutral donde es emboscado por dos naves romulanas. Kirk se verá obligado a demostrar todo su ingenio con la complicidad de Spock para poder salir de una situación tan complicada.

Un gran asteroide está a punto de chocar contra un planeta y la nave Enterprise acude en su ayuda. Intentando detener el choque, el capitán Kirk sufre un accidente que le borra la memoria y esto provoca que el impacto no vaya a poder ser evitado.

Los adultos de la colonia situada en Triacus han fallecido mientras que los niños se encuentran en perfecto estado. La tripulación descubre que los niños están siendo manipulados por una extraña fuerza que busca un objetivo.

El Enterprise transporta a tres peculiares pasajeros. Uno de ellos provoca que la nave estelar sea desplazada a los límites de la galaxia dificultando su retorno.

El Enterprise establece contacto con el planeta Melkotian a pesar de sus advertencias para que se alejen. A la tripulación se le acusa de intrusa y se les castiga con una simulación del Oeste Americano que podría conducirles a una muerte segura.

Un comandante klingon reclama el Enterprise como botín de guerra por los daños causados a su nave. Durante la disputa, un alienígena se aprovecha para atacar por igual a klingon y humanos.

Kirk descubre que McCoy sufre una extraña enfermedad terminal y se ve obligado a investigar un asteroide que resulta ser una nave espacial tripulada por humanoides. McCoy se enamora de la dirigente de este grupo de seres.

El Enterprise se encuentra con el USS Defiant con toda su tripulación muerta y oscilando entre dos universos. Kirk se ve atrapado en este proceso y unas naves enemigas aprovechan el momento para intentar capturar al Enterprise.

McCoy acude a ayudar a un Platoniano enfermo. Tras conseguir curarle, esta raza decide que es una persona demasiado valiosa como para que se marche y los extraordinarios poderes psicológicos de estos seres dificultarán su regreso al Enterprise.

La tripulación del Enterprise descubre una ciudad desierta en el planeta Scalos. Pronto descubren que todo el que bebe algún tipo de líquido allí desaparece sin dejar rastro, tratándose de una trampa para poder secuestrarlos.

Kirk, Spock y McCoy se encuentran atrapados en un planeta a causa de una tormenta. Allí conocen a una alienígena con poderosos poderes curativos. Sin embargo, son capturados por una raza que les provoca horribles torturas que podrían llevarles a la muerte.

El Enterprise lleva a una pasajera a una boda que favorecerá la paz entre dos planetas en guerra. Amenazados por los Klingon, se ven obligados a realizar el viaje con las comunicaciones desconectadas. Pero el comportamiento de la ilustre pasajera no es el ideal.

El Enterprise llega a un planeta en el que se encuentra situado un hospital de alta seguridad para asesinos psicópatas. La sorpresa será mayúscula al descubrir que el hospital es controlado por un peligroso interno con la capacidad de poder cambiar de forma.

El Enterprise acaba de rescatar a Lokai, un extraterrestre que tiene la mitad del rostro negro y la otra mitad blanco. Pronto contacta con ellos Bele, un extraterrestre similar a Lokai pero con los colores inversos y que denuncia que Lokai es un traidor.

Kirk se transporta al planeta Gídeon pensando que se trata de un lugar idílico. Sin embargo, al llegar allí se encuentra con un planeta superpoblado en el que se están asesinando a grandes cantidades de habitantes y además descubre que ha perdido repentinamente la memoria.

Un planeta ha desarrollado un medio ambiente habitable en menos de 10000 años. El Enterprise acude a investigar el fenómeno y allí son atacados por un ser capaz de matar con un solo roce.

La Memoria Alfa ha sido diseñada para almacenar todo el conocimiento científico y cultural de todos los planetas que forman la Federación. De repente sufre un ataque de una especie de tormenta que destruye toda la vida del planeta y que pretende hacer lo mismo con la tripulación del Enterprise.

Kirk está buscando un antídoto contra la fiebre rigeliana. Durante la búsqueda conoce a un hombre llamado Flint y a una mujer llamada Rayna. Aunque Flint parece poder ayudar en la búsqueda del antídoto, su comportamiento pronto empieza a cambiar al no estar muy conforme con el comportamiento de Rayna y Kirk.

El Enterprise persigue a una nave que ha sido robada. Durante la persecución la nave perseguida explota, siendo transportada su tripulación antes de la explosión a bordo del Enterprise. Su líder es un demente portador de una extraña enfermedad.

El Enterprise visita el planeta Ardana, habitado por dos sociedades de la que una es esclava de la otra. Kirk descubre que ambas sociedades son una misma raza y decide que es el momento de que la situación en la que se encuentran finalice.

Durante la inspección de un planeta aparentemente deshabitado, Kirk y Spock se encuentran con un hombre que dice ser Abraham Lincoln y que les presenta a otros famosos personajes históricos. Kirk y Spock se dan cuenta que se trata de un truco cuya única finalidad es que peleen entre ellos.

El sol del planeta Sarpeidón está a punto de estallar. Cuando el Enterprise acude al rescate de la población, se encuentran con que el planeta está desértico. Sus habitantes han utilizado una máquina del tiempo para viajar al pasado y escapar de la amenaza. Kirk, Spock y McCoy no dudan en utilizar la máquina para ir en su búsqueda.

Durante un proceso de fusión mental y física para tratar de salvar a una mujer de un envenenamiento por radiación, Kirk intercambia su personalidad con la de Janice Lester dejando a Kirk con el cuerpo de Janice y a ésta con la posibilidad de disponer del cuerpo de Kirk.