Luchando contra los efectos de la asimilación, Janeway, B'Elanna y Tuvok se esfuerzan por introducir un nanovirus en el plexo central de los Borgs. Mientras, la reina Borg comienza a destruir desesperadamente a miles de sus soldados Borgs.

Una pieza vital de la tecnología Borg de Siete de Nueve comienza a fallar, y sus compañeros tendrán que conseguir un repuesto de un drone muerto para salvar a su amiga, aunque encajar la pieza también puede resultar fatal a Siete.

Viajando en el Volador Delta en un vuelo de prueba, B'Elanna y Paris son saludados por un piloto que les invita a participar en una carrera. Por desgracia, hay más cosas en juego que los dos oficiales no saben.

Varios miembros de la tripulación de la Voyager son víctimas de una extraña enfermedad, y Tuvok recibe la orden de investigarlo y descubre que todos los afectados son antiguos miembros Maquis. Siguiendo esta pista, Tuvok descubre un complot secreto para derrotar a la Flota Estelar.

Secuestrado y obligado a trabajar en unas instalaciones médicas alienígenas, el Doctor descubre que el nivel de atención al paciente depende de la valía del mismo. Mientras sus amigos le buscan, el Doctor lucha contra el sistema.

En lugar del correo mensual procedente del Cuadrante Alfa, la Voyager recibe un flujo de datos que contienen un holograma de Reginald Barclay, quien revela un plan de la Flota Estelar para llevar a los tripulantes de vuelta a casa a gran velocidad. Pero el holograma fue manipulado por Ferengis para que robe a Siete de Nueve nanosondas Borgs.

En el espacio de los Lokirrim, Harry Kim, Siete de Nueve y el Doctor son detenidos, acusados de transportar a un insurgente fotónico. Aunque sus captores no lo saben, el programa del Doctor ha sido escondido en los implantes cibernéticos de Siete, dándole el control de su cuerpo.

Al intervenir en una batalla entre dos razas, Harry Kim descubre que el capitán de una de las naves ha sido asesinado. Tras obligar a sus oponentes a retirarse, a Kim le ofrecen ser capitán de la nave hasta que su misión haya sido cumplida.

Respondiendo a una llamada de socorro, Janeway encuentra unas instalaciones hirógenas de entrenamiento holográfico cuyos combativos personajes han escapado con unos holoemisores móviles. La Voyager se une a la persecución de unos inteligentes y peligrosos oficiales holográficos de la Flota Estelar.

Al intentar la Voyager desactivar a los renegados, B'Elanna Torres es secuestrada por los hologramas. Forzada a elegir entre ayudarles o no, las acciones de B'Elanna obligan a matar a un colega holográfico.

Mientras la Voyager es zarandeada por una serie de ondas distorsionantes que la envían hacia atrás y hacia delante en el tiempo, un Chakotay inmune colabora con la tripulación repartida entre los periodos temporales para restaurar la estabilidad de la nave.

Al enterarse de que está embarazada, B'Elanna Torres descubre que su hijo tiene una malformación que puede ser corregida mediante una modificación genética. Eso plantea la cuestión de si B'Elanna debería suprimir completamente los genes Klingon de su hijo.

Al rescatar a unos guardias Nygeanos y a sus prisioneros de una nave destrozada, Janeway descubre que los prisioneros van de camino a su ejecución. Cuando las nanosondas de Siete de Nueve curan a uno de los asesinos, la capitana argumenta que ya no es el mismo hombre al que se iba a ejecutar.

Una anticuada nave Klingon que lleva mucho tiempo viajando ataca la Voyager porque se cree que aún están en guerra. Al enterarse de han hecho las paces y que B'Elanna está embarazada, la tripulación de la nave Klingon saluda a su hijo como el auténtico profeta que conducirá a los agobiados Klingon a su nuevo hogar.

Atraída a una zona completamente negra del espacio de la que ninguna nave ha salido, la Voyager es atacada por unas naves que sobreviven robando suministros a los recién llegados al vacío.

En el planeta Quarra, la tripulación de la Voyager ha encontrado una nueva forma de vivir, desempeñando distintos papeles en una sociedad industrial. Sin embargo, ninguno de ellos recuerda nada de sus estancia en la Voyager.

Con la Voyager siendo atacada por patrulleras de Quarra, Chakotay baja de incógnito al planeta para sacar a sus incrédulos compañeros de su nueva existencia.

Practicando simulación humana en la holocubierta, Siete de Nueve se descubre a sí misma prestando cada vez menos atención a sus deberes, a medida que se va obsesionando con su vida imaginaria y con su nuevo amigo, un Chakotay holográfico.

Q aparece en la Voyager con Q2, su todopoderoso hijo adolescente, quien ha sido amenazado con ser expulsado del Continuum Q a menos que aprenda a comportarse. Dejándole el muchacho a Janeway, Q le pide que le ayude a cambiar el comportamiento del chico.

La holonovela Fotones, liberaos, hecha por el Doctor, produce consternación cuando se hace evidente que los personajes retratan a la tripulación de la Voyager de forma exagerada y poco halagüeña. Para indignación de la tripulación, la obra ya se ha publicado en la Tierra.

La Voyager es enviada a rescatar a la Amistad uno, una sonda enviada hacia el Cuadrante Delta 300 años antes. Tras encontrar la sonda, Janeway y su equipo son emboscados por unos habitantes enfermos, quienes culpan a la Voyager de su desgracia.

Tras estrellar su lanzadera contra un planeta protegido por una misteriosa barrera de energía, Chakotay y Siete de Nueve son atendidos por una tribu de humanoides primitivos. Para rescatar a la pareja, Janeway debe decidirse a desactivar la barrera que impide que los primitivos evolucionen.

Al encontrar una colonia talaxiana que necesita ayuda en la negociación con un grupo de mineros, Neelix se siente vinculado a sus compañeros Talaxianos, y considera la posibilidad de quedarse con ellos, dejando la Voyager para siempre.

Con Janeway cautiva por unos alienígenas, el Doctor se ve obligado a engañar a sus compañeros, haciéndose pasar por la capitana. Por desgracia, a medida que el engaño va siendo descubierto por varios miembros de la tripulación, el Doctor va asumiendo un número cada vez mayor de papeles.

Diez años después del regreso triunfal de la nave Voyager, tras veintitrés años de estancia en el Cuadrante Delta, la almirante Kathryn Janeway trama un plan para viajar al pasado y cambiar el curso de la historia.

Después de un viaje de décadas para llegar al Cuadrante Alfa, la Almirante Kathryn Janeway toma una decisión audaz de cambiar el pasado en un intento de deshacer el costo que sufrió la tripulación durante su arduo viaje a casa. Este es el episodio final de la serie.